More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_003591 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013456  VEA_003591  GGDEF family protein  100 
 
 		 489 aa  1007    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03006  hypothetical protein  58.06 
 
 		 520 aa  602  1.0000000000000001e-171  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1887  diguanylate cyclase  44.7 
 
 		 517 aa  449  1e-125  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3677  diguanylate cyclase  44.07 
 
 		 524 aa  444  1e-123  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3627  diguanylate cyclase  43.89 
 
 		 526 aa  434  1e-120  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2050  diguanylate cyclase  42.92 
 
 		 523 aa  430  1e-119  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.645943 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1922  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 527 aa  430  1e-119  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.252712 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3282  diguanylate cyclase  42.56 
 
 		 523 aa  427  1e-118  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.151406  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2413  diguanylate cyclase  42.56 
 
 		 544 aa  424  1e-117  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3816  diguanylate cyclase  43.62 
 
 		 526 aa  423  1e-117  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1893  hypothetical protein  44.49 
 
 		 533 aa  417  9.999999999999999e-116  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0317418  normal  0.65749 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00370  hypothetical protein with C-terminal GGDEF motif  42.77 
 
 		 529 aa  401  9.999999999999999e-111  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2253  diguanylate cyclase  40.37 
 
 		 545 aa  399  9.999999999999999e-111  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.346813  normal  0.544502 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08240  GGDEF domain protein  44.17 
 
 		 448 aa  387  1e-106  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2422  diguanylate cyclase  37.19 
 
 		 532 aa  359  8e-98  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.257185  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3218  diguanylate cyclase  38.25 
 
 		 532 aa  343  5e-93  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  38.25 
 
 		 532 aa  341  2e-92  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0726  diguanylate cyclase  36.98 
 
 		 547 aa  322  9.999999999999999e-87  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0694  diguanylate cyclase  32.1 
 
 		 536 aa  303  4.0000000000000003e-81  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  45.57 
 
 		 492 aa  142  9.999999999999999e-33  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1213  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.73 
 
 		 457 aa  138  2e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3102  GGDEF domain-containing protein  44.71 
 
 		 580 aa  138  2e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  44.03 
 
 		 569 aa  134  3e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  43.48 
 
 		 466 aa  134  3.9999999999999996e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4283  diguanylate cyclase  40.35 
 
 		 480 aa  133  7.999999999999999e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1399  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.39 
 
 		 476 aa  131  2.0000000000000002e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  42.5 
 
 		 457 aa  132  2.0000000000000002e-29  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3356  GGDEF domain/HAMP domain-containing protein  26.61 
 
 		 533 aa  131  3e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.204674  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  41.92 
 
 		 432 aa  131  3e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2207  diguanylate cyclase  43.21 
 
 		 735 aa  130  5.0000000000000004e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2318  diguanylate cyclase  41.72 
 
 		 363 aa  130  5.0000000000000004e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  42.5 
 
 		 457 aa  130  6e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1934  hypothetical protein  43.56 
 
 		 634 aa  130  7.000000000000001e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  38.34 
 
 		 405 aa  129  1.0000000000000001e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3550  diguanylate cyclase  34.5 
 
 		 559 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.953301  normal  0.354246 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2703  diguanylate cyclase  42.6 
 
 		 339 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.863974  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2332  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.23 
 
 		 324 aa  128  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.532356  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4172  GGDEF domain-containing protein  41.72 
 
 		 431 aa  128  2.0000000000000002e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  29.77 
 
 		 425 aa  129  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0220  diguanylate cyclase  45.1 
 
 		 539 aa  128  2.0000000000000002e-28  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.454807  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  40.99 
 
 		 457 aa  129  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0198  diguanylate cyclase  43.53 
 
 		 312 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0392  diguanylate cyclase  42.53 
 
 		 768 aa  128  3e-28  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000907702  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0319  two component diguanylate cyclase  37.16 
 
 		 661 aa  127  4.0000000000000003e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0806  GGDEF family protein  43.23 
 
 		 443 aa  127  4.0000000000000003e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  42.95 
 
 		 753 aa  127  5e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3093  diguanylate cyclase  34.8 
 
 		 387 aa  127  5e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1449  diguanylate cyclase  40.83 
 
