More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1467 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_1761  diguanylate cyclase  51.67 
 
 		 720 aa  744    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1467  diguanylate cyclase  100 
 
 		 722 aa  1488    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1554  GGDEF domain-containing protein  48.73 
 
 		 729 aa  696    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00526113  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2578  diguanylate cyclase  50.14 
 
 		 744 aa  714    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1435  GGDEF domain-containing protein  48.62 
 
 		 733 aa  694    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2788  diguanylate cyclase  55.26 
 
 		 726 aa  781    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.282948  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1805  diguanylate cyclase  57.76 
 
 		 725 aa  866    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2243  diguanylate cyclase  46.26 
 
 		 726 aa  673    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0252509  normal  0.0700768 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2315  diguanylate cyclase  46.26 
 
 		 726 aa  673    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000640659 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1806  diguanylate cyclase  50.28 
 
 		 744 aa  712    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000621325 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2655  diguanylate cyclase  50.42 
 
 		 744 aa  717    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.714483  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2540  diguanylate cyclase  50.56 
 
 		 744 aa  721    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1545  diguanylate cyclase  45.43 
 
 		 701 aa  657    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.58352  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2435  diguanylate cyclase  47.09 
 
 		 726 aa  673    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.718837  normal  0.768568 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4941  sensory box protein  34.97 
 
 		 633 aa  366  1e-100  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0651  diguanylate cyclase  26.92 
 
 		 574 aa  147  6e-34  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000777615  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3689  diguanylate cyclase  41.44 
 
 		 935 aa  147  8.000000000000001e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2999  diguanylate cyclase  30.93 
 
 		 548 aa  139  2e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3816  diguanylate cyclase  25.81 
 
 		 526 aa  139  3.0000000000000003e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  38.05 
 
 		 487 aa  137  8e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3627  diguanylate cyclase  26.82 
 
 		 526 aa  136  9.999999999999999e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3330  diguanylate cyclase  31.06 
 
 		 556 aa  136  9.999999999999999e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.702874 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1174  GGDEF domain-containing protein  37.5 
 
 		 431 aa  135  3e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0793  diguanylate cyclase  32.98 
 
 		 305 aa  134  5e-30  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2495  diguanylate cyclase  36.18 
 
 		 422 aa  134  6e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  36.84 
 
 		 565 aa  132  2.0000000000000002e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1328  diguanylate cyclase  41.42 
 
 		 564 aa  131  6e-29  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0263917  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  41.53 
 
 		 555 aa  130  9.000000000000001e-29  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1546  diguanylate cyclase  46.11 
 
 		 416 aa  130  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0539589  hitchhiker  0.00796281 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4030  diguanylate cyclase  37.13 
 
 		 498 aa  130  1.0000000000000001e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1315  diguanylate cyclase  39.52 
 
 		 608 aa  129  2.0000000000000002e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.243862  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3998  diguanylate cyclase  33.86 
 
 		 591 aa  129  2.0000000000000002e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1425  diguanylate cyclase  38.51 
 
 		 381 aa  129  2.0000000000000002e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3096  diguanylate cyclase  35.29 
 
 		 452 aa  129  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0200719  hitchhiker  0.00269086 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3212  diguanylate cyclase  35.29 
 
 		 452 aa  129  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3178  diguanylate cyclase  35.29 
 
 		 452 aa  129  3e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0366604  hitchhiker  0.0000463802 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  24.32 
 
 		 583 aa  128  3e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3550  diguanylate cyclase  38.57 
 
 		 559 aa  128  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.953301  normal  0.354246 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  38.82 
 
 		 485 aa  128  4.0000000000000003e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3939  response regulator receiver domain-containing protein  36.41 
 
 		 588 aa  127  5e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.238688  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0453  diguanylate cyclase AdrA  37.22 
 
 		 371 aa  127  7e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0412  diguanylate cyclase AdrA  37.22 
 
 		 371 aa  127  7e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0921  putative GGDEF protein  39.66 
 
 		 322 aa  127  7e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0302  diguanylate cyclase AdrA  37.22 
 
 		 366 aa  127  7e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00332  predicted diguanylate cyclase  37.22 
 
 		 371 aa  127  8.000000000000001e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3223  diguanylate cyclase  37.22 
 
 		 371 aa  127  8.000000000000001e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3247  diguanylate cyclase AdrA  37.22 
 
 		 371 aa  127  8.000000000000001e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0905888 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00336  hypothetical protein  37.22 
 
