More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smal_3677 on replicon NC_011071
Organism: Stenotrophomonas maltophilia R551-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011071  Smal_3677  diguanylate cyclase  100 
 
 		 524 aa  1057    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2050  diguanylate cyclase  50.39 
 
 		 523 aa  499  1e-140  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.645943 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3282  diguanylate cyclase  50.29 
 
 		 523 aa  496  1e-139  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.151406  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2413  diguanylate cyclase  49.9 
 
 		 544 aa  492  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1922  diguanylate cyclase  49.52 
 
 		 527 aa  489  1e-137  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.252712 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3816  diguanylate cyclase  48.92 
 
 		 526 aa  477  1e-133  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3627  diguanylate cyclase  48.53 
 
 		 526 aa  470  1.0000000000000001e-131  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2253  diguanylate cyclase  43.41 
 
 		 545 aa  444  1e-123  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.346813  normal  0.544502 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003591  GGDEF family protein  44.07 
 
 		 489 aa  444  1e-123  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00370  hypothetical protein with C-terminal GGDEF motif  48.99 
 
 		 529 aa  442  1e-123  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1893  hypothetical protein  47.27 
 
 		 533 aa  437  1e-121  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0317418  normal  0.65749 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03006  hypothetical protein  41.33 
 
 		 520 aa  437  1e-121  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08240  GGDEF domain protein  50.67 
 
 		 448 aa  428  1e-118  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1887  diguanylate cyclase  41.92 
 
 		 517 aa  415  1e-114  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2422  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 532 aa  403  1e-111  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.257185  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  39.92 
 
 		 532 aa  375  1e-102  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3218  diguanylate cyclase  39.45 
 
 		 532 aa  370  1e-101  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0694  diguanylate cyclase  35.55 
 
 		 536 aa  337  1.9999999999999998e-91  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0726  diguanylate cyclase  35.59 
 
 		 547 aa  311  1e-83  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  35.49 
 
 		 583 aa  147  4.0000000000000006e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1304  diguanylate cyclase  42.64 
 
 		 559 aa  135  1.9999999999999998e-30  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0528  diguanylate cyclase  46.63 
 
 		 354 aa  135  1.9999999999999998e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0243341  normal  0.0197143 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  43.1 
 
 		 405 aa  135  1.9999999999999998e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7005  GGDEF family protein  39.56 
 
 		 568 aa  133  6.999999999999999e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4907  diguanylate cyclase  44.83 
 
 		 308 aa  131  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0301785  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4959  diguanylate cyclase  44.83 
 
 		 354 aa  131  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.179086  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3998  diguanylate cyclase  32.62 
 
 		 591 aa  131  3e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4872  diguanylate cyclase  44.83 
 
 		 308 aa  131  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000065621  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4965  diguanylate cyclase  44.83 
 
 		 308 aa  131  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00367568  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1329  diguanylate cyclase  29.85 
 
 		 565 aa  131  3e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4804  diguanylate cyclase  44.83 
 
 		 304 aa  130  4.0000000000000003e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0452209  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3988  two component response regulator  36.4 
 
 		 296 aa  129  1.0000000000000001e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0223  diguanylate cyclase  40.22 
 
 		 357 aa  129  1.0000000000000001e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.133267  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2999  diguanylate cyclase  23.71 
 
 		 548 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2518  diguanylate cyclase  43.48 
 
 		 372 aa  128  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.165269  normal  0.0137006 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2332  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.61 
 
 		 324 aa  128  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.532356  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  45 
 
 		 457 aa  129  2.0000000000000002e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3356  GGDEF domain/HAMP domain-containing protein  27.41 
 
 		 533 aa  127  4.0000000000000003e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.204674  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1315  diguanylate cyclase  43.11 
 
 		 608 aa  127  4.0000000000000003e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.243862  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0921  putative GGDEF protein  40.43 
 
 		 322 aa  127  4.0000000000000003e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1896  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.36 
 
 		 564 aa  127  4.0000000000000003e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000133427  normal  0.619157 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.69 
 
 		 314 aa  127  5e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1554  GGDEF domain-containing protein  26.21 
 
 		 729 aa  127  5e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00526113  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  41.92 
 
 		 357 aa  127  6e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  39.66 
 
 		 571 aa  127  6e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2189  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.19 
 
