More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_0443 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_0443  GGDEF domain-containing protein  100 
 
 		 337 aa  690    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0613635  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3412  diguanylate cyclase  45.61 
 
 		 346 aa  295  6e-79  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4493  diguanylate cyclase  40.94 
 
 		 332 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0892  diguanylate cyclase  32.65 
 
 		 323 aa  170  4e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.501117 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0891  diguanylate cyclase  30.41 
 
 		 332 aa  164  3e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.492307 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2703  diguanylate cyclase  33.82 
 
 		 339 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.863974  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3961  diguanylate cyclase  33.58 
 
 		 340 aa  156  6e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.042208 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3227  diguanylate cyclase  35.21 
 
 		 359 aa  150  3e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.709302  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1920  diguanylate cyclase  30.86 
 
 		 346 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1204  GGDEF family protein  41.14 
 
 		 195 aa  146  5e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.040239  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  35.27 
 
 		 360 aa  144  3e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1377  diguanylate cyclase  28.85 
 
 		 368 aa  134  3e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2546  diguanylate cyclase  41.24 
 
 		 564 aa  124  2e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0032266  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3922  GGDEF domain-containing protein  37.87 
 
 		 364 aa  124  3e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0952  GGDEF domain-containing protein  37.88 
 
 		 430 aa  122  7e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1802  diguanylate cyclase  36.23 
 
 		 263 aa  122  9e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  37.25 
 
 		 493 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  41.18 
 
 		 485 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  37.37 
 
 		 493 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1809  diguanylate cyclase  40.35 
 
 		 391 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.271583  hitchhiker  0.00508351 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1253  cellulose synthesis regulatory protein  40.7 
 
 		 570 aa  120  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.839594 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1132  cellulose synthesis regulatory protein  40.7 
 
 		 570 aa  120  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000012809  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2204  cellulose synthesis regulatory protein  40.7 
 
 		 570 aa  120  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.315572  normal  0.912149 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2146  cellulose synthesis regulatory protein  40.7 
 
 		 570 aa  120  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.256949  normal  0.163286 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2150  cellulose synthesis regulatory protein  40.7 
 
 		 570 aa  120  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.297138  normal  0.0131316 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  37.37 
 
 		 493 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2517  diguanylate cyclase  31.41 
 
 		 301 aa  120  4.9999999999999996e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.251685  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1449  diguanylate cyclase  39.41 
 
 		 466 aa  119  6e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3066  GGDEF domain-containing protein  39.41 
 
 		 466 aa  119  6e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1551  GGDEF domain-containing protein  39.41 
 
 		 466 aa  119  6e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0508  GGDEF domain-containing protein  39.41 
 
 		 454 aa  119  6e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0645  GGDEF domain-containing protein  39.41 
 
 		 454 aa  119  6e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1222  GGDEF domain-containing protein  39.41 
 
 		 466 aa  119  6e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1418  diguanylate cyclase  39.41 
 
 		 466 aa  119  6e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3762  diguanylate cyclase  30.84 
 
 		 368 aa  119  9e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.742847  normal  0.824996 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002693  putative GGDEF family protein  38.54 
 
 		 306 aa  118  9.999999999999999e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  41.14 
 
 		 631 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0747  diguanylate cyclase  40.88 
 
 		 508 aa  118  1.9999999999999998e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3693  response regulator receiver domain-containing protein  41.04 
 
 		 476 aa  117  1.9999999999999998e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.963643  normal  0.0549661 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2518  diguanylate cyclase  32.79 
 
 		 372 aa  117  3.9999999999999997e-25  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.165269  normal  0.0137006 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2824  GGDEF domain-containing protein  38.82 
 
 		 628 aa  116  5e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4163  diguanylate cyclase  39.16 
 
 		 385 aa  116  5e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4045  diguanylate cyclase  39.16 
 
 		 385 aa  116  6e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3427  putative diguanylate cyclase (GGDEF)  37.7 
 
 		 368 aa  116  6e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000401587 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1477  diguanylate cyclase  38.22 
 
 		 411 aa  115  7.999999999999999e-25  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124607  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1336  diguanylate cyclase  38.69 
 
 		 495 aa  115  8.999999999999998e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.474489  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3968  diguanylate cyclase  39.16 
 
