More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2413 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_2413  diguanylate cyclase  100 
 
 
544 aa  1102    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3282  diguanylate cyclase  97.32 
 
 
523 aa  1035    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.151406  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2050  diguanylate cyclase  90.25 
 
 
523 aa  961    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.645943 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1922  diguanylate cyclase  79.65 
 
 
527 aa  849    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.252712 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3816  diguanylate cyclase  50.68 
 
 
526 aa  523  1e-147  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3627  diguanylate cyclase  49.12 
 
 
526 aa  514  1e-144  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3677  diguanylate cyclase  50.31 
 
 
524 aa  476  1e-133  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2253  diguanylate cyclase  44.68 
 
 
545 aa  477  1e-133  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.346813  normal  0.544502 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03006  hypothetical protein  40.04 
 
 
520 aa  440  9.999999999999999e-123  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1887  diguanylate cyclase  42.83 
 
 
517 aa  431  1e-119  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003591  GGDEF family protein  42.56 
 
 
489 aa  424  1e-117  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08240  GGDEF domain protein  48.88 
 
 
448 aa  419  1e-116  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1893  hypothetical protein  43.81 
 
 
533 aa  409  1e-113  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0317418  normal  0.65749 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00370  hypothetical protein with C-terminal GGDEF motif  46.15 
 
 
529 aa  409  1e-113  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  41.88 
 
 
532 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3218  diguanylate cyclase  42.38 
 
 
532 aa  408  1.0000000000000001e-112  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2422  diguanylate cyclase  42.04 
 
 
532 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.257185  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0694  diguanylate cyclase  39.66 
 
 
536 aa  380  1e-104  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0726  diguanylate cyclase  38.95 
 
 
547 aa  357  2.9999999999999997e-97  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  35.01 
 
 
583 aa  148  3e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3998  diguanylate cyclase  30.92 
 
 
591 aa  146  7.0000000000000006e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  45.83 
 
 
362 aa  140  7.999999999999999e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2332  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.63 
 
 
324 aa  139  2e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.532356  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1213  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.88 
 
 
457 aa  137  4e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  45 
 
 
492 aa  137  5e-31  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  42.01 
 
 
487 aa  136  9.999999999999999e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3550  diguanylate cyclase  30.1 
 
 
559 aa  134  3e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.953301  normal  0.354246 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00151  Response regulator containing a CheY-like receiver domain and a GGDEF domain  44.77 
 
 
353 aa  135  3e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.440614  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1328  diguanylate cyclase  44.44 
 
 
564 aa  134  3.9999999999999996e-30  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0263917  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7005  GGDEF family protein  43.65 
 
 
568 aa  134  3.9999999999999996e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  47.06 
 
 
357 aa  134  5e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3230  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.93 
 
 
642 aa  134  5e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.7142  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1646  diguanylate cyclase  45.28 
 
 
580 aa  133  6.999999999999999e-30  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000165959  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2207  diguanylate cyclase  46.51 
 
 
735 aa  133  9e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  42.33 
 
 
418 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0886  diguanylate cyclase  27.77 
 
 
542 aa  132  2.0000000000000002e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1908  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.36 
 
 
519 aa  132  2.0000000000000002e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.11693  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  43.18 
 
 
461 aa  132  2.0000000000000002e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  41.72 
 
 
659 aa  131  3e-29  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  47.9 
 
 
466 aa  131  4.0000000000000003e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.16 
 
 
901 aa  131  4.0000000000000003e-29  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0797  diguanylate cyclase  49.42 
 
 
385 aa  131  4.0000000000000003e-29  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.71316 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4124  diguanylate cyclase  42.94 
 
 
485 aa  131  4.0000000000000003e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4283  diguanylate cyclase  38.76 
 
 
480 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  50.3 
 
 
457 aa  130  8.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4604  diguanylate cyclase  40.45 
 
 
489 aa  129  9.000000000000001e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  47.85 
 
