More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0754 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_0754  diguanylate cyclase  100 
 
 		 350 aa  719    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3032  diguanylate cyclase  37.19 
 
 		 547 aa  164  2.0000000000000002e-39  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4536  diguanylate cyclase  45.81 
 
 		 503 aa  164  3e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.221207  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  40.43 
 
 		 565 aa  156  6e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2109  diguanylate cyclase  35.71 
 
 		 630 aa  155  1e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.843932  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0766  diguanylate cyclase  39.42 
 
 		 501 aa  154  2e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0799  diguanylate cyclase  38.11 
 
 		 538 aa  153  4e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0186826  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1622  response regulator receiver protein  40.91 
 
 		 641 aa  153  5e-36  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.923164  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0868  GGDEF domain-containing protein  45.81 
 
 		 494 aa  149  6e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.796056  normal  0.69001 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2495  diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 422 aa  149  8e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3783  sensory transduction system, regulatory protein  38.8 
 
 		 546 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2380  diguanylate cyclase  37.57 
 
 		 410 aa  147  2.0000000000000003e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0954  diguanylate cyclase  43.02 
 
 		 502 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0641916  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  35.79 
 
 		 631 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0313  diguanylate cyclase  43.85 
 
 		 340 aa  147  4.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0308  diguanylate cyclase  43.32 
 
 		 340 aa  146  6e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0310  diguanylate cyclase  43.32 
 
 		 340 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1456  diguanylate cyclase  42.11 
 
 		 636 aa  145  1e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  39.15 
 
 		 625 aa  145  1e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3178  diguanylate cyclase  42.07 
 
 		 452 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0366604  hitchhiker  0.0000463802 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5066  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.11 
 
 		 338 aa  144  2e-33  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1805  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  42.7 
 
 		 960 aa  144  2e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0314  diguanylate cyclase  43.32 
 
 		 340 aa  144  2e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4207  GGDEF domain-containing protein  38.14 
 
 		 625 aa  144  3e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5389  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.1 
 
 		 372 aa  144  3e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3559  diguanylate cyclase  39.15 
 
 		 625 aa  143  3e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0984  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.74 
 
 		 353 aa  143  4e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.194443 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3381  diguanylate cyclase  36.32 
 
 		 622 aa  143  4e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0397  diguanylate cyclase  39.15 
 
 		 625 aa  143  4e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6958  diguanylate cyclase  39.3 
 
 		 502 aa  143  5e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1813  diguanylate cyclase  42.26 
 
 		 386 aa  142  6e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.730077 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1030  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.76 
 
 		 330 aa  142  6e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.33399 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2281  GGDEF  42.69 
 
 		 555 aa  142  7e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000303682  normal  0.0271008 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  41.28 
 
 		 347 aa  142  8e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1738  diguanylate cyclase  40 
 
 		 462 aa  141  9.999999999999999e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.31 
 
 		 359 aa  141  9.999999999999999e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.745021  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20820  putative two-component response regulator  40.46 
 
 		 389 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4535  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.7 
 
 		 345 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0387275  normal  0.636684 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4407  GGDEF family protein  34.25 
 
 		 344 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2591  GGDEF domain protein  42.69 
 
 		 528 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.200767  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  35.26 
 
 		 610 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3005  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.62 
 
 		 303 aa  141  1.9999999999999998e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000288968 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3973  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.83 
 
 		 362 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.415221  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3160  diguanylate cyclase  41.46 
 
 		 452 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.413104  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2546  diguanylate cyclase  41.46 
 
 		 452 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.192419  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1787  hypothetical protein  40.46 
 
 		 381 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2371  diguanylate cyclase  43.29 
 
 		 294 aa  140  1.9999999999999998e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.171648  normal  0.191081 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3210  GGDEF domain-containing protein  37.43 
 
 		 624 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3800  diguanylate cyclase  35.79 
 
 		 621 aa  140  3e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3096  diguanylate cyclase  39.13 
 
 		 452 aa  140  3e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0200719  hitchhiker  0.00269086 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1099  response regulator receiver domain-containing protein  28.7 
 
