More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SNSL254_A4907 on replicon NC_011080
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011205  SeD_A4965  diguanylate cyclase  100 
 
 		 308 aa  629  1e-179  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00367568  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4907  diguanylate cyclase  100 
 
 		 308 aa  629  1e-179  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0301785  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4872  diguanylate cyclase  100 
 
 		 308 aa  629  1e-179  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000065621  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4959  diguanylate cyclase  99.35 
 
 		 354 aa  624  1e-178  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.179086  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4804  diguanylate cyclase  99.34 
 
 		 304 aa  617  1e-176  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0452209  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0528  diguanylate cyclase  69.41 
 
 		 354 aa  418  1e-116  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0243341  normal  0.0197143 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3638  diguanylate cyclase  50.17 
 
 		 378 aa  290  1e-77  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.882001  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3509  diguanylate cyclase  50.17 
 
 		 384 aa  290  1e-77  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.604082  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0843  diguanylate cyclase  50.17 
 
 		 384 aa  290  1e-77  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0645  diguanylate cyclase  51.05 
 
 		 357 aa  281  1e-74  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.588566 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4314  diguanylate cyclase  36.2 
 
 		 379 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1813  diguanylate cyclase  42.31 
 
 		 386 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.730077 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3677  diguanylate cyclase  44.83 
 
 		 524 aa  130  2.0000000000000002e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4046  diguanylate cyclase  38.71 
 
 		 370 aa  130  2.0000000000000002e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.822209  normal  0.170449 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2425  diguanylate cyclase  41.46 
 
 		 353 aa  130  4.0000000000000003e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0021  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.11 
 
 		 668 aa  127  2.0000000000000002e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1689  diguanylate cyclase  39.89 
 
 		 574 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.557347 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  42.25 
 
 		 555 aa  127  2.0000000000000002e-28  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0019  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.11 
 
 		 668 aa  127  2.0000000000000002e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1922  diguanylate cyclase  45.98 
 
 		 527 aa  127  3e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.252712 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2008  diguanylate cyclase  39.89 
 
 		 574 aa  127  3e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0443  diguanylate cyclase  39.25 
 
 		 378 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4666  diguanylate cyclase  30.5 
 
 		 407 aa  124  1e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00608192  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1085  diguanylate cyclase  43.64 
 
 		 357 aa  125  1e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3032  diguanylate cyclase  32.31 
 
 		 547 aa  124  2e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2535  diguanylate cyclase  39.04 
 
 		 1099 aa  124  2e-27  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.12937  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0413  diguanylate cyclase  35.11 
 
 		 342 aa  124  2e-27  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1497  putative GAF sensor protein  39.33 
 
 		 689 aa  124  2e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3218  diguanylate cyclase  39.87 
 
 		 532 aa  124  2e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2534  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.25 
 
 		 421 aa  124  3e-27  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.657544  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0954  diguanylate cyclase  41.85 
 
 		 502 aa  124  3e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0641916  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 459 aa  123  4e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  41.3 
 
 		 418 aa  123  4e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4141  diguanylate cyclase  46.01 
 
 		 312 aa  123  4e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00274749 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2380  diguanylate cyclase  42.35 
 
 		 410 aa  123  4e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  39.24 
 
 		 532 aa  123  4e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5011  diguanylate cyclase  42.25 
 
 		 349 aa  123  4e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0241  diguanylate cyclase  35.53 
 
 		 640 aa  123  4e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1602  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.92 
 
 		 638 aa  123  5e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000652876  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  38.42 
 
 		 464 aa  123  5e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1787  hypothetical protein  33.57 
 
 		 381 aa  122  6e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2748  diguanylate cyclase  37.33 
 
 		 651 aa  122  7e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0199433  hitchhiker  0.0067097 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0847  two component diguanylate cyclase  40.51 
 
 		 327 aa  122  7e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0895  GAF domain/GGDEF domain-containing protein  40.94 
 
 		 688 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0310961  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  38.31 
 
 		 457 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0754  diguanylate cyclase  35.65 
 
 		 350 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4848  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.98 
 
 		 665 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.162589 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4369  sensor diguanylate cyclase  36.87 
 
 		 569 aa  120  1.9999999999999998e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.399197 
 
 
-
 
NC_003296  RS00826  putative transmembrane protein  41.94 
 
 		 488 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.61367  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5086  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.93 
 