 
457 aa  129  1.0000000000000001e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1391  diguanylate cyclase  44.58 
 
 
353 aa  129  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.723857  hitchhiker  0.0000000000000157902 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3330  diguanylate cyclase  29.43 
 
 
556 aa  129  1.0000000000000001e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.702874 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0349  diguanylate cyclase  39.6 
 
 
523 aa  129  1.0000000000000001e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.291431  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  41.45 
 
 
351 aa  129  2.0000000000000002e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  42.37 
 
 
459 aa  129  2.0000000000000002e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3851  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.38 
 
 
634 aa  129  2.0000000000000002e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0571122  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  45.83 
 
 
753 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3308  response regulator PleD  49.08 
 
 
457 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.268667  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2339  diguanylate cyclase  43.82 
 
 
307 aa  128  3e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  40.31 
 
 
571 aa  128  3e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1449  diguanylate cyclase  38.82 
 
 
466 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  42.47 
 
 
425 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3066  GGDEF domain-containing protein  38.82 
 
 
466 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0508  GGDEF domain-containing protein  38.82 
 
 
454 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1551  GGDEF domain-containing protein  38.82 
 
 
466 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1222  GGDEF domain-containing protein  38.82 
 
 
466 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0645  GGDEF domain-containing protein  38.82 
 
 
454 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1418  diguanylate cyclase  38.82 
 
 
466 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2943  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.21 
 
 
438 aa  127  4.0000000000000003e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.641955  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4425  GGDEF family protein  37.2 
 
 
435 aa  127  5e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  44.38 
 
 
413 aa  127  5e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  44.07 
 
 
373 aa  127  5e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  45.45 
 
 
457 aa  127  5e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4234  diguanylate cyclase  46.89 
 
 
539 aa  127  6e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.256126 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  45.12 
 
 
457 aa  127  6e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3102  GGDEF domain-containing protein  42.56 
 
 
580 aa  127  6e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2442  response regulator PleD  49.08 
 
 
457 aa  127  6e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.696702  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2404  diguanylate cyclase  43.53 
 
 
479 aa  127  6e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00227226  normal  0.966476 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0021  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.46 
 
 
668 aa  127  6e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  48.19 
 
 
457 aa  127  6e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  41.28 
 
 
631 aa  126  8.000000000000001e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.04 
 
 
1078 aa  126  1e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2097  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.72 
 
 
800 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.115037 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1357  diguanylate cyclase  45.93 
 
 
508 aa  125  1e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.255633 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1609  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.74 
 
 
796 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.248445 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  47.31 
 
 
455 aa  125  1e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2518  diguanylate cyclase  44.79 
 
 
372 aa  125  2e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.165269  normal  0.0137006 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1689  diguanylate cyclase  44.85 
 
 
574 aa  125  2e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.557347 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0019  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.85 
 
 
668 aa  125  2e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1616  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.79 
 
 
796 aa  125  2e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000405684 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0034  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.67 
 
 
728 aa  124  3e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6727  diguanylate cyclase  37.97 
 
 
467 aa  124  3e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2008  diguanylate cyclase  44.85 
 
 
574 aa  124  3e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0528  diguanylate cyclase  44.77 
 
 
354 aa  124  3e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0243341  normal  0.0197143 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  42.17 
 
 
405 aa  124  4e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0379  diguanylate cyclase  42.86 
 
 
540 aa  124  4e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1906  response regulator receiver domain-containing protein  37.84 
 
 
603 aa  124  4e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1934  hypothetical protein  41.98 
 
 
634 aa  124  4e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2508  diguanylate cyclase  40.5 
 
 
387 aa  124  4e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.844584 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0486  diguanylate cyclase  44.64 
 
 
738 aa  124  6e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  42.54 
 
 
517 aa  124  6e-27  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03704  GGDEF domain protein  40 
 
 
325 aa  124  6e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3642  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.08 
 
 
796 aa  124  6e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.127426  normal  0.751556 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>