More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_1554 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_1761  diguanylate cyclase  48.16 
 
 		 720 aa  666    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1806  diguanylate cyclase  50.35 
 
 		 744 aa  698    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000621325 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2578  diguanylate cyclase  50.35 
 
 		 744 aa  701    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1467  diguanylate cyclase  48.99 
 
 		 722 aa  696    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1805  diguanylate cyclase  49.51 
 
 		 725 aa  715    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2540  diguanylate cyclase  50.07 
 
 		 744 aa  696    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2435  diguanylate cyclase  47.62 
 
 		 726 aa  649    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.718837  normal  0.768568 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1554  GGDEF domain-containing protein  100 
 
 		 729 aa  1496    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00526113  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1435  GGDEF domain-containing protein  45.38 
 
 		 733 aa  637    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2243  diguanylate cyclase  46.86 
 
 		 726 aa  652    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0252509  normal  0.0700768 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2315  diguanylate cyclase  46.86 
 
 		 726 aa  651    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000640659 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2788  diguanylate cyclase  48.27 
 
 		 726 aa  659    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.282948  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2655  diguanylate cyclase  50.07 
 
 		 744 aa  696    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.714483  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1545  diguanylate cyclase  48.64 
 
 		 701 aa  696    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.58352  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4941  sensory box protein  37.76 
 
 		 633 aa  396  1e-109  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0651  diguanylate cyclase  28.86 
 
 		 574 aa  154  5e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000777615  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2109  diguanylate cyclase  40.47 
 
 		 630 aa  147  5e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.843932  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3939  response regulator receiver domain-containing protein  37.96 
 
 		 588 aa  142  3e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.238688  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2730  diguanylate cyclase  41.05 
 
 		 638 aa  141  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.814579  normal  0.595433 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  33.65 
 
 		 583 aa  140  6e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1622  response regulator receiver protein  41.4 
 
 		 641 aa  140  7.999999999999999e-32  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.923164  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3998  diguanylate cyclase  34.19 
 
 		 591 aa  140  1e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  38.62 
 
 		 565 aa  139  2e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0793  diguanylate cyclase  30.23 
 
 		 305 aa  138  3.0000000000000003e-31  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3627  diguanylate cyclase  28.75 
 
 		 526 aa  138  3.0000000000000003e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3550  diguanylate cyclase  35.97 
 
 		 559 aa  136  9.999999999999999e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.953301  normal  0.354246 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0799  diguanylate cyclase  40.96 
 
 		 538 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0186826  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  41.21 
 
 		 339 aa  135  3e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3816  diguanylate cyclase  27.99 
 
 		 526 aa  133  1.0000000000000001e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1782  diguanylate cyclase  37.21 
 
 		 629 aa  132  2.0000000000000002e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0204  diguanylate cyclase  38.64 
 
 		 453 aa  132  2.0000000000000002e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.209858  normal  0.343798 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  38.46 
 
 		 319 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3671  putative signaling protein  26.99 
 
 		 480 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2519  diguanylate cyclase  45.16 
 
 		 522 aa  132  3e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.926429  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4330  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.04 
 
 		 325 aa  131  4.0000000000000003e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0680  diguanylate cyclase  39.78 
 
 		 466 aa  131  5.0000000000000004e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1174  GGDEF domain-containing protein  38.46 
 
 		 431 aa  130  6e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3011  serine/threonine protein kinase  38.32 
 
 		 1637 aa  130  8.000000000000001e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.15444  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2999  diguanylate cyclase  29.55 
 
 		 548 aa  130  8.000000000000001e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2544  diguanylate cyclase  32.65 
 
 		 398 aa  130  9.000000000000001e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.871243  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0828  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.48 
 
 		 324 aa  130  1.0000000000000001e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4030  diguanylate cyclase  37.62 
 
 		 498 aa  130  1.0000000000000001e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3704  diguanylate cyclase  41.62 
 
 		 460 aa  130  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4218  diguanylate cyclase  38.5 
 
 		 631 aa  129  2.0000000000000002e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0691  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.71 
 
 		 686 aa  129  2.0000000000000002e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.343759  normal  0.118762 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2380  diguanylate cyclase  37.04 
 
 		 410 aa  129  2.0000000000000002e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4207  GGDEF domain-containing protein  35.95 
 
 		 625 aa  129  3e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  37.74 
 
 		 625 aa  128  4.0000000000000003e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2588  response regulator receiver protein  34.52 
 
