More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dred_2279 on replicon NC_009253
Organism: Desulfotomaculum reducens MI-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009253  Dred_2279  diguanylate cyclase  100 
 
 		 467 aa  964    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1820  diguanylate cyclase  30.32 
 
 		 443 aa  178  2e-43  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.81672  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  29.34 
 
 		 464 aa  153  7e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2578  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.03 
 
 		 702 aa  151  3e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.194283 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0083  serine phosphatase  31.2 
 
 		 559 aa  150  4e-35  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1891  diguanylate cyclase  28.47 
 
 		 466 aa  150  7e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.311116  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5204  diguanylate cyclase  28.85 
 
 		 466 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0140022  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1821  diguanylate cyclase  28.47 
 
 		 466 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1903  diguanylate cyclase  28.12 
 
 		 466 aa  147  5e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6176  diguanylate cyclase  28.12 
 
 		 466 aa  147  5e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1926  diguanylate cyclase  28.37 
 
 		 466 aa  146  8.000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.647076  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1371  diguanylate cyclase  29.18 
 
 		 466 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.385487  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  34.22 
 
 		 624 aa  142  1.9999999999999998e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4207  GGDEF domain-containing protein  33.97 
 
 		 625 aa  140  4.999999999999999e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  41.45 
 
 		 610 aa  139  7.999999999999999e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2109  diguanylate cyclase  43.98 
 
 		 630 aa  139  1e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.843932  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  34.04 
 
 		 625 aa  139  1e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2824  GGDEF domain-containing protein  29.86 
 
 		 628 aa  138  2e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0411  diguanylate cyclase  35.38 
 
 		 628 aa  138  2e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0423  diguanylate cyclase  35.09 
 
 		 621 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000679734 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3066  GGDEF domain-containing protein  27.6 
 
 		 466 aa  137  4e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0508  GGDEF domain-containing protein  27.43 
 
 		 454 aa  137  4e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0645  GGDEF domain-containing protein  27.43 
 
 		 454 aa  137  4e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1551  GGDEF domain-containing protein  27.6 
 
 		 466 aa  137  4e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1449  diguanylate cyclase  27.6 
 
 		 466 aa  137  4e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1418  diguanylate cyclase  27.6 
 
 		 466 aa  137  4e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1222  GGDEF domain-containing protein  27.6 
 
 		 466 aa  137  4e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0437  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  35.38 
 
 		 628 aa  137  5e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0211155 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3903  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  35.09 
 
 		 628 aa  137  5e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2837  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.44 
 
 		 716 aa  136  7.000000000000001e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3210  GGDEF domain-containing protein  30 
 
 		 624 aa  134  3e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3559  diguanylate cyclase  37.18 
 
 		 625 aa  134  3e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0397  diguanylate cyclase  37.18 
 
 		 625 aa  134  3e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  38.78 
 
 		 631 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3381  diguanylate cyclase  40.21 
 
 		 622 aa  133  6.999999999999999e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1382  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.33 
 
 		 510 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6727  diguanylate cyclase  35 
 
 		 467 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  38.76 
 
 		 722 aa  127  3e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0467  diguanylate cyclase  40.3 
 
 		 641 aa  127  6e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1782  diguanylate cyclase  41.33 
 
 		 629 aa  124  3e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  39.58 
 
 		 565 aa  124  4e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3550  diguanylate cyclase  39.8 
 
 		 559 aa  124  5e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.953301  normal  0.354246 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2730  diguanylate cyclase  38.86 
 
 		 638 aa  124  5e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.814579  normal  0.595433 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0223  diguanylate cyclase  40.98 
 
 		 357 aa  123  6e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.133267  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  38.07 
 
 		 339 aa  123  8e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1144  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.7 
 
 		 686 aa  123  9e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.871944  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2240  diguanylate cyclase  41.71 
 
 		 758 aa  122  9.999999999999999e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.365812 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  39.31 
 
 		 316 aa  122  9.999999999999999e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0453  GGDEF domain-containing protein  37.5 
 
 		 641 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3800  diguanylate cyclase  37.82 
 
 		 621 aa  121  3e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  36.82 
 
 		 612 aa  120  3.9999999999999996e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3210  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.02 
 
