More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_4172 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003910  CPS_4172  GGDEF domain-containing protein  100 
 
 
431 aa  877    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2977  diguanylate cyclase  31.75 
 
 
650 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1235  diguanylate cyclase  38.46 
 
 
577 aa  141  3e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1480  GGDEF family protein  31.02 
 
 
596 aa  140  3e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2297  sensor histidine kinase/GGDEF domain-containing protein  41.21 
 
 
422 aa  139  8.999999999999999e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1340  diguanylate cyclase  38.97 
 
 
581 aa  139  8.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1313  diguanylate cyclase  38.97 
 
 
581 aa  139  1e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.386041  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1304  diguanylate cyclase  38.97 
 
 
581 aa  139  1e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00414858  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2848  diguanylate cyclase  36.79 
 
 
575 aa  139  1e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3046  diguanylate cyclase  38.97 
 
 
581 aa  139  1e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.860652  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2946  diguanylate cyclase  36.27 
 
 
575 aa  138  2e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2770  diguanylate cyclase  36.27 
 
 
575 aa  137  5e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.207836  normal  0.331023 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  38.54 
 
 
485 aa  136  6.0000000000000005e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.56 
 
 
322 aa  135  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  40.85 
 
 
517 aa  132  1.0000000000000001e-29  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  38.74 
 
 
486 aa  131  3e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  38.74 
 
 
486 aa  131  3e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0280  diguanylate cyclase  38.74 
 
 
486 aa  130  3e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  38.74 
 
 
486 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2989  diguanylate cyclase  40.84 
 
 
628 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.542118  normal  0.107456 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0231  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.02 
 
 
342 aa  130  6e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0629  GGDEF domain-containing protein  29.71 
 
 
626 aa  129  9.000000000000001e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.328878  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0152  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.89 
 
 
928 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.575219 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5901  diguanylate cyclase  39.43 
 
 
386 aa  129  1.0000000000000001e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0216  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.02 
 
 
328 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00586587 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003591  GGDEF family protein  41.72 
 
 
489 aa  128  2.0000000000000002e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  37.5 
 
 
485 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1274  diguanylate cyclase  33.33 
 
 
593 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.24806 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  39.27 
 
 
486 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  42.17 
 
 
464 aa  128  2.0000000000000002e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3988  two component response regulator  38.18 
 
 
296 aa  127  3e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  39.88 
 
 
461 aa  127  3e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.52 
 
 
769 aa  127  3e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0240  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.5 
 
 
342 aa  127  3e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  36.6 
 
 
485 aa  127  3e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  37.87 
 
 
764 aa  127  4.0000000000000003e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  37.87 
 
 
764 aa  127  4.0000000000000003e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  37.87 
 
 
764 aa  127  4.0000000000000003e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2240  diguanylate cyclase  37.27 
 
 
758 aa  127  5e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.365812 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4831  diguanylate cyclase  44.59 
 
 
392 aa  127  5e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.169635  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2382  GGDEF family protein  35.92 
 
 
649 aa  127  5e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0512687  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  37.02 
 
 
532 aa  127  5e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7005  GGDEF family protein  41.25 
 
 
568 aa  127  5e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3191  diguanylate cyclase  32.4 
 
 
646 aa  127  5e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000281048  hitchhiker  0.000124168 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0773  diguanylate cyclase  32.4 
 
 
646 aa  127  5e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000965334  normal  0.0329561 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2623  cyclic nucleotide phosphodiesterase, putative  38.97 
 
 
626 aa  126  6e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.616722 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1433  diguanylate cyclase  40.37 
 
 
387 aa  126  6e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.58748  normal  0.153521 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  36.6 
 
 
485 aa  127  6e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01027  predicted diguanylate cyclase  34.95 
 
 
452 aa  126  8.000000000000001e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2617  diguanylate cyclase  34.95 
 
 
452 aa  126  8.000000000000001e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.885697  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0021  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.23 
 
 
668 aa  126  8.000000000000001e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2571  diguanylate cyclase  34.95 
 
