More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_A0806 on replicon NC_009457
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009457  VC0395_A0806  GGDEF family protein  100 
 
 		 443 aa  915    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003740  GGDEF family protein  48.52 
 
 		 445 aa  475  1e-133  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.440951  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02031  response regulator  48.07 
 
 		 448 aa  457  1e-127  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1271  putative response regulator  42.29 
 
 		 443 aa  392  1e-108  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2896  cellulose binding, type IV  34.78 
 
 		 443 aa  229  6e-59  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00808862 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2879  GGDEF domain-containing protein  30.75 
 
 		 421 aa  199  6e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.506111  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3648  formamidopyrimidine-DNA glycolase  33.68 
 
 		 435 aa  193  7e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3649  GGDEF family protein  30.77 
 
 		 456 aa  191  2e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1063  GGDEF family protein  28.7 
 
 		 451 aa  182  1e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.449039  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.65 
 
 		 901 aa  146  6e-34  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1387  diguanylate cyclase  43.08 
 
 		 336 aa  141  3e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.617999  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2665  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.69 
 
 		 681 aa  139  8.999999999999999e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  47.47 
 
 		 373 aa  135  9.999999999999999e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0549  diguanylate cyclase  39.77 
 
 		 488 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0215358  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  41.98 
 
 		 425 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  42.59 
 
 		 418 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3218  diguanylate cyclase  43.11 
 
 		 532 aa  134  3.9999999999999996e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  35.08 
 
 		 487 aa  133  6.999999999999999e-30  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3010  diguanylate cyclase  41.4 
 
 		 382 aa  133  6.999999999999999e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.359257 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  43.71 
 
 		 532 aa  132  7.999999999999999e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  41.92 
 
 		 659 aa  132  1.0000000000000001e-29  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.37 
 
 		 772 aa  132  1.0000000000000001e-29  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3102  GGDEF domain-containing protein  39.79 
 
 		 580 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2511  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.95 
 
 		 419 aa  131  2.0000000000000002e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3437  diguanylate cyclase  36.13 
 
 		 483 aa  130  7.000000000000001e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0184931  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0220  diguanylate cyclase  44.23 
 
 		 539 aa  129  9.000000000000001e-29  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.454807  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  40.25 
 
 		 492 aa  129  1.0000000000000001e-28  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0841  GGDEF domain-containing protein  36.65 
 
 		 489 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1820  diguanylate cyclase  42.26 
 
 		 443 aa  128  2.0000000000000002e-28  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.81672  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1399  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.24 
 
 		 476 aa  128  2.0000000000000002e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003591  GGDEF family protein  43.23 
 
 		 489 aa  127  3e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0697  diguanylate cyclase  36.13 
 
 		 482 aa  127  3e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000140018  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 307 aa  127  4.0000000000000003e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0613  diguanylate cyclase  41.03 
 
 		 611 aa  126  6e-28  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1154  sensory box protein  38.33 
 
 		 340 aa  126  7e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 362 aa  126  7e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  37.57 
 
 		 775 aa  126  7e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3115  diguanylate cyclase  42.35 
 
 		 354 aa  126  8.000000000000001e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.276087 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.56 
 
 		 610 aa  126  9e-28  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  38.1 
 
 		 432 aa  125  1e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  41.49 
 
 		 466 aa  125  1e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 583 aa  125  1e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3325  diguanylate cyclase  36.46 
 
 		 482 aa  125  1e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.662914  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  45.12 
 
 		 457 aa  125  2e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1477  diguanylate cyclase  38.1 
 
 		 411 aa  125  2e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124607  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1745  diguanylate cyclase  39.01 
 
 		 401 aa  124  3e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.597218  normal  0.101344 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0842  diguanylate cyclase with extracellular sensor  35 
 
 		 484 aa  124  3e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.105968  hitchhiker  0.00226884 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2931  diguanylate cyclase  38.32 
 
 		 432 aa  124  4e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  38.86 
 
 		 308 aa  123  5e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1726  putative diguanylate cyclase  38.83 
 
 		 778 aa  123  5e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.597451  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0392  diguanylate cyclase  42.41 
 
