More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg_3686 on replicon NC_012850
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012850  Rleg_3686  diguanylate cyclase  100 
 
 		 385 aa  770    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.557727  normal  0.196909 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3387  diguanylate cyclase  89.87 
 
 		 385 aa  697    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.610096  normal  0.24043 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0290  diguanylate cyclase  44.81 
 
 		 409 aa  326  3e-88  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0886  diguanylate cyclase  36.43 
 
 		 391 aa  224  2e-57  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0459194 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1030  diguanylate cyclase  36.43 
 
 		 391 aa  224  2e-57  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.12052 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1695  GGDEF family protein  30.83 
 
 		 420 aa  162  1e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.037923  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2736  diguanylate cyclase  33.59 
 
 		 405 aa  159  7e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.428022 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2513  diguanylate cyclase  33.5 
 
 		 405 aa  155  8e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0645209 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2441  diguanylate cyclase  32.9 
 
 		 403 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.933088  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4428  diguanylate cyclase  33.51 
 
 		 383 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.924554 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3108  diguanylate cyclase  31.84 
 
 		 411 aa  147  4.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4164  diguanylate cyclase  32.29 
 
 		 384 aa  144  2e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.562104  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4429  diguanylate cyclase  34.38 
 
 		 384 aa  144  4e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.901289 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4122  diguanylate cyclase  32.81 
 
 		 395 aa  142  8e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.302969  normal  0.519011 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000814  hypothetical protein  27.37 
 
 		 402 aa  141  1.9999999999999998e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3480  diguanylate cyclase  32.47 
 
 		 395 aa  139  7e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.232889  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4589  diguanylate cyclase  40.98 
 
 		 409 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.365756  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0347  diguanylate cyclase with hemerythrin-like metal-binding domain  30.35 
 
 		 531 aa  137  4e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5530  diguanylate cyclase  32.22 
 
 		 384 aa  136  5e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0865314  normal  0.102631 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4666  diguanylate cyclase  27.97 
 
 		 407 aa  136  6.0000000000000005e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00608192  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2709  GGDEF domain-containing protein  30.45 
 
 		 411 aa  135  8e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.887365  normal  0.569285 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3752  diguanylate cyclase  30.56 
 
 		 436 aa  135  9.999999999999999e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0233  diguanylate cyclase  30.42 
 
 		 373 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2567  diguanylate cyclase  33.05 
 
 		 397 aa  133  6e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3968  diguanylate cyclase  27.03 
 
 		 385 aa  133  6e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  29.22 
 
 		 405 aa  132  1.0000000000000001e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0504  GGDEF domain-containing protein  33.88 
 
 		 385 aa  130  3e-29  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.910184  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  32.82 
 
 		 413 aa  130  3e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1136  diguanylate cyclase  38.58 
 
 		 582 aa  130  3e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39460  guanylyl cyclase  31.68 
 
 		 415 aa  130  4.0000000000000003e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3093  diguanylate cyclase  29.28 
 
 		 387 aa  130  4.0000000000000003e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4045  diguanylate cyclase  26.25 
 
 		 385 aa  129  6e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2673  diguanylate cyclase  30.5 
 
 		 411 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.150858 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  38.11 
 
 		 357 aa  129  1.0000000000000001e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4163  diguanylate cyclase  26.77 
 
 		 385 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4283  diguanylate cyclase  42.42 
 
 		 480 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1852  diguanylate cyclase  31.12 
 
 		 404 aa  127  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0317173  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1356  diguanylate cyclase  40.74 
 
 		 380 aa  125  1e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.299965 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2966  diguanylate cyclase  44.77 
 
 		 386 aa  125  1e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0175816  decreased coverage  0.00586824 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2698  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 410 aa  125  1e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.110295  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6762  diguanylate cyclase  33.93 
 
 		 411 aa  124  2e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.322015  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  41.28 
 
 		 316 aa  124  2e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0676  diguanylate cyclase  43.93 
 
 		 550 aa  124  3e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0260909  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1783  diguanylate cyclase  38.16 
 
 		 253 aa  124  4e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.203678  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3922  GGDEF domain-containing protein  40.83 
 
 		 364 aa  123  5e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1150  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.2 
 
 		 1466 aa  123  5e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.765492  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2253  diguanylate cyclase  41.82 
 