 		 371 aa  127  8.000000000000001e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0415  diguanylate cyclase AdrA  37.22 
 
 		 371 aa  127  8.000000000000001e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.97 
 
 		 309 aa  127  1e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0715  diguanylate cyclase  39.05 
 
 		 516 aa  126  1e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0754  diguanylate cyclase  35.05 
 
 		 350 aa  126  1e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0459  diguanylate cyclase AdrA  37.22 
 
 		 371 aa  126  1e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2920  sensor diguanylate cyclase  41.87 
 
 		 623 aa  126  2e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4360  serine/threonine protein kinase  35.65 
 
 		 1636 aa  125  2e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01583  Response regulator containing a CheY-like receiver domain and a GGDEF domain  36.1 
 
 		 477 aa  125  3e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3863  diguanylate cyclase  38.59 
 
 		 426 aa  125  3e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0137114 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0421  diguanylate cyclase AdrA  37.64 
 
 		 370 aa  124  5e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0422  diguanylate cyclase AdrA  37.64 
 
 		 370 aa  124  5e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.143029 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0440  diguanylate cyclase AdrA  37.64 
 
 		 370 aa  124  5e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0427  diguanylate cyclase AdrA  37.64 
 
 		 370 aa  124  5e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0482  diguanylate cyclase AdrA  37.64 
 
 		 370 aa  124  6e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2546  diguanylate cyclase  34.22 
 
 		 452 aa  124  6e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.192419  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  42.24 
 
 		 457 aa  124  6e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3007  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 353 aa  124  6e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3160  diguanylate cyclase  34.22 
 
 		 452 aa  124  6e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.413104  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3032  diguanylate cyclase  38.22 
 
 		 547 aa  124  7e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  38.24 
 
 		 485 aa  123  9.999999999999999e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2404  diguanylate cyclase  39.89 
 
 		 479 aa  123  9.999999999999999e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00227226  normal  0.966476 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  38.24 
 
 		 485 aa  123  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4518  diguanylate cyclase  41.62 
 
 		 345 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6515  diguanylate cyclase  34.22 
 
 		 452 aa  122  1.9999999999999998e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.683766  normal  0.600963 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0028  diguanylate cyclase  39.53 
 
 		 527 aa  122  1.9999999999999998e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.789293 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1121  diguanylate cyclase  38.42 
 
 		 305 aa  122  1.9999999999999998e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.323017 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003591  GGDEF family protein  26.89 
 
 		 489 aa  122  1.9999999999999998e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3800  diguanylate cyclase  35.48 
 
 		 621 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1748  diguanylate cyclase  34.55 
 
 		 417 aa  122  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0571  diguanylate cyclase  37.84 
 
 		 324 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0366  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  29.21 
 
 		 936 aa  122  1.9999999999999998e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.977062  decreased coverage  0.000832087 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3459  diguanylate cyclase  37.84 
 
 		 324 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3381  diguanylate cyclase  38.33 
 
 		 622 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0570  diguanylate cyclase  37.84 
 
 		 324 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3671  putative signaling protein  27.18 
 
 		 480 aa  122  3e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2084  diguanylate cyclase  34.55 
 
 		 417 aa  122  3e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000571313 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1380  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.71 
 
 		 332 aa  122  3e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.238298  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2699  diguanylate cyclase  37.08 
 
 		 251 aa  121  3.9999999999999996e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0349  diguanylate cyclase  38.37 
 
 		 523 aa  121  3.9999999999999996e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.291431  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2109  diguanylate cyclase  38.5 
 
 		 630 aa  121  3.9999999999999996e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.843932  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  37.65 
 
 		 485 aa  121  3.9999999999999996e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3188  diguanylate cyclase  39.18 
 
 		 529 aa  121  3.9999999999999996e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.210299 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  37.11 
 
 		 308 aa  121  4.9999999999999996e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.51 
 
 		 314 aa  121  4.9999999999999996e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2567  diguanylate cyclase  37.93 
 
 		 397 aa  121  4.9999999999999996e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  35.6 
 
 		 571 aa  121  4.9999999999999996e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1622  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 641 aa  121  4.9999999999999996e-26  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.923164  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0856  diguanylate cyclase AdrA  35.06 
 
 		 371 aa  120  7e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0674918 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3903  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  36.61 
 
 		 628 aa  120  7e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4128  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  37.64 
 
 		 663 aa  120  7e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1782  diguanylate cyclase  33.63 
 
 		 629 aa  120  7e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0423  diguanylate cyclase  36.61 
 
 		 621 aa  120  7.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000679734 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>