 		 465 aa  121  1.9999999999999998e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2050  diguanylate cyclase  44.2 
 
 		 523 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.645943 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  37.08 
 
 		 355 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1107  two component signal transduction response regulator  37.27 
 
 		 323 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05729  putative diguanylate cyclase  40.78 
 
 		 323 aa  120  1.9999999999999998e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4030  diguanylate cyclase  41.07 
 
 		 498 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0645  serine/threonine protein kinase  41.38 
 
 		 1644 aa  121  1.9999999999999998e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0171562  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2192  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.51 
 
 		 303 aa  120  3e-26  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3523  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  40.35 
 
 		 1079 aa  120  3e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2966  diguanylate cyclase  42.05 
 
 		 386 aa  120  3e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0175816  decreased coverage  0.00586824 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1228  diguanylate cyclase  37.93 
 
 		 490 aa  120  3e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20820  putative two-component response regulator  42.77 
 
 		 389 aa  120  3e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2820  response regulator  41.21 
 
 		 462 aa  120  3.9999999999999996e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.229785  normal  0.330149 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2495  diguanylate cyclase  40.98 
 
 		 422 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1377  diguanylate cyclase  34.95 
 
 		 368 aa  119  4.9999999999999996e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03704  GGDEF domain protein  40.43 
 
 		 325 aa  119  4.9999999999999996e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1174  GGDEF domain-containing protein  41.48 
 
 		 431 aa  119  6e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2150  diguanylate cyclase  39.09 
 
 		 330 aa  119  6e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2920  sensor diguanylate cyclase  35.81 
 
 		 623 aa  119  6e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  36.84 
 
 		 405 aa  119  7e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2721  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.64 
 
 		 686 aa  119  7e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.53529  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0984  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.09 
 
 		 353 aa  119  7e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.194443 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1806  diguanylate cyclase  41.14 
 
 		 473 aa  119  7.999999999999999e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.782438  hitchhiker  0.00449211 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2249  response regulator/GGDEF domain-containing protein  40.12 
 
 		 400 aa  119  9e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  37.79 
 
 		 355 aa  119  9e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  38.5 
 
 		 425 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01741  Putative CHASE3/GGDEF domain-containing signal protein  38.6 
 
 		 563 aa  118  9.999999999999999e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1039  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.71 
 
 		 393 aa  118  9.999999999999999e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0950507  normal  0.205042 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.16 
 
 		 843 aa  118  9.999999999999999e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  36.82 
 
 		 571 aa  118  9.999999999999999e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2077  diguanylate cyclase  40 
 
 		 343 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.984314  normal  0.163131 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0694  diguanylate cyclase  40.72 
 
 		 536 aa  118  9.999999999999999e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3282  diguanylate cyclase  43.1 
 
 		 523 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.151406  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5323  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 422 aa  118  9.999999999999999e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.666672  normal  0.745062 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3476  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 298 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00597173 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1012  diguanylate cyclase  41.28 
 
 		 295 aa  118  9.999999999999999e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1622  response regulator receiver protein  39.77 
 
 		 641 aa  118  9.999999999999999e-26  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.923164  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4621  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.98 
 
 		 648 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.334588  normal  0.654105 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3011  serine/threonine protein kinase  35.89 
 
 		 1637 aa  117  1.9999999999999998e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.15444  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2413  diguanylate cyclase  43.1 
 
 		 544 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00828  putative transmembrane protein  43.55 
 
 		 512 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.33694  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0820  GGDEF domain-containing protein  37.93 
 
 		 333 aa  117  1.9999999999999998e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0719  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.76 
 
 		 307 aa  117  1.9999999999999998e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3310  diguanylate cyclase  41.95 
 
 		 396 aa  117  1.9999999999999998e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3430  diguanylate cyclase  39.77 
 
 		 513 aa  118  1.9999999999999998e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1484  diguanylate cyclase  38.32 
 
 		 615 aa  117  1.9999999999999998e-25  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2544  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 398 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.871243  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1716  diguanylate cyclase  40.54 
 
 		 349 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00839353 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  39.53 
 
 		 316 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1035  GGDEF domain-containing protein  40.25 
 
 		 544 aa  117  1.9999999999999998e-25  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00577049  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3441  hypothetical protein  33.12 
 
 		 401 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>