More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_1435 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_2788  diguanylate cyclase  47.27 
 
 		 726 aa  659    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.282948  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2540  diguanylate cyclase  51.38 
 
 		 744 aa  766    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1761  diguanylate cyclase  47.47 
 
 		 720 aa  702    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2578  diguanylate cyclase  51.24 
 
 		 744 aa  765    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2655  diguanylate cyclase  51.38 
 
 		 744 aa  763    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.714483  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1435  GGDEF domain-containing protein  100 
 
 		 733 aa  1508    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1467  diguanylate cyclase  48.37 
 
 		 722 aa  690    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2243  diguanylate cyclase  48.07 
 
 		 726 aa  703    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0252509  normal  0.0700768 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2315  diguanylate cyclase  48.07 
 
 		 726 aa  703    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000640659 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1806  diguanylate cyclase  51.52 
 
 		 744 aa  764    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000621325 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1545  diguanylate cyclase  53.49 
 
 		 701 aa  806    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.58352  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1805  diguanylate cyclase  46.53 
 
 		 725 aa  707    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2435  diguanylate cyclase  48.41 
 
 		 726 aa  707    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.718837  normal  0.768568 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1554  GGDEF domain-containing protein  45.1 
 
 		 729 aa  646    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00526113  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4941  sensory box protein  32.81 
 
 		 633 aa  327  4.0000000000000003e-88  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0651  diguanylate cyclase  26 
 
 		 574 aa  145  2e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000777615  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0793  diguanylate cyclase  32.51 
 
 		 305 aa  140  6e-32  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2109  diguanylate cyclase  39.29 
 
 		 630 aa  139  3.0000000000000003e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.843932  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0676  diguanylate cyclase  25.05 
 
 		 550 aa  138  3.0000000000000003e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0260909  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3689  diguanylate cyclase  39.77 
 
 		 935 aa  134  3.9999999999999996e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3671  putative signaling protein  28.07 
 
 		 480 aa  134  6.999999999999999e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3939  response regulator receiver domain-containing protein  40.7 
 
 		 588 aa  132  2.0000000000000002e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.238688  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  36.51 
 
 		 565 aa  132  2.0000000000000002e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1782  diguanylate cyclase  34.39 
 
 		 629 aa  132  3e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0365  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.13 
 
 		 308 aa  132  3e-29  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3178  diguanylate cyclase  39.66 
 
 		 452 aa  131  5.0000000000000004e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0366604  hitchhiker  0.0000463802 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3330  diguanylate cyclase  32.21 
 
 		 556 aa  130  6e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.702874 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1622  response regulator receiver protein  35.02 
 
 		 641 aa  130  6e-29  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.923164  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2999  diguanylate cyclase  33 
 
 		 548 aa  130  7.000000000000001e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3627  diguanylate cyclase  24.79 
 
 		 526 aa  130  9.000000000000001e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2588  response regulator receiver protein  34.08 
 
 		 568 aa  130  1.0000000000000001e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.649054  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4149  diguanylate cyclase  31.67 
 
 		 591 aa  129  2.0000000000000002e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0015025  normal  0.169582 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4030  diguanylate cyclase  37.44 
 
 		 498 aa  129  2.0000000000000002e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0204  diguanylate cyclase  35.16 
 
 		 453 aa  128  4.0000000000000003e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.209858  normal  0.343798 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  37.79 
 
 		 339 aa  128  4.0000000000000003e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0095  putative sensory transduction system, regulatory protein  38.02 
 
 		 536 aa  128  5e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.348008  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4681  GGDEF domain-containing protein  36.92 
 
 		 1034 aa  126  1e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  37.71 
 
 		 611 aa  126  1e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3096  diguanylate cyclase  38.55 
 
 		 452 aa  127  1e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0200719  hitchhiker  0.00269086 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2546  diguanylate cyclase  38.55 
 
 		 452 aa  126  1e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.192419  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3160  diguanylate cyclase  38.55 
 
 		 452 aa  126  1e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.413104  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1738  diguanylate cyclase  37 
 
 		 462 aa  125  2e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 638 aa  125  2e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1354  GGDEF family protein  38.83 
 
 		 368 aa  125  2e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0799  diguanylate cyclase  37.56 
 
 		 538 aa  125  3e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0186826  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3032  diguanylate cyclase  36.41 
 
 		 547 aa  125  3e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2880  GGDEF  32.71 
 
 		 410 aa  125  3e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.16195  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1713  diguanylate cyclase  37 
 
