More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppro_3362 on replicon NC_008609
Organism: Pelobacter propionicus DSM 2379



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008609  Ppro_3362  diguanylate cyclase  100 
 
 		 380 aa  763    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1426  diguanylate cyclase  36.96 
 
 		 385 aa  166  5e-40  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  40.57 
 
 		 461 aa  154  2e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  44.72 
 
 		 485 aa  153  5.9999999999999996e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.17 
 
 		 797 aa  151  2e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0411  diguanylate cyclase  43.72 
 
 		 628 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  42.11 
 
 		 625 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3903  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  43.72 
 
 		 628 aa  147  3e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0423  diguanylate cyclase  43.72 
 
 		 621 aa  147  3e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000679734 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4207  GGDEF domain-containing protein  42.11 
 
 		 625 aa  146  7.0000000000000006e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  41.35 
 
 		 510 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0397  diguanylate cyclase  41.58 
 
 		 625 aa  145  8.000000000000001e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  41.35 
 
 		 510 aa  145  1e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0575  response regulator PleD  38.66 
 
 		 456 aa  145  1e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  47.65 
 
 		 1774 aa  145  1e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4649  diguanylate cyclase  41.35 
 
 		 510 aa  145  1e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3559  diguanylate cyclase  41.58 
 
 		 625 aa  145  1e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0437  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  43.17 
 
 		 628 aa  145  1e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0211155 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  46.55 
 
 		 485 aa  144  2e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  45.4 
 
 		 485 aa  144  3e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  40.44 
 
 		 624 aa  144  3e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3108  diguanylate cyclase  40.17 
 
 		 411 aa  144  3e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  45.4 
 
 		 612 aa  143  4e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  41.47 
 
 		 485 aa  143  4e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0610  response regulator PleD  40.95 
 
 		 461 aa  143  5e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.961713  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  43.66 
 
 		 457 aa  143  5e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1902  diguanylate cyclase  46.2 
 
 		 469 aa  143  6e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000136063  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1677  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.29 
 
 		 512 aa  142  7e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00717505  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2709  GGDEF domain-containing protein  46.93 
 
 		 411 aa  142  8e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.887365  normal  0.569285 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1952  hypothetical protein  45.66 
 
 		 306 aa  142  9e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00612967  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  43.63 
 
 		 457 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3932  GGDEF domain-containing protein  46.2 
 
 		 402 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0460046  normal  0.0449819 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3210  GGDEF domain-containing protein  40.41 
 
 		 624 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23130  sensory box GGDEF domain-containing protein  45.66 
 
 		 307 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.561543  decreased coverage  0.0000866239 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12380  diguanylate cyclase  42.2 
 
 		 499 aa  141  1.9999999999999998e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00534046  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3800  diguanylate cyclase  42.08 
 
 		 621 aa  140  3e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4122  diguanylate cyclase  47.8 
 
 		 395 aa  140  3e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.302969  normal  0.519011 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3480  diguanylate cyclase  47.8 
 
 		 395 aa  140  3e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.232889  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2397  diguanylate cyclase  40.67 
 
 		 510 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26970  hypothetical protein  45.09 
 
 		 525 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2896  cellulose binding, type IV  43.82 
 
 		 443 aa  140  3.9999999999999997e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00808862 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3381  diguanylate cyclase  41.08 
 
 		 622 aa  140  4.999999999999999e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  40.53 
 
 		 631 aa  140  4.999999999999999e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2284  hypothetical protein  45.09 
 
 		 525 aa  139  6e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0619167  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2673  diguanylate cyclase  46.82 
 
 		 411 aa  139  7e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.150858 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  39.62 
 
 		 457 aa  139  7e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  43.03 
 
 		 355 aa  139  7.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4369  sensor diguanylate cyclase  40.99 
 
 		 569 aa  139  8.999999999999999e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.399197 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1230  diguanylate cyclase  41.85 
 
 		 558 aa  139  8.999999999999999e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000119791  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1693  diguanylate cyclase  40.39 
 
