More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1852 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_1852  diguanylate cyclase  100 
 
 		 404 aa  823    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0317173  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1477  GGDEF domain-containing protein  73.18 
 
 		 407 aa  561  1.0000000000000001e-159  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3874  diguanylate cyclase  70.27 
 
 		 403 aa  542  1e-153  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2861  diguanylate cyclase  56.35 
 
 		 421 aa  424  1e-117  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3822  diguanylate cyclase  55.06 
 
 		 403 aa  403  1e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6762  diguanylate cyclase  50.25 
 
 		 411 aa  402  1e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.322015  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2429  diguanylate cyclase  51.72 
 
 		 406 aa  397  1e-109  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0271208 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0532  diguanylate cyclase  30.08 
 
 		 400 aa  169  7e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.457975  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  28.35 
 
 		 405 aa  142  9.999999999999999e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3218  diguanylate cyclase  34.29 
 
 		 386 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.317388 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4776  diguanylate cyclase  32.15 
 
 		 403 aa  140  4.999999999999999e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3480  diguanylate cyclase  32.26 
 
 		 395 aa  135  9.999999999999999e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.232889  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3563  diguanylate cyclase  34.29 
 
 		 386 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.178663  normal  0.195496 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4122  diguanylate cyclase  32.26 
 
 		 395 aa  135  1.9999999999999998e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.302969  normal  0.519011 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3686  diguanylate cyclase  30.68 
 
 		 385 aa  126  6e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.557727  normal  0.196909 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1530  GGDEF/HD domain-containing protein  29.6 
 
 		 564 aa  126  8.000000000000001e-28  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.890216  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4666  diguanylate cyclase  39.58 
 
 		 501 aa  125  1e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0421428  normal  0.479047 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3087  diguanylate cyclase  38.17 
 
 		 361 aa  124  3e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3843  diguanylate cyclase  31.44 
 
 		 472 aa  124  3e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1123  diguanylate cyclase  33.94 
 
 		 357 aa  124  3e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0998424  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2154  GGDEF  40.1 
 
 		 411 aa  122  9.999999999999999e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1198  diguanylate cyclase  29.26 
 
 		 394 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000754903  normal  0.715416 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4149  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 591 aa  121  1.9999999999999998e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0015025  normal  0.169582 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0095  putative sensory transduction system, regulatory protein  36.56 
 
 		 536 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.348008  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1752  diguanylate cyclase  34.88 
 
 		 718 aa  121  1.9999999999999998e-26  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.972307  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1811  GGDEF/HD domain-containing protein  29.2 
 
 		 563 aa  121  1.9999999999999998e-26  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.63619  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  38.92 
 
 		 466 aa  120  3e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  40.45 
 
 		 464 aa  120  3e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2721  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.78 
 
 		 686 aa  121  3e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.53529  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2048  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.99 
 
 		 704 aa  120  3e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3381  diguanylate cyclase  40 
 
 		 622 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1753  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  32.7 
 
 		 1073 aa  120  3.9999999999999996e-26  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3042  response regulator receiver protein  42.33 
 
 		 388 aa  120  4.9999999999999996e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.646056  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4960  GGDEF  33.69 
 
 		 413 aa  120  4.9999999999999996e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.806512  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2169  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.87 
 
 		 713 aa  120  6e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3136  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.73 
 
 		 700 aa  119  7e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.882621  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0619  response regulator receiver protein  38.95 
 
 		 378 aa  119  7.999999999999999e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.171629 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0831  diguanylate cyclase  38.6 
 
 		 351 aa  119  7.999999999999999e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0453  GGDEF domain-containing protein  39.13 
 
 		 641 aa  119  7.999999999999999e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0748  diguanylate cyclase  30 
 
 		 375 aa  119  7.999999999999999e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4490  diguanylate cyclase  40.22 
 
 		 305 aa  119  9.999999999999999e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.404195  normal  0.94079 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4814  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.24 
 
 		 628 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.230957  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  34.86 
 
 		 316 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1025  diguanylate cyclase  37.06 
 
 		 492 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1426  diguanylate cyclase  35.35 
 
 		 385 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4046  diguanylate cyclase  34.19 
 
 		 370 aa  117  1.9999999999999998e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.822209  normal  0.170449 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2024  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.91 
 
 		 665 aa  118  1.9999999999999998e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3939  response regulator receiver domain-containing protein  36.11 
 
