More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_2861 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007406  Nwi_2429  diguanylate cyclase  81.03 
 
 
406 aa  659    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0271208 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2861  diguanylate cyclase  100 
 
 
421 aa  853    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6762  diguanylate cyclase  59.75 
 
 
411 aa  483  1e-135  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.322015  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1852  diguanylate cyclase  57.18 
 
 
404 aa  436  1e-121  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0317173  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1477  GGDEF domain-containing protein  57.85 
 
 
407 aa  422  1e-117  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3874  diguanylate cyclase  56.78 
 
 
403 aa  409  1e-113  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3822  diguanylate cyclase  56.97 
 
 
403 aa  409  1e-113  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0532  diguanylate cyclase  32.47 
 
 
400 aa  196  5.000000000000001e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.457975  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3480  diguanylate cyclase  32.93 
 
 
395 aa  162  1e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.232889  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4122  diguanylate cyclase  32.63 
 
 
395 aa  160  4e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.302969  normal  0.519011 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4776  diguanylate cyclase  32.41 
 
 
403 aa  156  8e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1418  diguanylate cyclase  40.23 
 
 
466 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3066  GGDEF domain-containing protein  40.23 
 
 
466 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1551  GGDEF domain-containing protein  40.23 
 
 
466 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1449  diguanylate cyclase  40.23 
 
 
466 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4666  diguanylate cyclase  29.33 
 
 
407 aa  142  1.9999999999999998e-32  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00608192  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1222  GGDEF domain-containing protein  40.23 
 
 
466 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0233  diguanylate cyclase  30.7 
 
 
373 aa  141  3e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0645  GGDEF domain-containing protein  40.23 
 
 
454 aa  141  3e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0508  GGDEF domain-containing protein  40.23 
 
 
454 aa  141  3e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2608  diguanylate cyclase  32.26 
 
 
380 aa  139  1e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2824  GGDEF domain-containing protein  40.46 
 
 
628 aa  138  2e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0093  diguanylate cyclase  39.58 
 
 
426 aa  136  6.0000000000000005e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3752  diguanylate cyclase  29.62 
 
 
436 aa  135  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0886  diguanylate cyclase  32.58 
 
 
391 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.0459194 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1030  diguanylate cyclase  32.58 
 
 
391 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.12052 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  33.04 
 
 
405 aa  135  1.9999999999999998e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0797  diguanylate cyclase  38.33 
 
 
408 aa  133  5e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.71948  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2567  diguanylate cyclase  33.8 
 
 
397 aa  133  6e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  35.61 
 
 
413 aa  133  6.999999999999999e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1808  diguanylate cyclase  35.06 
 
 
247 aa  132  1.0000000000000001e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.148862  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3737  diguanylate cyclase  39.77 
 
 
391 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.319757  hitchhiker  0.00976865 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1125  GGDEF  41.55 
 
 
509 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.394023  normal  0.376452 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.6 
 
 
322 aa  132  2.0000000000000002e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4666  diguanylate cyclase  43.75 
 
 
501 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0421428  normal  0.479047 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3203  diguanylate cyclase  42.54 
 
 
569 aa  130  3e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0987619 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  40 
 
 
422 aa  130  5.0000000000000004e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0284  diguanylate cyclase  39.18 
 
 
391 aa  130  5.0000000000000004e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.879349  unclonable  0.0000000000722624 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3092  diguanylate cyclase  36.52 
 
 
389 aa  129  8.000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2730  diguanylate cyclase  42.6 
 
 
638 aa  129  9.000000000000001e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.814579  normal  0.595433 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1821  diguanylate cyclase  40.46 
 
 
466 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1891  diguanylate cyclase  40.46 
 
 
466 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.311116  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2758  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.25 
 
 
698 aa  129  1.0000000000000001e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1198  diguanylate cyclase  30.36 
 
 
394 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000754903  normal  0.715416 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.29 
 
 
317 aa  128  2.0000000000000002e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1305  GGDEF domain protein  42.93 
 
 
502 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.620212  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.29 
 
 
317 aa  128  2.0000000000000002e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2173  diguanylate cyclase  40.41 
 
