More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_1748 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_1748  diguanylate cyclase  100 
 
 		 417 aa  831    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2084  diguanylate cyclase  98.08 
 
 		 417 aa  818    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000571313 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1546  diguanylate cyclase  77.46 
 
 		 416 aa  622  1e-177  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0539589  hitchhiker  0.00796281 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2966  diguanylate cyclase  44.68 
 
 		 386 aa  271  2e-71  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0175816  decreased coverage  0.00586824 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0952  GGDEF domain-containing protein  41.94 
 
 		 430 aa  156  6e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3752  diguanylate cyclase  42.03 
 
 		 436 aa  149  6e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2567  diguanylate cyclase  46.15 
 
 		 397 aa  149  7e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  45.9 
 
 		 355 aa  149  8e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3092  diguanylate cyclase  41.44 
 
 		 389 aa  148  1.0000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0968  diguanylate cyclase  38.11 
 
 		 363 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.326915  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3168  diguanylate cyclase  43.68 
 
 		 362 aa  146  5e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1357  diguanylate cyclase  46.29 
 
 		 508 aa  146  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.255633 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  46.86 
 
 		 486 aa  144  3e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0280  diguanylate cyclase  46.86 
 
 		 486 aa  144  3e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1085  diguanylate cyclase  33.73 
 
 		 357 aa  144  4e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  46.86 
 
 		 486 aa  144  4e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  47.09 
 
 		 486 aa  143  4e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  50 
 
 		 492 aa  143  5e-33  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  46.86 
 
 		 486 aa  143  6e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  48.3 
 
 		 357 aa  143  6e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.83 
 
 		 308 aa  142  9.999999999999999e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.83 
 
 		 308 aa  142  9.999999999999999e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3628  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 388 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1695  GGDEF family protein  31.72 
 
 		 420 aa  141  1.9999999999999998e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.037923  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  46.47 
 
 		 459 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0694  diguanylate cyclase  41.21 
 
 		 536 aa  142  1.9999999999999998e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2364  diguanylate cyclase  50 
 
 		 351 aa  141  1.9999999999999998e-32  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000850784  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  47.4 
 
 		 466 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1336  diguanylate cyclase  42.22 
 
 		 495 aa  140  3e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.474489  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  36.74 
 
 		 457 aa  140  3e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  41.84 
 
 		 493 aa  140  4.999999999999999e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1036  diguanylate cyclase  32.56 
 
 		 363 aa  140  4.999999999999999e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.19224 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  41.84 
 
 		 493 aa  140  4.999999999999999e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4245  GGDEF domain-containing protein  43.98 
 
 		 477 aa  139  6e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  45.56 
 
 		 532 aa  139  6e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  45.93 
 
 		 485 aa  139  1e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3218  diguanylate cyclase  43.79 
 
 		 532 aa  139  1e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3087  diguanylate cyclase  47.28 
 
 		 361 aa  139  1e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  47.31 
 
 		 457 aa  139  1e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0198  diguanylate cyclase  41.52 
 
 		 312 aa  138  1e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  44.77 
 
 		 485 aa  139  1e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1163  diguanylate cyclase  42.35 
 
 		 363 aa  138  2e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.562644  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  42.35 
 
 		 493 aa  138  2e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  45.61 
 
 		 360 aa  138  2e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  47.31 
 
 		 457 aa  138  2e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3308  response regulator PleD  48.78 
 
 		 457 aa  137  2e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.268667  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2189  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.2 
 
 		 415 aa  137  3.0000000000000003e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4124  diguanylate cyclase  42.01 
 
 		 485 aa  137  4e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2518  diguanylate cyclase  43.82 
 
 		 372 aa  137  4e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.165269  normal  0.0137006 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2943  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.67 
 
 		 438 aa  137  4e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.641955  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  46.71 
 
 		 457 aa  136  5e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0680  diguanylate cyclase  41.24 
 
