More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_3412 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_3412  diguanylate cyclase  100 
 
 		 346 aa  708    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0443  GGDEF domain-containing protein  45.61 
 
 		 337 aa  280  3e-74  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0613635  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4493  diguanylate cyclase  41.36 
 
 		 332 aa  248  1e-64  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0892  diguanylate cyclase  37.17 
 
 		 323 aa  192  7e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.501117 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3961  diguanylate cyclase  32.48 
 
 		 340 aa  169  8e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.042208 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2703  diguanylate cyclase  34.77 
 
 		 339 aa  163  3e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.863974  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0891  diguanylate cyclase  35.45 
 
 		 332 aa  162  7e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.492307 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3227  diguanylate cyclase  34.8 
 
 		 359 aa  157  3e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.709302  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1920  diguanylate cyclase  33.53 
 
 		 346 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1204  GGDEF family protein  42.86 
 
 		 195 aa  151  2e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.040239  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2517  diguanylate cyclase  33.8 
 
 		 301 aa  140  3e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.251685  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1085  diguanylate cyclase  29.51 
 
 		 357 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3762  diguanylate cyclase  31.79 
 
 		 368 aa  127  2.0000000000000002e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.742847  normal  0.824996 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  32.32 
 
 		 360 aa  122  7e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4043  diguanylate cyclase  29.27 
 
 		 366 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.902956  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6727  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 467 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00420  GGDEF domain protein  46.83 
 
 		 464 aa  117  3.9999999999999997e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  35.24 
 
 		 457 aa  117  3.9999999999999997e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3780  diguanylate cyclase  37 
 
 		 361 aa  116  6e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3693  response regulator receiver domain-containing protein  39.88 
 
 		 476 aa  115  8.999999999999998e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.963643  normal  0.0549661 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2318  diguanylate cyclase  36.45 
 
 		 363 aa  115  8.999999999999998e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3752  diguanylate cyclase  37.56 
 
 		 436 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3922  GGDEF domain-containing protein  37.87 
 
 		 364 aa  114  3e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3185  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.34 
 
 		 482 aa  114  3e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1814  diguanylate cyclase  41.81 
 
 		 267 aa  113  4.0000000000000004e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2725  diguanylate cyclase  35.64 
 
 		 368 aa  113  5e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.211672 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  37.79 
 
 		 432 aa  113  6e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1169  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.67 
 
 		 596 aa  113  6e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0126253 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0125  GGDEF domain-containing protein  37.88 
 
 		 371 aa  111  1.0000000000000001e-23  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1695  GGDEF family protein  30.72 
 
 		 420 aa  111  1.0000000000000001e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.037923  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  29.47 
 
 		 362 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.47 
 
 		 314 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1059  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  36.09 
 
 		 570 aa  112  1.0000000000000001e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.99 
 
 		 531 aa  112  1.0000000000000001e-23  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3066  GGDEF domain-containing protein  38.2 
 
 		 466 aa  110  3e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1551  GGDEF domain-containing protein  38.2 
 
 		 466 aa  110  3e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1449  diguanylate cyclase  38.2 
 
 		 466 aa  110  3e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1222  GGDEF domain-containing protein  38.2 
 
 		 466 aa  110  3e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1418  diguanylate cyclase  38.2 
 
 		 466 aa  110  3e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2867  diguanylate cyclase  35.85 
 
 		 402 aa  110  3e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0508  GGDEF domain-containing protein  38.2 
 
 		 454 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0159  diguanylate cyclase  29.3 
 
 		 368 aa  110  4.0000000000000004e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.945874  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3387  diguanylate cyclase  29.43 
 
 		 385 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.610096  normal  0.24043 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0645  GGDEF domain-containing protein  38.2 
 
 		 454 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5658  putative diguanylate cyclase  33.82 
 
 		 395 aa  110  4.0000000000000004e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0922182 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3991  diguanylate cyclase  35.1 
 
 		 396 aa  110  5e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1483  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.9 
 
 		 335 aa  109  6e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.882912  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  34.62 
 
 		 457 aa  109  6e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0489  diguanylate cyclase  35.68 
 
 		 384 aa  109  6e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1063  diguanylate cyclase  36.16 
 
