More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3822 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_3822  diguanylate cyclase  100 
 
 		 403 aa  818    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1852  diguanylate cyclase  56.66 
 
 		 404 aa  431  1e-119  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0317173  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2861  diguanylate cyclase  56.97 
 
 		 421 aa  428  1e-119  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6762  diguanylate cyclase  52.94 
 
 		 411 aa  414  1e-114  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.322015  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2429  diguanylate cyclase  55.76 
 
 		 406 aa  411  1e-114  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0271208 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1477  GGDEF domain-containing protein  54.29 
 
 		 407 aa  395  1e-109  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3874  diguanylate cyclase  53.19 
 
 		 403 aa  384  1e-105  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0532  diguanylate cyclase  32.16 
 
 		 400 aa  196  6e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.457975  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1222  GGDEF domain-containing protein  40.8 
 
 		 466 aa  138  1e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3066  GGDEF domain-containing protein  40.8 
 
 		 466 aa  138  1e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1551  GGDEF domain-containing protein  40.8 
 
 		 466 aa  138  1e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1449  diguanylate cyclase  40.8 
 
 		 466 aa  138  1e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1418  diguanylate cyclase  40.8 
 
 		 466 aa  138  1e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  45.66 
 
 		 464 aa  138  2e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0508  GGDEF domain-containing protein  40.8 
 
 		 454 aa  138  2e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  33.1 
 
 		 413 aa  138  2e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0645  GGDEF domain-containing protein  40.8 
 
 		 454 aa  138  2e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2824  GGDEF domain-containing protein  41.62 
 
 		 628 aa  138  2e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4776  diguanylate cyclase  32.13 
 
 		 403 aa  137  4e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2608  diguanylate cyclase  32.79 
 
 		 380 aa  137  4e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0233  diguanylate cyclase  29.41 
 
 		 373 aa  136  8e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6727  diguanylate cyclase  41.95 
 
 		 467 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3092  diguanylate cyclase  28.66 
 
 		 389 aa  135  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.03 
 
 		 322 aa  134  3e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1821  diguanylate cyclase  40.46 
 
 		 466 aa  130  3e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4666  diguanylate cyclase  41.97 
 
 		 501 aa  131  3e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0421428  normal  0.479047 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1891  diguanylate cyclase  40.46 
 
 		 466 aa  130  3e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.311116  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1903  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 466 aa  130  5.0000000000000004e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1926  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 466 aa  130  5.0000000000000004e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.647076  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6176  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 466 aa  130  5.0000000000000004e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4207  GGDEF domain-containing protein  38.38 
 
 		 625 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4122  diguanylate cyclase  30.88 
 
 		 395 aa  128  1.0000000000000001e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.302969  normal  0.519011 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4518  diguanylate cyclase  43.35 
 
 		 345 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  37.84 
 
 		 625 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0797  diguanylate cyclase  37.76 
 
 		 408 aa  129  1.0000000000000001e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.71948  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  38.51 
 
 		 722 aa  128  2.0000000000000002e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  39.38 
 
 		 373 aa  128  2.0000000000000002e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3093  diguanylate cyclase  30.69 
 
 		 387 aa  128  2.0000000000000002e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3480  diguanylate cyclase  30.88 
 
 		 395 aa  128  2.0000000000000002e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.232889  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3559  diguanylate cyclase  37.84 
 
 		 625 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0397  diguanylate cyclase  37.84 
 
 		 625 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0619  response regulator receiver protein  30.12 
 
 		 378 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.171629 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  38.5 
 
 		 405 aa  127  3e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0886  diguanylate cyclase  36.94 
 
 		 391 aa  127  3e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0459194 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1030  diguanylate cyclase  36.94 
 
 		 391 aa  127  3e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.12052 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5204  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 466 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0140022  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.88 
 
 		 317 aa  127  4.0000000000000003e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.88 
 
 		 317 aa  127  4.0000000000000003e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  37.23 
 
