More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU3356 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU3356  GGDEF domain/HAMP domain-containing protein  100 
 
 		 533 aa  1085    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.204674  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2507  sensor histidine kinase  40.16 
 
 		 635 aa  258  2e-67  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3477  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.54 
 
 		 1465 aa  211  2e-53  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2079  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.96 
 
 		 1260 aa  206  9e-52  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.8885299999999995e-20 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2137  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.24 
 
 		 1260 aa  203  7e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1892  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.58 
 
 		 771 aa  201  1.9999999999999998e-50  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1286  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.34 
 
 		 859 aa  197  4.0000000000000005e-49  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1227  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.59 
 
 		 1229 aa  190  7e-47  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1550  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 		 995 aa  185  2.0000000000000003e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0257  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.68 
 
 		 1108 aa  181  4e-44  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000213837 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0272  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.4 
 
 		 1113 aa  178  2e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0493  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  50.93 
 
 		 431 aa  167  4e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000431095 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2811  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.97 
 
 		 738 aa  166  6.9999999999999995e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3459  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  52.5 
 
 		 503 aa  164  3e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0476  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  50 
 
 		 431 aa  164  5.0000000000000005e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3210  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  52.76 
 
 		 425 aa  163  7e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.141244  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0081  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.13 
 
 		 804 aa  162  1e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1656  sensory box/response regulator  49.37 
 
 		 420 aa  162  2e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0064  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.85 
 
 		 803 aa  161  3e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.59154e-21 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1917  response regulator receiver /GGDEF/PAS/PAC domain-containing protein  48.73 
 
 		 419 aa  159  1e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0589316 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0327  diguanylate cyclase  48.26 
 
 		 295 aa  157  3e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4005  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.52 
 
 		 438 aa  153  7e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000169909  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0429  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.75 
 
 		 431 aa  150  4e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.320682  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0771  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.88 
 
 		 880 aa  150  5e-35  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0538  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.88 
 
 		 860 aa  150  6e-35  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.883741  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0138  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.92 
 
 		 1338 aa  147  4.0000000000000006e-34  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3953  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  45.06 
 
 		 474 aa  146  1e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000778513 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1893  putative PAS/PAC sensor protein  29.97 
 
 		 879 aa  145  2e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1899  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.62 
 
 		 616 aa  144  3e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.764058  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0417  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.77 
 
 		 853 aa  142  1.9999999999999998e-32  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1552  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.59 
 
 		 971 aa  141  3.9999999999999997e-32  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0823  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.38 
 
 		 755 aa  140  4.999999999999999e-32  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2297  sensory box histidine kinase  30.03 
 
 		 762 aa  138  2e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00806153  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2051  diguanylate cyclase  42.42 
 
 		 307 aa  139  2e-31  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0689  putative PAS/PAC sensor protein  40.34 
 
 		 836 aa  137  4e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000235898 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2422  diguanylate cyclase  27.27 
 
 		 532 aa  137  4e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.257185  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2775  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.84 
 
 		 933 aa  137  6.0000000000000005e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.687385  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2203  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  33.19 
 
 		 434 aa  134  3e-30  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2332  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  37.26 
 
 		 960 aa  133  7.999999999999999e-30  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1469  HD-GYP domain-containing protein  39.1 
 
 		 803 aa  132  2.0000000000000002e-29  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003591  GGDEF family protein  26.61 
 
 		 489 aa  131  4.0000000000000003e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3677  diguanylate cyclase  27.41 
 
 		 524 aa  128  3e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3478  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.45 
 
 		 1021 aa  127  6e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0011  putative PAS/PAC sensor protein  42.21 
 
 		 526 aa  127  7e-28  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.140902  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1146  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  38.89 
 
 		 909 aa  126  1e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0822  sensory box histidine kinase  28.41 
 
 		 729 aa  125  2e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0210  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  36.87 
 
 		 465 aa  125  2e-27  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.74546  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03006  hypothetical protein  25 
 
 		 520 aa  124  3e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0169  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  39.88 
 
 		 681 aa  124  6e-27  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2483  putative PAS/PAC sensor protein  41.94 
 
 		 619 aa  122  9.999999999999999e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3602  diguanylate cyclase  42.48 
 