 		 564 aa  138  1e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000442745  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2732  diguanylate cyclase (GGDEF) domain protein  40.39 
 
 		 564 aa  138  1e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000132125  normal  0.489861 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  45.03 
 
 		 464 aa  139  1e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0470  GGDEF  42.35 
 
 		 412 aa  139  1e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.606028 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  42.86 
 
 		 548 aa  139  1e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.66 
 
 		 308 aa  138  1e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.66 
 
 		 308 aa  138  1e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3222  diguanylate cyclase  46.55 
 
 		 469 aa  139  1e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0257406  normal  0.307548 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  42.46 
 
 		 307 aa  137  2e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3096  diguanylate cyclase  41.21 
 
 		 452 aa  137  2e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0200719  hitchhiker  0.00269086 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2521  diguanylate cyclase  45.14 
 
 		 350 aa  138  2e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5454  diguanylate cyclase  40 
 
 		 510 aa  138  2e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.488047  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1687  diguanylate cyclase  41.3 
 
 		 564 aa  138  2e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0356503  hitchhiker  0.00372154 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3583  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.18 
 
 		 322 aa  138  2e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000864033 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0995  diguanylate cyclase with GAF sensor  45.12 
 
 		 792 aa  137  3.0000000000000003e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.37011  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  40.53 
 
 		 610 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  43.26 
 
 		 455 aa  137  3.0000000000000003e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  42.33 
 
 		 405 aa  137  3.0000000000000003e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.93 
 
 		 317 aa  136  5e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.93 
 
 		 317 aa  136  5e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1077  diguanylate cyclase (GGDEF) domain protein  39.9 
 
 		 558 aa  136  5e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000734609  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0886  diguanylate cyclase  38.73 
 
 		 542 aa  136  6.0000000000000005e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  44.64 
 
 		 753 aa  136  6.0000000000000005e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  40.22 
 
 		 319 aa  136  6.0000000000000005e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2636  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 220 aa  136  8e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.128146  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.53 
 
 		 312 aa  135  9.999999999999999e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0676  diguanylate cyclase  40.29 
 
 		 550 aa  135  9.999999999999999e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0260909  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  42.05 
 
 		 493 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2693  diguanylate cyclase  43.71 
 
 		 570 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2191  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 417 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.300716  normal  0.177325 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.58 
 
 		 314 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  42.61 
 
 		 493 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4131  diguanylate cyclase  44.1 
 
 		 369 aa  134  1.9999999999999998e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4589  diguanylate cyclase  45.66 
 
 		 409 aa  135  1.9999999999999998e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.365756  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4666  diguanylate cyclase  38.3 
 
 		 407 aa  135  1.9999999999999998e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00608192  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0411  PAS:GGDEF  41.05 
 
 		 317 aa  134  3e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.320308 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1014  diguanylate cyclase  41.58 
 
 		 552 aa  134  3e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.737518 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  45.61 
 
 		 360 aa  134  3e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.51 
 
 		 531 aa  134  3e-30  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1906  response regulator receiver domain-containing protein  42.2 
 
 		 603 aa  134  3e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3212  diguanylate cyclase  40.54 
 
 		 452 aa  134  3e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1842  diguanylate cyclase  45.09 
 
 		 308 aa  134  3e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.721538  normal  0.677546 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  40.39 
 
 		 457 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2754  diguanylate cyclase  43.56 
 
 		 355 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0798314  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  43.86 
 
 		 354 aa  134  3.9999999999999996e-30  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3557  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.07 
 
 		 322 aa  133  3.9999999999999996e-30  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.457648  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  40.7 
 
 		 764 aa  133  3.9999999999999996e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  44.89 
 
 		 457 aa  134  3.9999999999999996e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2187  diguanylate cyclase  40.76 
 
 		 558 aa  133  5e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000194525  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3625  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.07 
 
 		 322 aa  133  5e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  43.85 
 
 		 362 aa  133  5e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>