More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3961 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3961  diguanylate cyclase  100 
 
 		 340 aa  691    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.042208 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2703  diguanylate cyclase  47.31 
 
 		 339 aa  334  2e-90  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.863974  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3227  diguanylate cyclase  48.67 
 
 		 359 aa  328  9e-89  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.709302  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1920  diguanylate cyclase  32.14 
 
 		 346 aa  187  2e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4493  diguanylate cyclase  37.42 
 
 		 332 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4043  diguanylate cyclase  31.71 
 
 		 366 aa  181  2e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.902956  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0159  diguanylate cyclase  33.13 
 
 		 368 aa  172  6.999999999999999e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.945874  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  37.98 
 
 		 360 aa  172  1e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2517  diguanylate cyclase  35.91 
 
 		 301 aa  169  5e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.251685  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3412  diguanylate cyclase  32.48 
 
 		 346 aa  169  8e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0443  GGDEF domain-containing protein  33.58 
 
 		 337 aa  156  4e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0613635  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0892  diguanylate cyclase  32.52 
 
 		 323 aa  146  4.0000000000000006e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.501117 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1213  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40 
 
 		 457 aa  143  3e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0891  diguanylate cyclase  33.73 
 
 		 332 aa  144  3e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.492307 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1204  GGDEF family protein  41.01 
 
 		 195 aa  138  1e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.040239  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  43.86 
 
 		 464 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4128  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  37.22 
 
 		 663 aa  135  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0021  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.56 
 
 		 668 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0019  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.56 
 
 		 668 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1174  GGDEF domain-containing protein  41.32 
 
 		 431 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0926  diguanylate cyclase  39.05 
 
 		 494 aa  133  5e-30  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6727  diguanylate cyclase  41.42 
 
 		 467 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1643  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  41.76 
 
 		 316 aa  131  2.0000000000000002e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  42.33 
 
 		 638 aa  130  2.0000000000000002e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1231  diguanylate cyclase  34.22 
 
 		 345 aa  131  2.0000000000000002e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4748  diguanylate cyclase  42.17 
 
 		 377 aa  130  3e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4491  diguanylate cyclase  37.11 
 
 		 531 aa  130  3e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.15 
 
 		 407 aa  129  5.0000000000000004e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1484  diguanylate cyclase  37.28 
 
 		 615 aa  129  7.000000000000001e-29  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00151  Response regulator containing a CheY-like receiver domain and a GGDEF domain  35.25 
 
 		 353 aa  129  8.000000000000001e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.440614  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1290  diguanylate cyclase  43.64 
 
 		 491 aa  129  9.000000000000001e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1228  diguanylate cyclase  41.21 
 
 		 490 aa  128  1.0000000000000001e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.5 
 
 		 550 aa  129  1.0000000000000001e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4348  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  38.82 
 
 		 1215 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4216  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  38.24 
 
 		 1215 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2580  diguanylate cyclase  44.91 
 
 		 653 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1211  diguanylate cyclase  27.56 
 
 		 381 aa  128  2.0000000000000002e-28  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0109  diguanylate cyclase  42.26 
 
 		 461 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4144  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  38.24 
 
 		 1215 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0953  diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 494 aa  127  2.0000000000000002e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  41.46 
 
 		 457 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0241  diguanylate cyclase  37.85 
 
 		 640 aa  127  2.0000000000000002e-28  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  40.36 
 
 		 308 aa  127  3e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 405 aa  127  3e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3185  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.34 
 
 		 482 aa  127  3e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1885  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.61 
 
 		 558 aa  127  3e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3370  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.41 
 
 		 860 aa  127  3e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.742202  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3430  diguanylate cyclase  40.22 
 
 		 513 aa  127  3e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3988  two component response regulator  42.77 
 
 		 296 aa  126  4.0000000000000003e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2920  sensor diguanylate cyclase  40.94 
 
 		 623 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1085  diguanylate cyclase  31.9 
 