 		 631 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  37.43 
 
 		 624 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1751  diguanylate cyclase  33.61 
 
 		 389 aa  127  5e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000123921  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1125  GGDEF  41.67 
 
 		 509 aa  127  5e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.394023  normal  0.376452 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2747  diguanylate cyclase  40.54 
 
 		 261 aa  126  5e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.86983  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  45.24 
 
 		 464 aa  126  7e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3334  GGDEF family protein  38.46 
 
 		 574 aa  126  8.000000000000001e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3210  GGDEF domain-containing protein  38.1 
 
 		 624 aa  125  1e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1371  diguanylate cyclase  39.31 
 
 		 466 aa  125  1e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.385487  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1449  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.09 
 
 		 332 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  40.57 
 
 		 422 aa  124  2e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3903  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  37.1 
 
 		 628 aa  125  2e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3966  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.13 
 
 		 332 aa  125  2e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.756589  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0411  diguanylate cyclase  37.1 
 
 		 628 aa  125  2e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0509  diguanylate cyclase  44.79 
 
 		 498 aa  125  2e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00480754 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1138  diguanylate cyclase  36.08 
 
 		 345 aa  125  2e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3381  diguanylate cyclase  37.77 
 
 		 622 aa  125  2e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2715  diguanylate cyclase  44.9 
 
 		 508 aa  124  3e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.271597  normal  0.533444 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1577  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 314 aa  124  3e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2567  diguanylate cyclase  40 
 
 		 397 aa  124  3e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0680  diguanylate cyclase  35.82 
 
 		 466 aa  124  4e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1905  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.64 
 
 		 568 aa  123  4e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00246734  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1198  diguanylate cyclase  30.45 
 
 		 394 aa  123  5e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000754903  normal  0.715416 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0847  two component diguanylate cyclase  40.94 
 
 		 327 aa  123  6e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1211  diguanylate cyclase  38.07 
 
 		 578 aa  123  6e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6347  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 507 aa  123  7e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.197089 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  38.71 
 
 		 485 aa  123  7e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0423  diguanylate cyclase  37.64 
 
 		 621 aa  123  7e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000679734 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0655  diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 172 aa  123  7e-27  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000725118  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4405  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.54 
 
 		 332 aa  122  8e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.382822 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2036  diguanylate cyclase  31.12 
 
 		 381 aa  122  8e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0190259 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0093  diguanylate cyclase  39.11 
 
 		 426 aa  122  8e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1282  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 578 aa  122  9e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4425  GGDEF family protein  34.53 
 
 		 435 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1260  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.94 
 
 		 423 aa  122  9.999999999999999e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1123  diguanylate cyclase  33.94 
 
 		 357 aa  122  9.999999999999999e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0998424  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1895  diguanylate cyclase  36.81 
 
 		 555 aa  122  9.999999999999999e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1811  GGDEF/HD domain-containing protein  34.47 
 
 		 563 aa  122  9.999999999999999e-27  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.63619  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1530  GGDEF/HD domain-containing protein  34.47 
 
 		 564 aa  122  9.999999999999999e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.890216  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4666  diguanylate cyclase  25.54 
 
 		 407 aa  121  1.9999999999999998e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00608192  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3922  GGDEF domain-containing protein  33.92 
 
 		 364 aa  121  1.9999999999999998e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  41.76 
 
 		 736 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0119  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.35 
 
 		 324 aa  121  1.9999999999999998e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.969085  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2173  diguanylate cyclase  37.44 
 
 		 416 aa  122  1.9999999999999998e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.355193 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1212  diguanylate cyclase  38.12 
 
 		 578 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  39.25 
 
 		 485 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2157  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 559 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.46132  hitchhiker  0.000000586134 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4395  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 498 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 454 aa  120  3e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3063  diguanylate cyclase  42.11 
 
 		 1003 aa  120  3e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.964207  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3287  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  42.11 
 
 		 1003 aa  120  3e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0437  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  36.56 
 
 		 628 aa  120  3e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0211155 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>