More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0896 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_0896  signal transduction histidine kinase  100 
 
 
839 aa  1721    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.335338  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4055  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.2 
 
 
1052 aa  426  1e-117  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1021  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.35 
 
 
1051 aa  419  9.999999999999999e-116  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.126981  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1983  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  37.67 
 
 
1353 aa  305  3.0000000000000004e-81  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.103002  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3626  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.95 
 
 
840 aa  261  4e-68  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1893  putative PAS/PAC sensor protein  28.55 
 
 
879 aa  254  6e-66  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2378  PAS  32.23 
 
 
901 aa  247  6e-64  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.756345  normal  0.766649 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0257  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.3 
 
 
1108 aa  228  4e-58  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000213837 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0272  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.16 
 
 
1113 aa  223  9.999999999999999e-57  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1806  signal transduction histidine kinase  31.77 
 
 
681 aa  220  7.999999999999999e-56  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.286721 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0047  signal transduction histidine kinase  33.12 
 
 
980 aa  215  1.9999999999999998e-54  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2638  signal transduction histidine kinase  30.48 
 
 
1246 aa  213  9e-54  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.406251  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4325  Signal transduction histidine kinase  34.28 
 
 
1654 aa  213  1e-53  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0299  two component sensor histidine kinase  31.41 
 
 
1239 aa  213  2e-53  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.669336  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2336  signal transduction histidine kinase  32.22 
 
 
3706 aa  209  1e-52  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1972  signal transduction histidine kinase  29.33 
 
 
815 aa  207  5e-52  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000691031  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4139  signal transduction histidine kinase  28.15 
 
 
913 aa  207  6e-52  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.329059 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2234  signal transduction histidine kinase  32.38 
 
 
1676 aa  205  3e-51  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.900765 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2150  signal transduction histidine kinase  27.4 
 
 
945 aa  203  9e-51  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2096  signal transduction histidine kinase  40.06 
 
 
526 aa  198  3e-49  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.0713574 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1496  signal transduction histidine kinase  33.4 
 
 
1253 aa  197  7e-49  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.172842 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4137  signal transduction histidine kinase  29.45 
 
 
912 aa  197  8.000000000000001e-49  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3038  signal transduction histidine kinase  31.07 
 
 
878 aa  197  9e-49  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0936  signal transduction histidine kinase  31.32 
 
 
1177 aa  195  3e-48  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.194621  normal  0.0190935 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2680  sensory transduction histidine kinase  34.37 
 
 
886 aa  195  3e-48  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.284871  normal  0.0837353 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1729  signal transduction histidine kinase  34.5 
 
 
964 aa  194  5e-48  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0370864  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0440  signal transduction histidine kinase  30.8 
 
 
1093 aa  192  2e-47  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.790224  normal  0.127185 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0064  Signal transduction histidine kinase  29.14 
 
 
1714 aa  192  2.9999999999999997e-47  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.274411 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0429  signal transduction histidine kinase  30.59 
 
 
1093 aa  192  2.9999999999999997e-47  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1812  signal transduction histidine kinase  30.57 
 
 
1390 aa  192  2.9999999999999997e-47  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.155927 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3009  hypothetical protein  31.74 
 
 
783 aa  191  5e-47  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1286  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.84 
 
 
859 aa  190  8e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1002  signal transduction histidine kinase  33.18 
 
 
932 aa  190  8e-47  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.353608  normal  0.0662086 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2710  hypothetical protein  31.54 
 
 
744 aa  189  1e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3509  signal transduction histidine kinase  36.67 
 
 
439 aa  189  1e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.2468 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3036  sensory transduction histidine kinase  33.7 
 
 
1047 aa  189  2e-46  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.00386665  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3447  hypothetical protein  28.91 
 
 
1210 aa  189  2e-46  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.00320271  normal  0.0786508 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2373  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.74 
 
 
769 aa  188  3e-46  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3010  signal transduction histidine kinase  35.57 
 
 
488 aa  189  3e-46  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0663481  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2118  signal transduction histidine kinase  32.86 
 
 
572 aa  186  1.0000000000000001e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3899  signal transduction histidine kinase  30.39 
 
 
613 aa  186  1.0000000000000001e-45  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.796516 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2876  sensory transduction histidine kinase  28.91 
 
 
936 aa  184  7e-45  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.558657 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4431  signal transduction histidine kinase  32.64 
 
 
767 aa  183  1e-44  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.222195  normal  0.392293 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3247  sensory transduction histidine kinase  30.08 
 
 
746 aa  181  7e-44  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0645212 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2406  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.81 
 
 
773 aa  179  1e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1666  sensory transduction histidine kinase  35.37 
 
 
945 aa  179  1e-43  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.515191  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1001  signal transduction histidine kinase  41.95 
 
 
674 aa  179  1e-43  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.58641  normal  0.0795268 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1812  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.95 
 
 
773 aa  179  2e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.021882 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4528  histidine kinase dimerisation/phosphoacceptor  43.72 
 
 
1668 aa  177  8e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4301  signal transduction histidine kinase  28.41 
 