 		 545 aa  123  6e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.346813  normal  0.544502 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  40.62 
 
 		 532 aa  123  6e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3218  diguanylate cyclase  41.25 
 
 		 532 aa  123  7e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4604  diguanylate cyclase  40 
 
 		 489 aa  122  7e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.64 
 
 		 531 aa  123  7e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  45.03 
 
 		 457 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2608  diguanylate cyclase  40.53 
 
 		 380 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0131  diguanylate cyclase  44.52 
 
 		 392 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4234  diguanylate cyclase  44.85 
 
 		 539 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.256126 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3816  diguanylate cyclase  38.38 
 
 		 526 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4391  diguanylate cyclase  39.27 
 
 		 387 aa  121  1.9999999999999998e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0795  diguanylate cyclase  39.27 
 
 		 249 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2120  signaling protein  31.77 
 
 		 351 aa  120  3e-26  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  43.11 
 
 		 418 aa  120  3e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3087  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 361 aa  120  3e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  42.2 
 
 		 360 aa  120  3e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1902  diguanylate cyclase  39.78 
 
 		 469 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000136063  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0968  diguanylate cyclase  42.29 
 
 		 363 aa  120  3e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.326915  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  37.43 
 
 		 794 aa  120  3e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  44.44 
 
 		 457 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1893  hypothetical protein  43.31 
 
 		 533 aa  120  3.9999999999999996e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0317418  normal  0.65749 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2189  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.84 
 
 		 415 aa  120  3.9999999999999996e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56280  hypothetical protein  42.77 
 
 		 375 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3430  diguanylate cyclase  38.71 
 
 		 513 aa  120  3.9999999999999996e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3222  diguanylate cyclase  38.83 
 
 		 469 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0257406  normal  0.307548 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4825  diguanylate cyclase  41.34 
 
 		 435 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.741722  normal  0.390136 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0130  diguanylate cyclase  43.87 
 
 		 392 aa  120  6e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.922006  normal  0.941747 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  36.7 
 
 		 631 aa  120  6e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 492 aa  120  6e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0332  DNA polymerase III delta prime subunit HolB  33.52 
 
 		 349 aa  119  7e-26  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1181  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 482 aa  119  7e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4084  diguanylate cyclase  42.59 
 
 		 308 aa  119  9e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.647137 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1748  diguanylate cyclase  43.96 
 
 		 417 aa  119  9e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2084  diguanylate cyclase  43.96 
 
 		 417 aa  119  9e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000571313 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1820  diguanylate cyclase  37.93 
 
 		 443 aa  119  9.999999999999999e-26  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.81672  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3932  GGDEF domain-containing protein  39.23 
 
 		 402 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0460046  normal  0.0449819 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  41.57 
 
 		 638 aa  118  1.9999999999999998e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3627  diguanylate cyclase  37.81 
 
 		 526 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  44.12 
 
 		 343 aa  118  1.9999999999999998e-25  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4901  hypothetical protein  42.2 
 
 		 375 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.296494  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3092  diguanylate cyclase  27.76 
 
 		 389 aa  117  3e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0749  diguanylate cyclase  38.74 
 
 		 432 aa  117  3e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0940532  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0767  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.97 
 
 		 675 aa  117  3e-25  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000798179  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1695  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.18 
 
 		 594 aa  117  3e-25  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.357203  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2109  diguanylate cyclase  40.86 
 
 		 630 aa  117  3.9999999999999997e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.843932  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4255  GGDEF  36.18 
 
 		 400 aa  117  3.9999999999999997e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2297  sensor histidine kinase/GGDEF domain-containing protein  38.51 
 
 		 422 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1163  diguanylate cyclase  39.2 
 
 		 363 aa  117  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.562644  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5323  diguanylate cyclase  45.35 
 
 		 422 aa  117  5e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.666672  normal  0.745062 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2469  diguanylate cyclase  39.36 
 
 		 351 aa  117  5e-25  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2404  diguanylate cyclase  40.29 
 
 		 479 aa  117  5e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00227226  normal  0.966476 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4776  diguanylate cyclase  30.69 
 
 		 403 aa  116  6e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1036  diguanylate cyclase  39.2 
 
 		 363 aa  116  6e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.19224 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0489  diguanylate cyclase  29.08 
 
 		 384 aa  116  6e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>