 		 588 aa  117  1.9999999999999998e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.238688  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0760  diguanylate cyclase  40 
 
 		 495 aa  117  1.9999999999999998e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.126237  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1021  diguanylate cyclase  36.87 
 
 		 492 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0128107  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3387  diguanylate cyclase  30.34 
 
 		 385 aa  117  3e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.610096  normal  0.24043 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4735  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.41 
 
 		 689 aa  117  3e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0595206  normal  0.234911 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2240  diguanylate cyclase  38.1 
 
 		 758 aa  117  3e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.365812 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2173  diguanylate cyclase  36.08 
 
 		 416 aa  117  3e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.355193 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2747  diguanylate cyclase  34.95 
 
 		 261 aa  117  3e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.86983  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2092  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.44 
 
 		 545 aa  117  3e-25  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.403433  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0680  diguanylate cyclase  36.63 
 
 		 466 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  30.71 
 
 		 354 aa  117  3.9999999999999997e-25  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0847  two component diguanylate cyclase  37.21 
 
 		 327 aa  117  3.9999999999999997e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1138  diguanylate cyclase  34.54 
 
 		 345 aa  117  3.9999999999999997e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  34.43 
 
 		 631 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3704  diguanylate cyclase  36.68 
 
 		 460 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3203  diguanylate cyclase  36.92 
 
 		 569 aa  117  5e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0987619 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1924  diguanylate cyclase  38.05 
 
 		 492 aa  117  5e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.268801  normal  0.495061 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0508  GGDEF domain-containing protein  37.08 
 
 		 454 aa  116  6e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0645  GGDEF domain-containing protein  37.08 
 
 		 454 aa  116  6e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4425  GGDEF family protein  37.57 
 
 		 435 aa  116  6e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0233  diguanylate cyclase  29.82 
 
 		 373 aa  116  6e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3066  GGDEF domain-containing protein  37.08 
 
 		 466 aa  116  6e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1449  diguanylate cyclase  37.08 
 
 		 466 aa  116  6e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1551  GGDEF domain-containing protein  37.08 
 
 		 466 aa  116  6e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1418  diguanylate cyclase  37.08 
 
 		 466 aa  116  6e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1222  GGDEF domain-containing protein  37.08 
 
 		 466 aa  116  6e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2096  diguanylate cyclase  37.88 
 
 		 584 aa  116  6.9999999999999995e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0797  diguanylate cyclase  34.22 
 
 		 408 aa  116  6.9999999999999995e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.71948  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4207  GGDEF domain-containing protein  32.81 
 
 		 625 aa  116  7.999999999999999e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1305  GGDEF domain protein  38.54 
 
 		 502 aa  116  7.999999999999999e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.620212  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  32.81 
 
 		 625 aa  116  7.999999999999999e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  41.44 
 
 		 457 aa  116  7.999999999999999e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  35.44 
 
 		 320 aa  116  8.999999999999998e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0895  GAF domain/GGDEF domain-containing protein  40 
 
 		 688 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0310961  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2088  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.35 
 
 		 700 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.133326  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3745  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 681 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1901  diguanylate cyclase  38.05 
 
 		 492 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1928  diguanylate cyclase  35.27 
 
 		 365 aa  115  1.0000000000000001e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.851461 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  41.88 
 
 		 343 aa  115  1.0000000000000001e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2495  diguanylate cyclase  38.04 
 
 		 422 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3334  diguanylate cyclase  39.66 
 
 		 321 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.798372  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6178  diguanylate cyclase  38.05 
 
 		 492 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.837587  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3576  diguanylate cyclase  33.51 
 
 		 484 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3210  GGDEF domain-containing protein  31.09 
 
 		 624 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3559  diguanylate cyclase  32.81 
 
 		 625 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0397  diguanylate cyclase  32.81 
 
 		 625 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3988  two component response regulator  40 
 
 		 296 aa  114  2.0000000000000002e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4904  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.89 
 
 		 642 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0484368  normal  0.638753 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0143  membrane associated GGDEF protein  40.37 
 
 		 482 aa  115  2.0000000000000002e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2667  diguanylate cyclase  40.22 
 
 		 522 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.548675  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1192  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.76 
 
 		 316 aa  115  2.0000000000000002e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  40.11 
 
 		 455 aa  115  2.0000000000000002e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.58 
 
 		 301 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>