 
452 aa  126  8.000000000000001e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0240912 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2521  diguanylate cyclase  39.43 
 
 
350 aa  126  8.000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01034  hypothetical protein  34.95 
 
 
452 aa  126  8.000000000000001e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4730  diguanylate cyclase  41.48 
 
 
572 aa  126  9e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.49 
 
 
827 aa  126  9e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0886  diguanylate cyclase  40.12 
 
 
542 aa  125  1e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.86 
 
 
317 aa  126  1e-27  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2896  cellulose binding, type IV  32.09 
 
 
443 aa  126  1e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00808862 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1063  diguanylate cyclase  35.12 
 
 
458 aa  125  1e-27  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.868006  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1145  diguanylate cyclase  34.95 
 
 
476 aa  126  1e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1143  diguanylate cyclase  34.95 
 
 
476 aa  126  1e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.011762  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0172  GGDEF domain-containing protein  43.6 
 
 
328 aa  125  2e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3522  diguanylate cyclase  38.64 
 
 
636 aa  125  2e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.890826  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3843  GGDEF  40.88 
 
 
763 aa  125  2e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3428  diguanylate cyclase  36.36 
 
 
425 aa  125  2e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.261309 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0294  diguanylate cyclase  43.4 
 
 
432 aa  125  2e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2620  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.41 
 
 
743 aa  125  2e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.116694  normal  0.658047 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0187  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.04 
 
 
469 aa  124  2e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0686  GGDEF/HAMP domain-containing protein  38.12 
 
 
427 aa  124  3e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0223  diguanylate cyclase  38.51 
 
 
357 aa  124  3e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.133267  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0019  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.67 
 
 
668 aa  124  3e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3549  diguanylate cyclase  37.21 
 
 
408 aa  124  4e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.348554 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6750  diguanylate cyclase  37.7 
 
 
370 aa  124  4e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.795735  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2587  GGDEF domain-containing protein  33.03 
 
 
621 aa  124  4e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.21731  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0671  diguanylate cyclase  32.63 
 
 
369 aa  124  4e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1762  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.82 
 
 
1032 aa  124  4e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3185  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.15 
 
 
482 aa  124  4e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3631  diguanylate cyclase  29.18 
 
 
628 aa  124  4e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  39.76 
 
 
307 aa  124  4e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3859  cyclic nucleotide phosphodiesterase, putative  32.92 
 
 
631 aa  123  5e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1579  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.09 
 
 
1093 aa  123  6e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.260436  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0379  diguanylate cyclase  39.13 
 
 
540 aa  123  6e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4245  GGDEF domain-containing protein  37.1 
 
 
477 aa  123  7e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.1 
 
 
1078 aa  123  7e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1267  diguanylate cyclase (GGDEF) domain protein  34.41 
 
 
476 aa  123  7e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.413897 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1014  diguanylate cyclase  37.99 
 
 
552 aa  123  8e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.737518 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3760  diguanylate cyclase  32.2 
 
 
672 aa  123  8e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000134853  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0319  two component diguanylate cyclase  33.94 
 
 
661 aa  123  8e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0885  membrane associated GGDEF protein  37.04 
 
 
712 aa  123  8e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.136885  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0694  diguanylate cyclase  37.5 
 
 
536 aa  123  8e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7417  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.1 
 
 
457 aa  123  8e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.196799  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1161  diguanylate cyclase  40.62 
 
 
440 aa  122  9e-27  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0876222  normal  0.647833 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1107  two component signal transduction response regulator  44.94 
 
 
323 aa  122  9e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2380  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.42 
 
 
756 aa  122  9.999999999999999e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1526  diguanylate cyclase  35.33 
 
 
622 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.480144  normal  0.0382354 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0747  diguanylate cyclase  28.57 
 
 
646 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0221541 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  41.88 
 
 
360 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1491  diguanylate cyclase  40 
 
 
562 aa  122  9.999999999999999e-27  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.430715  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2580  diguanylate cyclase  30.66 
 
 
653 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>