 		 390 aa  140  3e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.076371  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1713  diguanylate cyclase  39.47 
 
 		 462 aa  140  3.9999999999999997e-32  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0411  diguanylate cyclase  29.69 
 
 		 628 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1436  two-component response regulator  40.7 
 
 		 327 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.462819  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7079  serine/threonine protein kinase  37.18 
 
 		 1643 aa  139  4.999999999999999e-32  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0019  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.55 
 
 		 341 aa  140  4.999999999999999e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0416556  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0423  diguanylate cyclase  29.69 
 
 		 621 aa  139  6e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000679734 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1650  hypothetical protein  32.32 
 
 		 462 aa  139  6e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.537061  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2018  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.52 
 
 		 355 aa  139  6e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.414914  normal  0.602726 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0185  diguanylate cyclase  32.32 
 
 		 462 aa  139  7e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3903  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  29.69 
 
 		 628 aa  139  7e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3956  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.15 
 
 		 357 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.892783  normal  0.485051 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6515  diguanylate cyclase  41.1 
 
 		 452 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.683766  normal  0.600963 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0276  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 462 aa  138  1e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0735  diguanylate cyclase  30.67 
 
 		 375 aa  138  1e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.210672  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3449  diguanylate cyclase  38.15 
 
 		 357 aa  138  1e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.103484 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0095  putative sensory transduction system, regulatory protein  37.78 
 
 		 536 aa  138  1e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.348008  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0452  diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 323 aa  138  1e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  37.23 
 
 		 624 aa  138  1e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3212  diguanylate cyclase  38.59 
 
 		 452 aa  139  1e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1758  diguanylate cyclase with Chase2 sensor  42.35 
 
 		 583 aa  137  2e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.621597 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0414  diguanylate cyclase  40.21 
 
 		 346 aa  137  2e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0437  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  29.43 
 
 		 628 aa  137  2e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0211155 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4666  diguanylate cyclase  41.04 
 
 		 501 aa  137  2e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0421428  normal  0.479047 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5086  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 465 aa  137  2e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3967  putative response regulator of a two-component system  40 
 
 		 335 aa  137  2e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000645274  normal  0.0110626 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1341  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.08 
 
 		 319 aa  137  2e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3673  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  40.44 
 
 		 1262 aa  137  3.0000000000000003e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1949  sensory box/GGDEF family protein  39.23 
 
 		 579 aa  137  3.0000000000000003e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.773832  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3470  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.69 
 
 		 353 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.843913  normal  0.949354 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4311  diguanylate cyclase  38.69 
 
 		 354 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.750548  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4055  diguanylate cyclase  38.69 
 
 		 354 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.33875  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1499  response regulator/GGDEF domain protein  41.32 
 
 		 334 aa  137  4e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2096  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.46 
 
 		 664 aa  137  4e-31  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.76184 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0208  GGDEF domain-containing protein  40.31 
 
 		 462 aa  137  4e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2939  GGDEF  41.34 
 
 		 318 aa  136  5e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.417006  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1516  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.06 
 
 		 352 aa  136  5e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0065858  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2295  diguanylate cyclase  34.29 
 
 		 503 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.33 
 
 		 306 aa  136  7.000000000000001e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4149  diguanylate cyclase  39.01 
 
 		 591 aa  135  8e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0015025  normal  0.169582 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0715  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 516 aa  135  8e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0621  diguanylate cyclase  35.91 
 
 		 323 aa  135  8e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1901  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 492 aa  135  8e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6178  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 492 aa  135  8e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.837587  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4231  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.05 
 
 		 357 aa  135  8e-31  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.113145  normal  0.678212 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1924  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 492 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.268801  normal  0.495061 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1782  diguanylate cyclase  38.64 
 
 		 629 aa  135  9.999999999999999e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2249  response regulator/GGDEF domain-containing protein  39.11 
 
 		 400 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3172  diguanylate cyclase  38.86 
 
 		 518 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.211888 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4329  diguanylate cyclase  37.64 
 
 		 320 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.406414  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>