 		 337 aa  120  4.9999999999999996e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.32327  normal  0.712325 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2715  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.09 
 
 		 314 aa  120  4.9999999999999996e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  38.8 
 
 		 583 aa  120  4.9999999999999996e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1476  diguanylate cyclase  41.42 
 
 		 414 aa  119  7.999999999999999e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.64785  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1435  GGDEF domain-containing protein  38.92 
 
 		 733 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3787  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.89 
 
 		 344 aa  118  1.9999999999999998e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.919533  normal  0.90313 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  34.54 
 
 		 487 aa  117  3e-25  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0817  diguanylate cyclase  40.65 
 
 		 1826 aa  118  3e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  34.05 
 
 		 517 aa  117  3.9999999999999997e-25  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4218  diguanylate cyclase  38.31 
 
 		 631 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1821  diguanylate cyclase  39.04 
 
 		 821 aa  117  3.9999999999999997e-25  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4046  diguanylate cyclase  40.1 
 
 		 370 aa  117  5e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.822209  normal  0.170449 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4149  diguanylate cyclase  41.36 
 
 		 591 aa  117  5e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0015025  normal  0.169582 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3953  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  44.72 
 
 		 818 aa  117  5e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.260128  decreased coverage  0.0078854 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.04 
 
 		 772 aa  117  5e-25  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3261  GGDEF domain-containing protein  38.98 
 
 		 702 aa  117  5e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.012427  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7110  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.83 
 
 		 694 aa  117  5e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0633557 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1953  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 454 aa  117  6e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.363504  normal  0.99023 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.78 
 
 		 304 aa  117  6e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02325  GGDEF domain protein  36.65 
 
 		 949 aa  116  7.999999999999999e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1368  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.41 
 
 		 818 aa  116  8.999999999999998e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.567434  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1761  sensory box protein/GGDEF family protein  44.72 
 
 		 973 aa  116  8.999999999999998e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.869454  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1346  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  41.27 
 
 		 947 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  37.35 
 
 		 764 aa  115  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  37.93 
 
 		 775 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0319  diguanylate cyclase  42.41 
 
 		 732 aa  116  1.0000000000000001e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4748  diguanylate cyclase  34.9 
 
 		 377 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1920  diguanylate cyclase  38.67 
 
 		 346 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2703  diguanylate cyclase  35.98 
 
 		 339 aa  116  1.0000000000000001e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.863974  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  37.35 
 
 		 764 aa  115  2.0000000000000002e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00808  hypothetical protein  40.35 
 
 		 578 aa  115  2.0000000000000002e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1662  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.88 
 
 		 820 aa  115  2.0000000000000002e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.29973  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0392  diguanylate cyclase  41.36 
 
 		 768 aa  115  2.0000000000000002e-24  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000907702  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  37.35 
 
 		 764 aa  115  2.0000000000000002e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1162  GGDEF domain protein  39.87 
 
 		 836 aa  115  2.0000000000000002e-24  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.359678  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0767  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.38 
 
 		 675 aa  115  2.0000000000000002e-24  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000798179  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2582  GGDEF domain-containing protein  35.33 
 
 		 1431 aa  114  3e-24  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.00148361  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3275  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.75 
 
 		 1094 aa  114  3e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.393091 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  40.57 
 
 		 459 aa  114  3e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  36.46 
 
 		 638 aa  114  4.0000000000000004e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1150  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.69 
 
 		 1466 aa  114  5e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.765492  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2242  diguanylate cyclase  35.75 
 
 		 961 aa  114  5e-24  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.031286  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1852  diguanylate cyclase  40.91 
 
 		 404 aa  113  6e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0317173  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0984  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.93 
 
 		 353 aa  113  6e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.194443 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3673  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  40.34 
 
 		 1262 aa  113  6e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1525  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 316 aa  113  7.000000000000001e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.15223e-23 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0019  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.76 
 
 		 341 aa  113  7.000000000000001e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0416556  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.9 
 
 		 531 aa  113  7.000000000000001e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0612  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.43 
 
 		 1061 aa  113  8.000000000000001e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>