 		 568 aa  128  4.0000000000000003e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.649054  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3330  diguanylate cyclase  31.85 
 
 		 556 aa  128  4.0000000000000003e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.702874 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0694  diguanylate cyclase  25.49 
 
 		 536 aa  128  4.0000000000000003e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  39.07 
 
 		 624 aa  128  5e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00565  Signaling protein with a acyltransferase and GGDEF domains  37.67 
 
 		 628 aa  128  5e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3210  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.11 
 
 		 337 aa  127  6e-28  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.32327  normal  0.712325 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4051  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.65 
 
 		 360 aa  127  7e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.255257  normal  0.825864 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0411  diguanylate cyclase  39.81 
 
 		 628 aa  127  7e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  37.95 
 
 		 631 aa  127  7e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3559  diguanylate cyclase  37.74 
 
 		 625 aa  127  7e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0397  diguanylate cyclase  37.74 
 
 		 625 aa  127  7e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3800  diguanylate cyclase  38.92 
 
 		 621 aa  126  1e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3903  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  39.81 
 
 		 628 aa  127  1e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1426  diguanylate cyclase  42.93 
 
 		 385 aa  127  1e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1014  diguanylate cyclase  29.83 
 
 		 552 aa  126  1e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.737518 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0095  putative sensory transduction system, regulatory protein  40.72 
 
 		 536 aa  127  1e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.348008  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0423  diguanylate cyclase  39.81 
 
 		 621 aa  126  1e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000679734 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3242  GGDEF domain-containing protein  44.62 
 
 		 522 aa  125  2e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.564089  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02325  GGDEF domain protein  39.57 
 
 		 949 aa  125  2e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  33.01 
 
 		 487 aa  126  2e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1738  diguanylate cyclase  38.12 
 
 		 462 aa  125  2e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2820  response regulator  36.36 
 
 		 462 aa  125  3e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.229785  normal  0.330149 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 313 aa  125  3e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4666  diguanylate cyclase  41.24 
 
 		 501 aa  125  3e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0421428  normal  0.479047 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3381  diguanylate cyclase  30.8 
 
 		 622 aa  125  3e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3218  diguanylate cyclase  25.93 
 
 		 532 aa  124  4e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2667  diguanylate cyclase  42.47 
 
 		 522 aa  125  4e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.548675  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1713  diguanylate cyclase  37.62 
 
 		 462 aa  124  5e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1328  diguanylate cyclase  39.2 
 
 		 564 aa  124  5e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0263917  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  40 
 
 		 316 aa  124  5e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1922  diguanylate cyclase  28.12 
 
 		 527 aa  124  6e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.252712 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0308  diguanylate cyclase  37.07 
 
 		 340 aa  124  6e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2495  diguanylate cyclase  39.58 
 
 		 422 aa  124  8e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1125  GGDEF  41.14 
 
 		 509 aa  124  9e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.394023  normal  0.376452 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  40.59 
 
 		 464 aa  124  9e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4028  diguanylate cyclase  32.96 
 
 		 447 aa  123  9e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2880  GGDEF  33.58 
 
 		 410 aa  123  9.999999999999999e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.16195  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  34.18 
 
 		 610 aa  123  9.999999999999999e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0313  diguanylate cyclase  36.59 
 
 		 340 aa  123  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 571 aa  123  9.999999999999999e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3677  diguanylate cyclase  26.11 
 
 		 524 aa  123  9.999999999999999e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2150  diguanylate cyclase  31.65 
 
 		 330 aa  123  9.999999999999999e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0314  diguanylate cyclase  36.59 
 
 		 340 aa  123  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0310  diguanylate cyclase  36.59 
 
 		 340 aa  123  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0636  diguanylate cyclase  36.41 
 
 		 559 aa  123  1.9999999999999998e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.445559  normal  0.916917 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0621  diguanylate cyclase  37.36 
 
 		 323 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  40 
 
 		 457 aa  123  1.9999999999999998e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0168  GGDEF domain-containing protein  37.33 
 
 		 268 aa  122  3e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1305  GGDEF domain protein  40.57 
 
 		 502 aa  122  3e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.620212  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3203  diguanylate cyclase  41.71 
 
 		 569 aa  122  3e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0987619 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1316  diguanylate cyclase  39.36 
 
 		 1004 aa  122  3e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.730261  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3178  diguanylate cyclase  40.34 
 
 		 452 aa  122  3e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0366604  hitchhiker  0.0000463802 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>