 		 357 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1425  diguanylate cyclase  41.07 
 
 		 381 aa  126  5e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4046  diguanylate cyclase  38.51 
 
 		 370 aa  126  5e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.822209  normal  0.170449 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0530  response regulator receiver protein  38.01 
 
 		 392 aa  126  5e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.143294  normal  0.0713478 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2721  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.77 
 
 		 686 aa  126  6e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.53529  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0507  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.2 
 
 		 557 aa  126  6e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  38.37 
 
 		 722 aa  126  7e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3168  diguanylate cyclase  37.31 
 
 		 362 aa  126  7e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2109  diguanylate cyclase  41.18 
 
 		 630 aa  125  7e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.843932  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1877  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  41.71 
 
 		 722 aa  125  7e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2518  diguanylate cyclase  35.34 
 
 		 372 aa  125  8.000000000000001e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.165269  normal  0.0137006 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  41.46 
 
 		 457 aa  125  9e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1057  GGDEF domain-containing protein  43.11 
 
 		 264 aa  125  1e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  41.07 
 
 		 609 aa  125  1e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1052  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.6 
 
 		 585 aa  125  1e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1022  GGDEF domain-containing protein  43.11 
 
 		 264 aa  125  1e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.219718  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1887  diguanylate cyclase  36.56 
 
 		 517 aa  125  1e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4588  diguanylate cyclase  44.38 
 
 		 613 aa  125  1e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0646445  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0424  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40 
 
 		 469 aa  124  2e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.97349 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0283  hypothetical protein  41.07 
 
 		 709 aa  124  2e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3052  GGDEF  43.37 
 
 		 523 aa  124  2e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.927179  normal  0.0159246 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.32 
 
 		 353 aa  124  2e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.24 
 
 		 317 aa  124  2e-27  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  40.24 
 
 		 457 aa  124  2e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2169  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  41.14 
 
 		 722 aa  124  3e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0648584  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1377  diguanylate cyclase  26.74 
 
 		 368 aa  124  3e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1542  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.44 
 
 		 1006 aa  124  3e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.101137 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2535  diguanylate cyclase  40 
 
 		 1099 aa  124  3e-27  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.12937  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3192  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.98 
 
 		 736 aa  124  3e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.178268  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2318  diguanylate cyclase  34.08 
 
 		 363 aa  124  3e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0370  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  44.44 
 
 		 981 aa  123  4e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.687258 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2249  response regulator/GGDEF domain-containing protein  39.63 
 
 		 400 aa  123  4e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3476  diguanylate cyclase  39.2 
 
 		 298 aa  123  4e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00597173 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1163  diguanylate cyclase  41.1 
 
 		 308 aa  123  4e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3547  diguanylate cyclase  38.98 
 
 		 587 aa  123  4e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  30.87 
 
 		 362 aa  123  5e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1382  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.22 
 
 		 889 aa  123  5e-27  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.231857  normal  0.133175 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1485  diguanylate cyclase  40.96 
 
 		 490 aa  123  5e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1702  diguanylate cyclase  30.31 
 
 		 370 aa  123  5e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3821  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  37.65 
 
 		 1209 aa  123  5e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0235394 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3486  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 449 aa  123  5e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.121522  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4029  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  37.65 
 
 		 1228 aa  123  5e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2091  diguanylate cyclase  40.43 
 
 		 325 aa  122  6e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2050  diguanylate cyclase  42.11 
 
 		 523 aa  123  6e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.645943 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1614  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.73 
 
 		 531 aa  123  6e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.423577 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2144  diguanylate cyclase  41.92 
 
 		 263 aa  122  6e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1081  diguanylate cyclase  38.04 
 
 		 396 aa  122  7e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0489  diguanylate cyclase  32.23 
 
 		 384 aa  122  7e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  39.43 
 
 		 457 aa  122  8e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1742  diguanylate cyclase  37.13 
 
 		 259 aa  122  8e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0534167  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>