 
416 aa  128  2.0000000000000002e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.355193 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3093  diguanylate cyclase  31.84 
 
 
387 aa  128  2.0000000000000002e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  37.31 
 
 
625 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3559  diguanylate cyclase  37.31 
 
 
625 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2154  GGDEF  38.42 
 
 
411 aa  127  3e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1926  diguanylate cyclase  39.2 
 
 
466 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.647076  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0397  diguanylate cyclase  37.31 
 
 
625 aa  127  3e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1903  diguanylate cyclase  39.2 
 
 
466 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6176  diguanylate cyclase  39.2 
 
 
466 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1426  diguanylate cyclase  35.91 
 
 
385 aa  127  5e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.12 
 
 
769 aa  127  5e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5832  diguanylate cyclase  42.31 
 
 
381 aa  126  6e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.361903 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2519  diguanylate cyclase  45.45 
 
 
522 aa  126  7e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.926429  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4425  GGDEF family protein  32.51 
 
 
435 aa  126  7e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  41.62 
 
 
464 aa  126  8.000000000000001e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3210  GGDEF domain-containing protein  36.6 
 
 
624 aa  126  9e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5204  diguanylate cyclase  39.2 
 
 
466 aa  125  1e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0140022  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0802  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  47.46 
 
 
1413 aa  125  1e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.564112  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  35.82 
 
 
357 aa  125  1e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  36.07 
 
 
631 aa  125  1e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  39.38 
 
 
320 aa  125  1e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4960  GGDEF  41.33 
 
 
413 aa  124  2e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.806512  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3308  diguanylate cyclase  41.71 
 
 
476 aa  125  2e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  38.73 
 
 
307 aa  124  2e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.31 
 
 
454 aa  124  2e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5691  diguanylate cyclase  40.22 
 
 
512 aa  124  2e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  36.79 
 
 
624 aa  124  3e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  38.04 
 
 
794 aa  124  3e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1477  diguanylate cyclase  39.49 
 
 
411 aa  124  3e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124607  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2036  diguanylate cyclase  40.66 
 
 
381 aa  124  3e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0190259 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0619  response regulator receiver protein  41.28 
 
 
378 aa  124  3e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.171629 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1391  diguanylate cyclase  41.25 
 
 
353 aa  124  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.723857  hitchhiker  0.0000000000000157902 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3230  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.11 
 
 
642 aa  124  4e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.7142  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2508  diguanylate cyclase  40.1 
 
 
387 aa  124  4e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.844584 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3563  diguanylate cyclase  32.28 
 
 
386 aa  124  4e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.178663  normal  0.195496 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2511  diguanylate cyclase  39.2 
 
 
686 aa  124  5e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.315227  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3576  diguanylate cyclase  37.02 
 
 
484 aa  123  5e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  36.94 
 
 
373 aa  123  6e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1905  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.83 
 
 
568 aa  123  6e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00246734  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  44.38 
 
 
343 aa  123  7e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3218  diguanylate cyclase  32.92 
 
 
386 aa  123  7e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.317388 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1530  GGDEF/HD domain-containing protein  30.74 
 
 
564 aa  122  9e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.890216  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0100  diguanylate cyclase  43.53 
 
 
446 aa  122  9.999999999999999e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.246337  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4207  GGDEF domain-containing protein  36.79 
 
 
625 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2279  diguanylate cyclase  42.69 
 
 
467 aa  122  9.999999999999999e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2667  diguanylate cyclase  41.34 
 
 
522 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.548675  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3115  diguanylate cyclase  42.94 
 
 
354 aa  122  9.999999999999999e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.276087 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2747  diguanylate cyclase  37.78 
 
 
261 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.86983  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1371  diguanylate cyclase  38.73 
 
 
466 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.385487  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3988  two component response regulator  46.54 
 
 
296 aa  122  9.999999999999999e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1554  GGDEF domain-containing protein  37.38 
 
 
729 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00526113  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  34.36 
 
 
485 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2253  diguanylate cyclase  37.29 
 
 
545 aa  122  1.9999999999999998e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.346813  normal  0.544502 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>