 		 768 aa  123  5e-27  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000907702  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2092  response regulator receiver protein  39.89 
 
 		 459 aa  123  5e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000936351  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1689  diguanylate cyclase  42.33 
 
 		 574 aa  123  6e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.557347 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  40.34 
 
 		 459 aa  123  7e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03006  hypothetical protein  43.87 
 
 		 520 aa  123  8e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1497  putative GAF sensor protein  38.55 
 
 		 689 aa  123  8e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2397  diguanylate cyclase  43.98 
 
 		 510 aa  122  9e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2008  diguanylate cyclase  42.33 
 
 		 574 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  36.04 
 
 		 753 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2207  diguanylate cyclase  40.66 
 
 		 735 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0290  diguanylate cyclase  40.66 
 
 		 409 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2943  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.1 
 
 		 438 aa  122  9.999999999999999e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.641955  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1702  diguanylate cyclase  39.08 
 
 		 370 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2253  diguanylate cyclase  43.11 
 
 		 545 aa  122  1.9999999999999998e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.346813  normal  0.544502 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2432  hypothetical protein  33.45 
 
 		 551 aa  122  1.9999999999999998e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2959  GGDEF domain-containing protein  36.36 
 
 		 292 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000656128  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0854  diguanylate cyclase  35.03 
 
 		 507 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.485181  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3868  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 517 aa  121  3e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.13 
 
 		 505 aa  121  3e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  39.53 
 
 		 485 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  38.95 
 
 		 485 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3550  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 381 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2442  response regulator PleD  42.68 
 
 		 457 aa  120  3.9999999999999996e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.696702  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0495  diguanylate cyclase  39.33 
 
 		 574 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.355875  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1085  diguanylate cyclase  38.65 
 
 		 357 aa  120  4.9999999999999996e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0819  diguanylate cyclase  34.46 
 
 		 507 aa  120  6e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00531525  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5593  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.63 
 
 		 448 aa  120  6e-26  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  42.68 
 
 		 457 aa  120  6e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1952  hypothetical protein  42.24 
 
 		 306 aa  120  6e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00612967  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23130  sensory box GGDEF domain-containing protein  42.24 
 
 		 307 aa  120  6e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.561543  decreased coverage  0.0000866239 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4684  GGDEF domain-containing protein  40 
 
 		 266 aa  119  7e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0021  diguanylate cyclase  36.61 
 
 		 423 aa  119  7e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1336  diguanylate cyclase  40.65 
 
 		 439 aa  120  7e-26  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0220322  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0795  diguanylate cyclase  40.62 
 
 		 249 aa  120  7e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1171  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.35 
 
 		 416 aa  119  7.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.137039  normal  0.392599 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1521  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 237 aa  119  7.999999999999999e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281404  normal  0.309888 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3550  diguanylate cyclase  33.99 
 
 		 559 aa  119  9e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.953301  normal  0.354246 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1934  hypothetical protein  39.74 
 
 		 634 aa  119  9e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0198  diguanylate cyclase  39.01 
 
 		 312 aa  119  9e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  39.02 
 
 		 343 aa  119  9.999999999999999e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1662  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.02 
 
 		 820 aa  119  9.999999999999999e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.29973  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  43.29 
 
 		 457 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  38.67 
 
 		 736 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3627  diguanylate cyclase  40.61 
 
 		 526 aa  119  9.999999999999999e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0785  diguanylate cyclase  40.65 
 
 		 502 aa  119  9.999999999999999e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  34.72 
 
 		 569 aa  119  9.999999999999999e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0885  membrane associated GGDEF protein  38.69 
 
 		 712 aa  119  9.999999999999999e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.136885  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2835  response regulator receiver domain-containing protein  36.7 
 
 		 346 aa  119  9.999999999999999e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.157532  normal  0.231861 
 
 
-
 
NC_002978  WD0221  response regulator PleD  40.24 
 
 		 460 aa  118  1.9999999999999998e-25  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0544  diguanylate cyclase  38.12 
 
 		 414 aa  118  1.9999999999999998e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>