 		 415 aa  127  7e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3330  diguanylate cyclase  30.31 
 
 		 556 aa  127  7e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.702874 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0019  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.88 
 
 		 668 aa  125  1e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0953  diguanylate cyclase  39.64 
 
 		 494 aa  126  1e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0319  two component diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 661 aa  125  2e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0569  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 403 aa  125  2e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1641  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.76 
 
 		 640 aa  125  2e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.320869  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4930  diguanylate cyclase  46.84 
 
 		 530 aa  125  2e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.22973 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1055  diguanylate cyclase  26.23 
 
 		 598 aa  125  2e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0021  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.88 
 
 		 668 aa  125  2e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3671  putative signaling protein  28.33 
 
 		 480 aa  125  2e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.95 
 
 		 1078 aa  124  3e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0116  diguanylate cyclase  41.07 
 
 		 382 aa  124  3e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.378777  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0651  diguanylate cyclase  28.57 
 
 		 574 aa  124  3e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000777615  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1306  diguanylate cyclase  37.93 
 
 		 615 aa  124  4e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.550913  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1748  diguanylate cyclase  46.99 
 
 		 417 aa  124  4e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 492 aa  124  4e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2084  diguanylate cyclase  46.99 
 
 		 417 aa  124  5e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000571313 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0349  diguanylate cyclase  41.82 
 
 		 523 aa  124  5e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.291431  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1546  diguanylate cyclase  46.01 
 
 		 416 aa  124  5e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0539589  hitchhiker  0.00796281 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  41.57 
 
 		 319 aa  123  7e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  45.12 
 
 		 308 aa  123  9e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0926  diguanylate cyclase  39.05 
 
 		 494 aa  123  9e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4748  diguanylate cyclase  45.05 
 
 		 377 aa  123  9e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0220  diguanylate cyclase  38.32 
 
 		 539 aa  123  9e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.454807  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1821  diguanylate cyclase  36.47 
 
 		 298 aa  123  9e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.017871  normal  0.191942 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  41.86 
 
 		 362 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2931  diguanylate cyclase  40 
 
 		 432 aa  123  9.999999999999999e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  40.78 
 
 		 432 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02325  GGDEF domain protein  38.27 
 
 		 949 aa  122  9.999999999999999e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.88 
 
 		 772 aa  122  1.9999999999999998e-26  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2364  diguanylate cyclase  40.39 
 
 		 351 aa  122  1.9999999999999998e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000850784  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2207  diguanylate cyclase  43.86 
 
 		 735 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0308  diguanylate cyclase  40.85 
 
 		 581 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.164957 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7417  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.62 
 
 		 457 aa  121  3e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.196799  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  27.59 
 
 		 486 aa  121  3e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0280  diguanylate cyclase  27.59 
 
 		 486 aa  121  3e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.36 
 
 		 632 aa  121  3e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1281  diguanylate cyclase with GAF sensor  43.79 
 
 		 586 aa  121  3e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  27.59 
 
 		 486 aa  121  3e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6727  diguanylate cyclase  39.68 
 
 		 467 aa  121  3e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5204  diguanylate cyclase  39.36 
 
 		 466 aa  121  3e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0140022  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  27.59 
 
 		 486 aa  121  3e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0797  diguanylate cyclase  45 
 
 		 385 aa  121  3e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.71316 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4330  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.33 
 
 		 325 aa  121  3e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  37.43 
 
 		 418 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2966  diguanylate cyclase  48.7 
 
 		 386 aa  121  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0175816  decreased coverage  0.00586824 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  37.89 
 
 		 487 aa  121  3.9999999999999996e-26  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2868  diguanylate cyclase  27.98 
 
 		 555 aa  121  3.9999999999999996e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1906  response regulator receiver domain-containing protein  38.5 
 
 		 603 aa  121  3.9999999999999996e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1435  GGDEF domain-containing protein  23.83 
 
 		 733 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1231  diguanylate cyclase  37.66 
 
 		 345 aa  121  3.9999999999999996e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  42.77 
 
 		 485 aa  120  4.9999999999999996e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  45.57 
 
 		 459 aa  120  4.9999999999999996e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3083  diguanylate cyclase  43.83 
 
 		 409 aa  120  4.9999999999999996e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.176077 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>