More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3874 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_3874  diguanylate cyclase  100 
 
 		 403 aa  812    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1477  GGDEF domain-containing protein  78.76 
 
 		 407 aa  603  1.0000000000000001e-171  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1852  diguanylate cyclase  70.27 
 
 		 404 aa  566  1e-160  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0317173  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2861  diguanylate cyclase  56.82 
 
 		 421 aa  424  1e-117  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2429  diguanylate cyclase  54.18 
 
 		 406 aa  404  1e-111  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0271208 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6762  diguanylate cyclase  52.12 
 
 		 411 aa  404  1e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.322015  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3822  diguanylate cyclase  53.19 
 
 		 403 aa  383  1e-105  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0532  diguanylate cyclase  29.35 
 
 		 400 aa  176  5e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.457975  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2154  GGDEF  44.44 
 
 		 411 aa  142  9.999999999999999e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  28.5 
 
 		 405 aa  137  4e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2173  diguanylate cyclase  38.73 
 
 		 416 aa  134  3e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.355193 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3843  diguanylate cyclase  33.76 
 
 		 472 aa  131  2.0000000000000002e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4122  diguanylate cyclase  31.07 
 
 		 395 aa  130  5.0000000000000004e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.302969  normal  0.519011 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4149  diguanylate cyclase  37.85 
 
 		 591 aa  129  6e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0015025  normal  0.169582 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3480  diguanylate cyclase  31.07 
 
 		 395 aa  129  7.000000000000001e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.232889  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4425  GGDEF family protein  33.85 
 
 		 435 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4776  diguanylate cyclase  31.89 
 
 		 403 aa  127  4.0000000000000003e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3042  response regulator receiver protein  35.58 
 
 		 388 aa  125  1e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.646056  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1752  diguanylate cyclase  33.53 
 
 		 718 aa  124  4e-27  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.972307  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0619  response regulator receiver protein  38.95 
 
 		 378 aa  123  5e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.171629 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  36.41 
 
 		 320 aa  123  7e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0095  putative sensory transduction system, regulatory protein  38.8 
 
 		 536 aa  122  9.999999999999999e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.348008  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0794  diguanylate cyclase  37.93 
 
 		 394 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00826  putative transmembrane protein  41.71 
 
 		 488 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.61367  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0831  diguanylate cyclase  36.84 
 
 		 351 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  40 
 
 		 464 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0284  diguanylate cyclase  30.63 
 
 		 391 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.879349  unclonable  0.0000000000722624 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2667  diguanylate cyclase  41.57 
 
 		 522 aa  121  3e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.548675  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0797  diguanylate cyclase  36.55 
 
 		 408 aa  120  4.9999999999999996e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.71948  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1212  diguanylate cyclase  34.44 
 
 		 578 aa  120  4.9999999999999996e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.73 
 
 		 313 aa  120  4.9999999999999996e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2693  diguanylate cyclase  40.22 
 
 		 570 aa  120  6e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4046  diguanylate cyclase  35.4 
 
 		 370 aa  119  7e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.822209  normal  0.170449 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4666  diguanylate cyclase  39.08 
 
 		 501 aa  119  7.999999999999999e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0421428  normal  0.479047 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4814  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.2 
 
 		 628 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.230957  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3087  diguanylate cyclase  32.23 
 
 		 361 aa  118  9.999999999999999e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3218  diguanylate cyclase  32.81 
 
 		 386 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.317388 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1198  diguanylate cyclase  28.29 
 
 		 394 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000754903  normal  0.715416 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1211  diguanylate cyclase  34.44 
 
 		 578 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2380  diguanylate cyclase  35.23 
 
 		 410 aa  118  1.9999999999999998e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0847  two component diguanylate cyclase  35.48 
 
 		 327 aa  118  1.9999999999999998e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0233  diguanylate cyclase  28.45 
 
 		 373 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1713  diguanylate cyclase  34.64 
 
 		 462 aa  118  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3210  GGDEF domain-containing protein  33.85 
 
 		 624 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1282  diguanylate cyclase  33.89 
 
 		 578 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3737  diguanylate cyclase  30.28 
 
 		 391 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.319757  hitchhiker  0.00976865 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3230  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.22 
 
 		 642 aa  118  1.9999999999999998e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.7142  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0748  diguanylate cyclase  36.05 
 
