More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1920 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_1920  diguanylate cyclase  100 
 
 		 346 aa  712    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0159  diguanylate cyclase  35.56 
 
 		 368 aa  201  9.999999999999999e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.945874  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4043  diguanylate cyclase  33.04 
 
 		 366 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.902956  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3961  diguanylate cyclase  32.14 
 
 		 340 aa  187  2e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.042208 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2703  diguanylate cyclase  32.42 
 
 		 339 aa  186  4e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.863974  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3227  diguanylate cyclase  28.96 
 
 		 359 aa  162  6e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.709302  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4493  diguanylate cyclase  34.19 
 
 		 332 aa  161  1e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3412  diguanylate cyclase  33.53 
 
 		 346 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2518  diguanylate cyclase  37.74 
 
 		 372 aa  150  4e-35  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.165269  normal  0.0137006 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2517  diguanylate cyclase  33.45 
 
 		 301 aa  147  3e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.251685  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0443  GGDEF domain-containing protein  32.32 
 
 		 337 aa  142  7e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0613635  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  30.06 
 
 		 360 aa  140  3e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1821  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 466 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1891  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 466 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.311116  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  31.6 
 
 		 362 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.82 
 
 		 531 aa  133  5e-30  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2240  diguanylate cyclase  40.37 
 
 		 758 aa  133  5e-30  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.365812 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1537  diguanylate cyclase  33.81 
 
 		 381 aa  132  6.999999999999999e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0392  diguanylate cyclase  40.46 
 
 		 768 aa  132  7.999999999999999e-30  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000907702  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4161  diguanylate cyclase  41.38 
 
 		 366 aa  132  7.999999999999999e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.61051  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1377  diguanylate cyclase  25.28 
 
 		 368 aa  132  7.999999999999999e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3185  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.78 
 
 		 482 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  29.05 
 
 		 373 aa  131  1.0000000000000001e-29  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  39.39 
 
 		 492 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0507  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.32 
 
 		 557 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0822  diguanylate cyclase  37.65 
 
 		 554 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00155452  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1085  diguanylate cyclase  30.25 
 
 		 357 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  37.24 
 
 		 457 aa  130  3e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0674  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 355 aa  130  3e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.811028 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1926  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 466 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.647076  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5204  diguanylate cyclase  37.14 
 
 		 466 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0140022  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  39.29 
 
 		 631 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6176  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 466 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1903  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 466 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  39.41 
 
 		 464 aa  129  6e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.61 
 
 		 632 aa  129  7.000000000000001e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.87 
 
 		 730 aa  128  1.0000000000000001e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0319  diguanylate cyclase  37.8 
 
 		 732 aa  129  1.0000000000000001e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1681  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.26 
 
 		 496 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.650455  unclonable  0.00000301378 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0797  diguanylate cyclase  36.94 
 
 		 408 aa  128  1.0000000000000001e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.71948  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  41.42 
 
 		 753 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  38.74 
 
 		 405 aa  127  2.0000000000000002e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  36.22 
 
 		 457 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3978  diguanylate cyclase  42.41 
 
 		 448 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1485  diguanylate cyclase  40.36 
 
 		 490 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3864  diguanylate cyclase  42.41 
 
 		 448 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.315138  normal  0.244588 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1371  diguanylate cyclase  30.74 
 
 		 466 aa  127  3e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.385487  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.41 
 
 		 322 aa  127  3e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2154  GGDEF  37.98 
 
 		 411 aa  127  4.0000000000000003e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  40.36 
 
 		 457 aa  127  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3362  diguanylate cyclase  41.46 
 
 		 380 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4666  diguanylate cyclase  39.39 
 
 		 501 aa  126  5e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0421428  normal  0.479047 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2544  diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 398 aa  126  5e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.871243  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1227  diguanylate cyclase  40.96 
 
 		 554 aa  126  5e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.594022  normal  0.072002 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0162  diguanylate cyclase  44.23 
 
 		 614 aa  126  7e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.155295  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0952  GGDEF domain-containing protein  35.98 
 
 		 430 aa  125  8.000000000000001e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1425  diguanylate cyclase  39.52 
 
 		 381 aa  125  9e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  37.13 
 
 		 357 aa  125  1e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.25 
 
 		 1078 aa  125  1e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 764 aa  125  1e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 764 aa  125  1e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1602  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.76 
 
 		 805 aa  125  1e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00432386  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1281  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.78 
 
 		 586 aa  124  2e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  36.65 
 
 		 466 aa  124  2e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6727  diguanylate cyclase  38.64 
 
 		 467 aa  124  2e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1382  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.67 
 
 		 889 aa  125  2e-27  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.231857  normal  0.133175 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 764 aa  124  2e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1753  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  40.76 
 
 		 1073 aa  124  2e-27  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4369  sensor diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 569 aa  124  2e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.399197 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1231  diguanylate cyclase  31.56 
 
 		 345 aa  124  2e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  39.38 
 
 		 517 aa  124  2e-27  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1211  diguanylate cyclase  29.55 
 
 		 381 aa  124  3e-27  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0486  diguanylate cyclase  40.25 
 
 		 738 aa  124  3e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  36.92 
 
 		 457 aa  124  3e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  36.55 
 
 		 457 aa  124  3e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  36.31 
 
 		 307 aa  124  3e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2442  response regulator PleD  35.53 
 
 		 457 aa  124  3e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.696702  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3547  diguanylate cyclase  38.76 
 
 		 587 aa  124  3e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  36.63 
 
 		 493 aa  123  4e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  38.54 
 
 		 610 aa  124  4e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2699  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  38.07 
 
 		 1248 aa  123  4e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2165  diguanylate cyclase  40.65 
 
 		 460 aa  123  4e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1863  diguanylate cyclase  30.18 
 
 		 368 aa  123  4e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.150647 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  35.96 
 
 		 354 aa  123  5e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3430  diguanylate cyclase  37.11 
 
 		 513 aa  123  5e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0148  diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase with TPR repeats  43.67 
 
 		 560 aa  123  6e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.189493 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1194  diguanylate cyclase  40.99 
 
 		 471 aa  122  6e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.361877  normal  0.129887 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4131  diguanylate cyclase  31.43 
 
 		 369 aa  123  6e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0881  diguanylate cyclase  27.64 
 
 		 376 aa  122  7e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000000228326  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0349  diguanylate cyclase  36.48 
 
 		 523 aa  122  7e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.291431  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0621  diguanylate cyclase  36.99 
 
 		 323 aa  122  7e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2979  diguanylate cyclase  39.39 
 
 		 490 aa  122  7e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1440  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.68 
 
 		 315 aa  122  7e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0301186  normal  0.059237 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2326  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 536 aa  122  8e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3752  diguanylate cyclase  34.62 
 
 		 436 aa  122  8e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  36.63 
 
 		 493 aa  122  8e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2109  diguanylate cyclase  36.73 
 
 		 630 aa  122  8e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.843932  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4837  response regulator  38.37 
 
 		 551 aa  122  9e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.978785  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.63 
 
 		 901 aa  122  9e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  38.1 
 
 		 461 aa  122  9.999999999999999e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>