 		 462 aa  125  3e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2699  diguanylate cyclase  37.67 
 
 		 251 aa  125  3e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1528  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 1339 aa  125  4e-27  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.646539  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3800  diguanylate cyclase  36.79 
 
 		 621 aa  124  6e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2422  diguanylate cyclase  26.52 
 
 		 532 aa  124  7e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.257185  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1813  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.89 
 
 		 542 aa  124  7e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1380  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.04 
 
 		 332 aa  124  7e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.238298  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1174  GGDEF domain-containing protein  36.09 
 
 		 431 aa  124  8e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3011  serine/threonine protein kinase  39.34 
 
 		 1637 aa  124  8e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.15444  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02325  GGDEF domain protein  37.23 
 
 		 949 aa  123  9.999999999999999e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  38.25 
 
 		 316 aa  123  9.999999999999999e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2495  diguanylate cyclase  36.51 
 
 		 422 aa  123  9.999999999999999e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3212  diguanylate cyclase  37.99 
 
 		 452 aa  123  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0709  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.01 
 
 		 322 aa  122  1.9999999999999998e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.169559 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4360  serine/threonine protein kinase  38.71 
 
 		 1636 aa  122  1.9999999999999998e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0615  diguanylate cyclase  37.7 
 
 		 320 aa  122  1.9999999999999998e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000794548 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  37.78 
 
 		 316 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1742  diguanylate cyclase  38.54 
 
 		 259 aa  122  1.9999999999999998e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0534167  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3007  diguanylate cyclase  34.11 
 
 		 353 aa  122  3e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4336  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.02 
 
 		 310 aa  122  3e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1507  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.61 
 
 		 308 aa  122  3e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.914031 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3750  PAS:GGDEF  33.48 
 
 		 721 aa  122  3e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4204  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.02 
 
 		 310 aa  122  3e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1193  diguanylate cyclase  36.61 
 
 		 353 aa  122  3e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 405 aa  122  3e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0726  diguanylate cyclase  25.31 
 
 		 547 aa  121  3.9999999999999996e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3143  diguanylate cyclase  34.32 
 
 		 614 aa  121  3.9999999999999996e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.212991  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3360  diguanylate cyclase  35.41 
 
 		 392 aa  121  3.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.441275  normal  0.662685 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0921  putative GGDEF protein  35.81 
 
 		 322 aa  121  3.9999999999999996e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  36.92 
 
 		 571 aa  121  4.9999999999999996e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4132  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.41 
 
 		 310 aa  121  4.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2096  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.89 
 
 		 664 aa  120  6e-26  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.76184 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4904  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.08 
 
 		 642 aa  120  6e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0484368  normal  0.638753 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2050  diguanylate cyclase  23.89 
 
 		 523 aa  121  6e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.645943 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6515  diguanylate cyclase  37.43 
 
 		 452 aa  120  7.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.683766  normal  0.600963 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3819  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.07 
 
 		 660 aa  120  7.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2730  diguanylate cyclase  40.1 
 
 		 638 aa  120  9e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.814579  normal  0.595433 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0462  3-deoxy-d-manno-octulosonic-acid transferase  36.55 
 
 		 422 aa  120  9e-26  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2380  diguanylate cyclase  38.8 
 
 		 410 aa  120  9.999999999999999e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0636  diguanylate cyclase  35.94 
 
 		 559 aa  120  9.999999999999999e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.445559  normal  0.916917 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3998  diguanylate cyclase  30.32 
 
 		 591 aa  120  9.999999999999999e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4748  diguanylate cyclase  37.23 
 
 		 377 aa  119  9.999999999999999e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3232  hypothetical protein  38.42 
 
 		 498 aa  120  9.999999999999999e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0640076  normal  0.305585 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  39.18 
 
 		 555 aa  120  9.999999999999999e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3770  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.07 
 
 		 660 aa  120  9.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.22 
 
 		 313 aa  119  1.9999999999999998e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0569  GGDEF domain-containing protein  30.03 
 
 		 678 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000729555  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  36.11 
 
 		 565 aa  119  1.9999999999999998e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0093  diguanylate cyclase  37.43 
 
 		 426 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2279  diguanylate cyclase  38.92 
 
 		 467 aa  119  1.9999999999999998e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1440  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.46 
 
 		 315 aa  119  1.9999999999999998e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0301186  normal  0.059237 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  36.08 
 
 		 625 aa  118  3e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4015  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 315 aa  119  3e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>