 		 366 aa  108  9.000000000000001e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4585  diguanylate cyclase  38.17 
 
 		 281 aa  108  1e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.704428  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2931  diguanylate cyclase  37.87 
 
 		 432 aa  108  1e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3330  diguanylate cyclase  37.78 
 
 		 556 aa  108  2e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.702874 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1062  diguanylate cyclase  34.98 
 
 		 566 aa  108  2e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0191664  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2979  diguanylate cyclase  36.69 
 
 		 490 aa  108  2e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3686  diguanylate cyclase  28.69 
 
 		 385 aa  107  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.557727  normal  0.196909 
 
 
-
 
NC_002978  WD0221  response regulator PleD  38.92 
 
 		 460 aa  107  3e-22  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1946  diguanylate cyclase  31.69 
 
 		 368 aa  107  3e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0707577  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4255  GGDEF  36.42 
 
 		 400 aa  107  3e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4084  diguanylate cyclase  43.56 
 
 		 308 aa  107  3e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.647137 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3563  diguanylate cyclase  39.23 
 
 		 386 aa  107  3e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.178663  normal  0.195496 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  35.56 
 
 		 487 aa  107  3e-22  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6347  diguanylate cyclase  31.93 
 
 		 507 aa  107  3e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.197089 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3185  diguanylate cyclase  33 
 
 		 347 aa  107  3e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.106755  normal  0.0939676 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  32.91 
 
 		 308 aa  107  4e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2045  diguanylate cyclase  38.86 
 
 		 243 aa  107  4e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5509  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.13 
 
 		 326 aa  107  4e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.872831  normal  0.058561 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1721  diguanylate cyclase  41.48 
 
 		 483 aa  107  4e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.176219  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0845  diguanylate cyclase  34.97 
 
 		 578 aa  107  4e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  35.38 
 
 		 457 aa  107  4e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.99 
 
 		 772 aa  107  4e-22  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 510 aa  106  5e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4046  diguanylate cyclase  39.16 
 
 		 370 aa  106  5e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.822209  normal  0.170449 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4649  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 510 aa  106  5e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 510 aa  106  6e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2824  GGDEF domain-containing protein  37.64 
 
 		 628 aa  106  6e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1702  diguanylate cyclase  26.94 
 
 		 370 aa  106  6e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1817  GGDEF family protein  37.87 
 
 		 512 aa  106  6e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1231  diguanylate cyclase  26.47 
 
 		 345 aa  106  6e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  39.34 
 
 		 612 aa  105  8e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  39.52 
 
 		 349 aa  105  8e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2535  diguanylate cyclase  34.71 
 
 		 1099 aa  106  8e-22  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.12937  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1821  diguanylate cyclase  41.86 
 
 		 821 aa  106  8e-22  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4080  diguanylate cyclase  46.03 
 
 		 418 aa  105  8e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1358  diguanylate cyclase  30.48 
 
 		 412 aa  105  1e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  32.7 
 
 		 457 aa  105  1e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.29 
 
 		 317 aa  105  1e-21  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2009  diguanylate cyclase  34.47 
 
 		 482 aa  105  1e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0406773 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4161  diguanylate cyclase  35.64 
 
 		 366 aa  105  1e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.61051  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  34.13 
 
 		 457 aa  105  1e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0755  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.71 
 
 		 298 aa  105  1e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.893944 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1485  diguanylate cyclase  36.09 
 
 		 490 aa  105  1e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7783  diguanylate cyclase  39.34 
 
 		 592 aa  105  2e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.466824 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2150  cellulose synthesis regulatory protein  32.38 
 
 		 570 aa  104  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.297138  normal  0.0131316 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1253  cellulose synthesis regulatory protein  32.38 
 
 		 570 aa  104  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.839594 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0619  response regulator receiver protein  30.48 
 
 		 378 aa  105  2e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.171629 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0615  diguanylate cyclase  37.14 
 
 		 320 aa  104  2e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000794548 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2146  cellulose synthesis regulatory protein  32.38 
 
 		 570 aa  104  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.256949  normal  0.163286 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0773  response regulator PleD  36.62 
 
 		 458 aa  105  2e-21  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0754  diguanylate cyclase  37.65 
 
 		 350 aa  104  2e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>