 		 490 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.926489  normal  0.921669 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3608  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40 
 
 		 430 aa  122  1.9999999999999998e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4679  diguanylate cyclase  42.48 
 
 		 490 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.882516  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2187  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  37.58 
 
 		 593 aa  120  7.999999999999999e-26  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.1316 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3671  putative signaling protein  24.04 
 
 		 480 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2462  PAS:GGDEF  42.86 
 
 		 489 aa  118  1.9999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2264  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  36.26 
 
 		 719 aa  118  3e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000689674  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1922  diguanylate cyclase  26.75 
 
 		 527 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.252712 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2408  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  38.37 
 
 		 623 aa  117  3.9999999999999997e-25  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2443  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  36.69 
 
 		 912 aa  117  5e-25  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2050  diguanylate cyclase  25.47 
 
 		 523 aa  117  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.645943 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1820  diguanylate cyclase  33.17 
 
 		 443 aa  116  8.999999999999998e-25  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.81672  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2413  diguanylate cyclase  25.54 
 
 		 544 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3282  diguanylate cyclase  25.54 
 
 		 523 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.151406  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08240  GGDEF domain protein  27.02 
 
 		 448 aa  115  2.0000000000000002e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1055  diguanylate cyclase  26 
 
 		 598 aa  115  3e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1887  diguanylate cyclase  25.06 
 
 		 517 aa  114  3e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5454  diguanylate cyclase  27.35 
 
 		 510 aa  115  3e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.488047  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0694  diguanylate cyclase  22.75 
 
 		 536 aa  114  4.0000000000000004e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4321  diguanylate cyclase  26.57 
 
 		 534 aa  114  4.0000000000000004e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2253  diguanylate cyclase  24.54 
 
 		 545 aa  114  5e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.346813  normal  0.544502 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1967  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  26.32 
 
 		 1026 aa  114  6e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0783  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  37.96 
 
 		 483 aa  112  1.0000000000000001e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00290712 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0017  diguanylate cyclase  37.09 
 
 		 376 aa  112  2.0000000000000002e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.156955  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2425  diguanylate cyclase  35.75 
 
 		 353 aa  112  2.0000000000000002e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1893  hypothetical protein  25.96 
 
 		 533 aa  111  3e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0317418  normal  0.65749 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3627  diguanylate cyclase  24.83 
 
 		 526 aa  111  3e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0383  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.93 
 
 		 746 aa  111  4.0000000000000004e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3816  diguanylate cyclase  24.06 
 
 		 526 aa  111  4.0000000000000004e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3390  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.69 
 
 		 310 aa  110  5e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.861092 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2369  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.27 
 
 		 1146 aa  110  5e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2527  diguanylate cyclase  37.42 
 
 		 381 aa  110  7.000000000000001e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.060153 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  36.77 
 
 		 620 aa  109  1e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2999  diguanylate cyclase  23.48 
 
 		 548 aa  109  1e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2356  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.39 
 
 		 319 aa  109  1e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.10775 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1694  diguanylate cyclase  32.83 
 
 		 431 aa  107  4e-22  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0896  signal transduction histidine kinase  25.34 
 
 		 839 aa  107  4e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.335338  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2110  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  31.82 
 
 		 814 aa  107  5e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.406671  normal  0.904687 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3598  diguanylate cyclase  27.56 
 
 		 510 aa  107  5e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0726  diguanylate cyclase  23.33 
 
 		 547 aa  107  6e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3660  hypothetical protein  38.06 
 
 		 491 aa  107  7e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.165778 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2397  diguanylate cyclase  26.78 
 
 		 510 aa  106  1e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3373  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.82 
 
 		 666 aa  105  1e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4565  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  37.14 
 
 		 833 aa  106  1e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0183003  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2045  diguanylate cyclase  43.1 
 
 		 243 aa  106  1e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4265  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  33.77 
 
 		 539 aa  105  2e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0867  diguanylate cyclase  37.58 
 
 		 492 aa  105  2e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3032  diguanylate cyclase  38.15 
 
 		 547 aa  104  3e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1355  diguanylate cyclase  37.65 
 
 		 487 aa  104  3e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.133394  normal  0.478971 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3012  diguanylate cyclase  34.24 
 
 		 428 aa  105  3e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000172152  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>