 
2693 aa  177  9.999999999999999e-43  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1419  signal transduction histidine kinase  35.82 
 
 
551 aa  176  9.999999999999999e-43  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2079  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.08 
 
 
1260 aa  176  1.9999999999999998e-42  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.8885299999999995e-20 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4136  signal transduction histidine kinase  35.9 
 
 
790 aa  176  1.9999999999999998e-42  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2137  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.77 
 
 
1260 aa  174  5e-42  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1234  histidine kinase dimerisation/phosphoacceptor  43.87 
 
 
1663 aa  174  6.999999999999999e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.745042  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1944  signal-transducing histidine kinase  30.63 
 
 
1248 aa  174  7.999999999999999e-42  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.318144  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1351  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.86 
 
 
859 aa  174  7.999999999999999e-42  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000388966 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2865  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.28 
 
 
853 aa  173  1e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2184  hypothetical protein  29.65 
 
 
676 aa  172  2e-41  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.677561  normal  0.87611 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3538  hypothetical protein  27.87 
 
 
754 aa  172  2e-41  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0655709  normal  0.940328 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1723  signal transduction histidine kinase  29.45 
 
 
764 aa  172  2e-41  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2552  sensory transduction histidine kinase  29.27 
 
 
819 aa  171  4e-41  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.348232  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1426  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.77 
 
 
1079 aa  171  5e-41  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.688315  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1227  multi-sensor hybrid histidine kinase  24.64 
 
 
1229 aa  171  6e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3735  signal transduction histidine kinase  40.6 
 
 
1183 aa  171  6e-41  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.709518  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0590  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.6 
 
 
1144 aa  171  6e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.851066  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4138  signal transduction histidine kinase  31.25 
 
 
1051 aa  170  9e-41  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.35585 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5451  signal transduction histidine kinase  37.7 
 
 
547 aa  169  1e-40  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.915879  normal  0.94618 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3522  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.44 
 
 
1287 aa  169  2e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2926  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.93 
 
 
461 aa  169  2e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000284142  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1483  sensory transduction histidine kinase  36.19 
 
 
704 aa  168  5e-40  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.681498  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3006  PAS  29.39 
 
 
1560 aa  166  2.0000000000000002e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.755684 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4563  signal transduction histidine kinase  28.32 
 
 
771 aa  166  2.0000000000000002e-39  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.633448 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4938  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.57 
 
 
1027 aa  165  3e-39  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.393519 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1550  multi-sensor hybrid histidine kinase  23.56 
 
 
995 aa  164  4.0000000000000004e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0815  hypothetical protein  40.24 
 
 
918 aa  164  5.0000000000000005e-39  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1535  sensory transduction histidine kinase  31.63 
 
 
682 aa  164  5.0000000000000005e-39  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3071  multi-sensor hybrid histidine kinase  50 
 
 
1222 aa  164  7e-39  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.0997499 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2629  signal transduction histidine kinase  38.87 
 
 
788 aa  164  7e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2558  signal transduction protein  53.68 
 
 
1061 aa  164  8.000000000000001e-39  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000139112  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0404  hypothetical protein  36.63 
 
 
1182 aa  162  2e-38  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.465468  normal 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5298  signal transduction histidine kinase  40.51 
 
 
732 aa  162  3e-38  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0913  multisensor signal transduction histidine kinase  37.17 
 
 
991 aa  161  4e-38  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.650855  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1892  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  25.5 
 
 
771 aa  162  4e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2935  sensory transduction histidine kinase  26.76 
 
 
892 aa  161  5e-38  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0108419  normal  0.0385268 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1370  signal transduction histidine kinase  36.29 
 
 
1560 aa  160  8e-38  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.71177  normal  0.70667 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1359  signal transduction histidine kinase  29.41 
 
 
631 aa  160  1e-37  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.0321472 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2350  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.64 
 
 
1053 aa  160  1e-37  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0781  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.19 
 
 
1101 aa  160  1e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.114215 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2362  hypothetical protein  35.8 
 
 
449 aa  159  2e-37  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.514155  normal  0.0458949 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2691  hypothetical protein  29.54 
 
 
800 aa  159  3e-37  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.337462  normal  0.0535481 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1527  signal transduction histidine kinase  29.95 
 
 
1227 aa  157  6e-37  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.823974 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2907  sensory transduction histidine kinase  28.95 
 
 
492 aa  157  7e-37  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.00657144  hitchhiker  0.0001465 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2687  signal transduction histidine kinase  37.33 
 
 
215 aa  157  7e-37  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.693771  normal  0.196612 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3004  Signal transduction histidine kinase  36.96 
 
 
941 aa  157  8e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1507  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.81 
 
 
926 aa  156  1e-36  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1364  signal transduction histidine kinase  32.65 
 
 
382 aa  156  1e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00521592 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0986  signal transduction histidine kinase  26.82 
 
 
872 aa  155  2.9999999999999998e-36  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.544559  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1655  sensory box histidine kinase/response regulator  50.77 
 
 
824 aa  154  5e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1008  signal transduction histidine kinase  40.79 
 
 
347 aa  154  5e-36  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.681685  normal  0.906099 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>