 		 466 aa  127  6e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3066  GGDEF domain-containing protein  40.83 
 
 		 466 aa  127  6e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1222  GGDEF domain-containing protein  40.83 
 
 		 466 aa  127  6e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1551  GGDEF domain-containing protein  40.83 
 
 		 466 aa  127  6e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1418  diguanylate cyclase  40.83 
 
 		 466 aa  127  6e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0495  diguanylate cyclase  26.62 
 
 		 574 aa  127  6e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.355875  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0645  GGDEF domain-containing protein  40.83 
 
 		 454 aa  127  7e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0508  GGDEF domain-containing protein  40.83 
 
 		 454 aa  127  7e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3092  diguanylate cyclase  36.08 
 
 		 389 aa  126  7e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  41.67 
 
 		 485 aa  126  8.000000000000001e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4604  diguanylate cyclase  38.82 
 
 		 489 aa  125  1e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0130  diguanylate cyclase  43.12 
 
 		 392 aa  125  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.922006  normal  0.941747 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3628  diguanylate cyclase  35.45 
 
 		 388 aa  125  1e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2240  diguanylate cyclase  37.91 
 
 		 758 aa  126  1e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.365812 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2824  GGDEF domain-containing protein  40.24 
 
 		 628 aa  125  1e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3330  diguanylate cyclase  23.24 
 
 		 556 aa  126  1e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.702874 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3476  diguanylate cyclase  42.11 
 
 		 298 aa  125  2e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00597173 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1014  diguanylate cyclase  27.67 
 
 		 552 aa  125  2e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.737518 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  42.5 
 
 		 459 aa  125  2e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  42.59 
 
 		 227 aa  125  2e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  39.64 
 
 		 354 aa  124  3e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  44.24 
 
 		 360 aa  125  3e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1847  diguanylate cyclase  42.26 
 
 		 470 aa  124  4e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1907  diguanylate cyclase  40.7 
 
 		 487 aa  124  5e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.230991 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3430  diguanylate cyclase  39.29 
 
 		 513 aa  124  6e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  39.18 
 
 		 485 aa  124  6e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2931  diguanylate cyclase  41.61 
 
 		 432 aa  123  6e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2966  diguanylate cyclase  44.16 
 
 		 386 aa  123  7e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0175816  decreased coverage  0.00586824 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2442  response regulator PleD  41.25 
 
 		 457 aa  123  7e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.696702  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1467  diguanylate cyclase  26.94 
 
 		 722 aa  123  7e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2725  diguanylate cyclase  36.08 
 
 		 368 aa  123  8e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.211672 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1837  diguanylate cyclase  40 
 
 		 544 aa  123  8e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.980403  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  44.65 
 
 		 457 aa  123  9e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  43.4 
 
 		 461 aa  123  9e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  40.59 
 
 		 355 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  40.52 
 
 		 487 aa  122  9.999999999999999e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0223  diguanylate cyclase  39.16 
 
 		 357 aa  122  9.999999999999999e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.133267  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3851  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.41 
 
 		 634 aa  122  9.999999999999999e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0571122  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3308  response regulator PleD  40.37 
 
 		 457 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.268667  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  39.31 
 
 		 278 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1485  diguanylate cyclase  23.23 
 
 		 490 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  44.65 
 
 		 455 aa  122  1.9999999999999998e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0886  diguanylate cyclase  25.72 
 
 		 542 aa  122  1.9999999999999998e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2364  diguanylate cyclase  41.88 
 
 		 351 aa  122  1.9999999999999998e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000850784  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2619  diguanylate cyclase  40.48 
 
 		 471 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.912775  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2943  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.75 
 
 		 438 aa  121  3e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.641955  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  39.49 
 
 		 418 aa  121  3e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3152  diguanylate cyclase  44.71 
 
 		 653 aa  121  3e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000175722  hitchhiker  0.00223393 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  39.64 
 
 		 354 aa  121  3e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  43.4 
 
 		 457 aa  121  3e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1323  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.88 
 
 		 441 aa  121  3.9999999999999996e-26  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0413  diguanylate cyclase  28.61 
 
 		 342 aa  120  3.9999999999999996e-26  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  41.07 
 
 		 485 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>