 		 385 aa  115  8.999999999999998e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0651  diguanylate cyclase  33.56 
 
 		 574 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000777615  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0886  diguanylate cyclase  39.05 
 
 		 542 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.34 
 
 		 531 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5913  diguanylate cyclase  41.82 
 
 		 364 aa  114  2.0000000000000002e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.67 
 
 		 772 aa  114  2.0000000000000002e-24  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  41.98 
 
 		 432 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1323  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.66 
 
 		 441 aa  114  2.0000000000000002e-24  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2959  GGDEF domain-containing protein  38.37 
 
 		 292 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000656128  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0245  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  39.77 
 
 		 1076 aa  114  3e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4043  diguanylate cyclase  28.22 
 
 		 366 aa  114  3e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.902956  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 794 aa  114  3e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.53 
 
 		 505 aa  114  3e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4164  diguanylate cyclase  37.55 
 
 		 384 aa  113  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.562104  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  36.02 
 
 		 422 aa  113  4.0000000000000004e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1022  GGDEF domain-containing protein  39.05 
 
 		 264 aa  113  4.0000000000000004e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.219718  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.55 
 
 		 304 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1057  GGDEF domain-containing protein  39.05 
 
 		 264 aa  113  5e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6727  diguanylate cyclase  39.77 
 
 		 467 aa  113  6e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1355  diguanylate cyclase  39.16 
 
 		 487 aa  112  6e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.133394  normal  0.478971 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2045  diguanylate cyclase  35 
 
 		 243 aa  112  7.000000000000001e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4428  diguanylate cyclase  35.62 
 
 		 383 aa  112  7.000000000000001e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.924554 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1693  diguanylate cyclase  40.48 
 
 		 564 aa  112  8.000000000000001e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000442745  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1230  diguanylate cyclase  40.48 
 
 		 558 aa  112  8.000000000000001e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000119791  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2732  diguanylate cyclase (GGDEF) domain protein  40.48 
 
 		 564 aa  112  8.000000000000001e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000132125  normal  0.489861 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2979  diguanylate cyclase  40.96 
 
 		 490 aa  112  9e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1687  diguanylate cyclase  40.48 
 
 		 564 aa  112  9e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0356503  hitchhiker  0.00372154 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4429  diguanylate cyclase  40.29 
 
 		 384 aa  112  9e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.901289 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  37.65 
 
 		 486 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2394  GGDEF domain-containing protein  39.53 
 
 		 415 aa  112  1.0000000000000001e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.272098  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0280  diguanylate cyclase  37.65 
 
 		 486 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.47 
 
 		 314 aa  111  1.0000000000000001e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  37.65 
 
 		 486 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2709  GGDEF domain-containing protein  33.85 
 
 		 411 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.887365  normal  0.569285 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  37.65 
 
 		 486 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  38.24 
 
 		 486 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2144  diguanylate cyclase  31.67 
 
 		 263 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0221  response regulator PleD  36.59 
 
 		 460 aa  110  2.0000000000000002e-23  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  36.57 
 
 		 334 aa  111  2.0000000000000002e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1357  diguanylate cyclase  37.43 
 
 		 508 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.255633 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1537  diguanylate cyclase  30.11 
 
 		 381 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1998  diguanylate cyclase  37.95 
 
 		 391 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.462389  normal  0.0959773 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  39.26 
 
 		 457 aa  111  2.0000000000000002e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1695  GGDEF family protein  39.08 
 
 		 420 aa  110  2.0000000000000002e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.037923  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.59 
 
 		 301 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  40.57 
 
 		 610 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  39.31 
 
 		 485 aa  110  3e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0159  diguanylate cyclase  30.65 
 
 		 368 aa  110  3e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.945874  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2680  diguanylate cyclase  38.01 
 
 		 252 aa  110  3e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  38.82 
 
 		 485 aa  110  3e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3210  GGDEF domain-containing protein  40.23 
 
 		 624 aa  110  3e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3185  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40 
 
 		 482 aa  110  3e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3330  diguanylate cyclase  38.82 
 
 		 556 aa  110  4.0000000000000004e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.702874 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00151  Response regulator containing a CheY-like receiver domain and a GGDEF domain  37.84 
 
 		 353 aa  110  4.0000000000000004e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.440614  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>