 		 466 aa  136  6.0000000000000005e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  46.34 
 
 		 457 aa  136  6.0000000000000005e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0319  two component diguanylate cyclase  42.55 
 
 		 661 aa  136  6.0000000000000005e-31  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3704  diguanylate cyclase  41.24 
 
 		 460 aa  136  6.0000000000000005e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1646  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.81 
 
 		 625 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2442  response regulator PleD  47.56 
 
 		 457 aa  136  6.0000000000000005e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.696702  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  42.6 
 
 		 611 aa  136  8e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.13 
 
 		 317 aa  136  8e-31  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0845  diguanylate cyclase  37.06 
 
 		 578 aa  136  8e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.48 
 
 		 454 aa  136  8e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  41.97 
 
 		 405 aa  135  9.999999999999999e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4400  diguanylate cyclase  45.73 
 
 		 681 aa  135  9.999999999999999e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.118889  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2353  GGDEF domain-containing protein  43.64 
 
 		 288 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.803943 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  44.38 
 
 		 422 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  40.96 
 
 		 413 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0569  diguanylate cyclase  40.85 
 
 		 403 aa  135  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  39.59 
 
 		 461 aa  134  3e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2588  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.02 
 
 		 710 aa  134  3e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0652312  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4798  diguanylate cyclase  42.2 
 
 		 485 aa  134  3e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00393558 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.16 
 
 		 632 aa  134  3e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  46.91 
 
 		 680 aa  134  3e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2815  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  49.09 
 
 		 457 aa  134  3.9999999999999996e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.631579  normal  0.0857187 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2896  cellulose binding, type IV  47.13 
 
 		 443 aa  134  3.9999999999999996e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00808862 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00151  Response regulator containing a CheY-like receiver domain and a GGDEF domain  43.79 
 
 		 353 aa  134  3.9999999999999996e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.440614  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1928  diguanylate cyclase  41.04 
 
 		 365 aa  134  3.9999999999999996e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.851461 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  47.7 
 
 		 457 aa  134  3.9999999999999996e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0489  diguanylate cyclase  40.78 
 
 		 384 aa  134  3.9999999999999996e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3922  GGDEF domain-containing protein  38.37 
 
 		 364 aa  133  6e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  43.6 
 
 		 485 aa  133  6e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  44.19 
 
 		 485 aa  133  6e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0289  diguanylate cyclase  41.36 
 
 		 389 aa  133  6e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  49.7 
 
 		 455 aa  133  6.999999999999999e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0674  diguanylate cyclase  44.32 
 
 		 355 aa  133  7.999999999999999e-30  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.811028 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1377  diguanylate cyclase  38.95 
 
 		 368 aa  132  7.999999999999999e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2970  diguanylate cyclase  45.09 
 
 		 557 aa  132  7.999999999999999e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.853836 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4831  diguanylate cyclase  41.94 
 
 		 392 aa  132  1.0000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.169635  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0301  diguanylate cyclase  41.45 
 
 		 389 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0297  diguanylate cyclase  41.45 
 
 		 389 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6727  diguanylate cyclase  43.93 
 
 		 467 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0797  diguanylate cyclase  41.71 
 
 		 408 aa  132  1.0000000000000001e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.71948  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1303  diguanylate cyclase  40.86 
 
 		 237 aa  132  1.0000000000000001e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3477  diguanylate cyclase  45.88 
 
 		 342 aa  132  1.0000000000000001e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.377939  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3102  GGDEF domain-containing protein  44.69 
 
 		 580 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.41 
 
 		 505 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0296  diguanylate cyclase  41.45 
 
 		 389 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0897488  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  45.66 
 
 		 571 aa  132  1.0000000000000001e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4119  diguanylate cyclase  45.88 
 
 		 382 aa  131  2.0000000000000002e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.898336 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.75 
 
 		 827 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0797  diguanylate cyclase  49.4 
 
 		 385 aa  131  2.0000000000000002e-29  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.71316 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>