 		 375 aa  117  3e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  41.24 
 
 		 457 aa  117  3e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1753  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  33.03 
 
 		 1073 aa  117  3e-25  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2747  diguanylate cyclase  38.29 
 
 		 261 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.86983  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2458  diguanylate cyclase  43.53 
 
 		 351 aa  117  3.9999999999999997e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0038225 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  40.91 
 
 		 455 aa  117  3.9999999999999997e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0402  diguanylate cyclase  40.3 
 
 		 866 aa  117  3.9999999999999997e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.362695  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  39.2 
 
 		 457 aa  117  5e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2495  diguanylate cyclase  39.29 
 
 		 422 aa  116  6e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3334  GGDEF family protein  35.47 
 
 		 574 aa  116  6.9999999999999995e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2222  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.12 
 
 		 732 aa  116  6.9999999999999995e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.513474  normal  0.0596169 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1138  diguanylate cyclase  36.55 
 
 		 345 aa  116  6.9999999999999995e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6727  diguanylate cyclase  36.57 
 
 		 467 aa  116  7.999999999999999e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3381  diguanylate cyclase  33.85 
 
 		 622 aa  116  7.999999999999999e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3066  GGDEF domain-containing protein  38.2 
 
 		 466 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1418  diguanylate cyclase  38.2 
 
 		 466 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1551  GGDEF domain-containing protein  38.2 
 
 		 466 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1449  diguanylate cyclase  38.2 
 
 		 466 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1025  diguanylate cyclase  40.61 
 
 		 492 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4143  putative diguanylate cyclase  35.9 
 
 		 409 aa  115  1.0000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000307242  normal  0.739273 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  33.9 
 
 		 316 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2160  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.12 
 
 		 732 aa  115  1.0000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1222  GGDEF domain-containing protein  38.2 
 
 		 466 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1750  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  37.43 
 
 		 896 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.42554 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1021  diguanylate cyclase  40.61 
 
 		 492 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0128107  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  40.68 
 
 		 457 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1192  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.86 
 
 		 316 aa  115  2.0000000000000002e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3170  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.36 
 
 		 344 aa  114  2.0000000000000002e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.103544 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0645  GGDEF domain-containing protein  38.2 
 
 		 454 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0508  GGDEF domain-containing protein  38.2 
 
 		 454 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1811  diguanylate cyclase  36.93 
 
 		 1037 aa  115  2.0000000000000002e-24  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.688838  normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2096  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.26 
 
 		 664 aa  114  2.0000000000000002e-24  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.76184 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2824  GGDEF domain-containing protein  38.98 
 
 		 628 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  33.16 
 
 		 631 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0429  diguanylate cyclase  38.18 
 
 		 469 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.469713 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0143  membrane associated GGDEF protein  38.04 
 
 		 482 aa  115  2.0000000000000002e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0822  diguanylate cyclase  36.21 
 
 		 554 aa  115  2.0000000000000002e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00155452  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1805  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  35.15 
 
 		 960 aa  114  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1136  diguanylate cyclase  38.29 
 
 		 582 aa  115  2.0000000000000002e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3624  diguanylate cyclase  36.16 
 
 		 341 aa  114  3e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.112804  normal  0.505096 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3563  diguanylate cyclase  32.81 
 
 		 386 aa  114  3e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.178663  normal  0.195496 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2110  PAS:GGDEF  36.05 
 
 		 796 aa  114  3e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.172113  normal  0.0218284 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1014  diguanylate cyclase  38.59 
 
 		 552 aa  114  3e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.737518 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4255  GGDEF  28.64 
 
 		 400 aa  114  3e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4960  GGDEF  36.36 
 
 		 413 aa  114  3e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.806512  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1808  diguanylate cyclase  39.55 
 
 		 247 aa  114  3e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.148862  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.33 
 
 		 301 aa  114  3e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0767  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.5 
 
 		 675 aa  114  3e-24  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000798179  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1426  diguanylate cyclase  36.31 
 
 		 385 aa  114  3e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2671  diguanylate cyclase  35.12 
 
 		 578 aa  114  3e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00272144  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2519  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 522 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.926429  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0296  diguanylate cyclase  33.07 
 
 		 389 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0897488  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2511  diguanylate cyclase  35.89 
 
 		 686 aa  114  4.0000000000000004e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.315227  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>