More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_4429 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010511  M446_4429  diguanylate cyclase  100 
 
 		 384 aa  737    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.901289 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4164  diguanylate cyclase  73.44 
 
 		 384 aa  550  1e-155  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.562104  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4428  diguanylate cyclase  65.22 
 
 		 383 aa  400  9.999999999999999e-111  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.924554 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2513  diguanylate cyclase  55 
 
 		 405 aa  369  1e-101  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0645209 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2736  diguanylate cyclase  55 
 
 		 405 aa  369  1e-101  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.428022 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2441  diguanylate cyclase  54.67 
 
 		 403 aa  363  4e-99  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.933088  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5530  diguanylate cyclase  54.42 
 
 		 384 aa  349  4e-95  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0865314  normal  0.102631 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39460  guanylyl cyclase  41.89 
 
 		 415 aa  189  5.999999999999999e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4589  diguanylate cyclase  36.03 
 
 		 409 aa  179  4.999999999999999e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.365756  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1910  GGDEF family protein  32.71 
 
 		 413 aa  167  4e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.382207  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2673  diguanylate cyclase  36.27 
 
 		 411 aa  163  4.0000000000000004e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.150858 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2709  GGDEF domain-containing protein  34.38 
 
 		 411 aa  161  2e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.887365  normal  0.569285 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3387  diguanylate cyclase  33.42 
 
 		 385 aa  150  3e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.610096  normal  0.24043 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2698  diguanylate cyclase  36.41 
 
 		 410 aa  150  5e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.110295  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3108  diguanylate cyclase  34.63 
 
 		 411 aa  149  7e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5670  diguanylate cyclase  35.88 
 
 		 393 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.598919 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0886  diguanylate cyclase  32.41 
 
 		 391 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0459194 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1030  diguanylate cyclase  32.41 
 
 		 391 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.12052 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3686  diguanylate cyclase  34.96 
 
 		 385 aa  147  3e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.557727  normal  0.196909 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2233  diguanylate cyclase  35.37 
 
 		 390 aa  144  2e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.878292 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0347  diguanylate cyclase with hemerythrin-like metal-binding domain  32.98 
 
 		 531 aa  145  2e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0290  diguanylate cyclase  34.07 
 
 		 409 aa  143  6e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3480  diguanylate cyclase  33.59 
 
 		 395 aa  140  4.999999999999999e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.232889  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0233  diguanylate cyclase  36.1 
 
 		 373 aa  139  8.999999999999999e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4122  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 395 aa  139  1e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.302969  normal  0.519011 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5469  GGDEF  36.24 
 
 		 419 aa  135  9e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4776  diguanylate cyclase  33.07 
 
 		 403 aa  135  1.9999999999999998e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  30.15 
 
 		 405 aa  132  1.0000000000000001e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1246  diguanylate cyclase  32.2 
 
 		 440 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6750  diguanylate cyclase  33.43 
 
 		 370 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.795735  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5646  diguanylate cyclase  31.8 
 
 		 399 aa  130  5.0000000000000004e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.515019  normal  0.418134 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2608  diguanylate cyclase  32.31 
 
 		 380 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4163  diguanylate cyclase  39.15 
 
 		 385 aa  124  3e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4045  diguanylate cyclase  39.15 
 
 		 385 aa  124  3e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3968  diguanylate cyclase  39.15 
 
 		 385 aa  124  4e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4666  diguanylate cyclase  26.5 
 
 		 407 aa  124  4e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00608192  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1719  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.55 
 
 		 563 aa  123  5e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4417  diguanylate cyclase  45.06 
 
 		 401 aa  122  9.999999999999999e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2567  diguanylate cyclase  32.88 
 
 		 397 aa  120  3e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1337  diguanylate cyclase  32.64 
 
 		 427 aa  120  3e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.387993  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0489  diguanylate cyclase  32.86 
 
 		 384 aa  120  3e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3430  diguanylate cyclase  36.67 
 
 		 513 aa  120  3.9999999999999996e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0968  diguanylate cyclase  37.87 
 
 		 363 aa  120  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.326915  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  30.41 
 
 		 413 aa  119  7e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0130  diguanylate cyclase  33.25 
 
 		 392 aa  117  3e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.922006  normal  0.941747 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3092  diguanylate cyclase  24.43 
 
 		 389 aa  117  3.9999999999999997e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  42.05 
 
 		 492 aa  116  6.9999999999999995e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1902  diguanylate cyclase  38.36 
 
 		 469 aa  116  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000136063  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2523  diguanylate cyclase  44.28 
 
 		 587 aa  116  7.999999999999999e-25  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0476  diguanylate cyclase  34.2 
 
 		 383 aa  116  7.999999999999999e-25  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3932  GGDEF domain-containing protein  37.9 
 
 		 402 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0460046  normal  0.0449819 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2989  response regulator receiver protein  33.1 
 
 		 577 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0525  GGDEF family protein  30.81 
 
 		 391 aa  115  1.0000000000000001e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  43.45 
 
 		 354 aa  115  1.0000000000000001e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1012  diguanylate cyclase  43.94 
 
 		 295 aa  115  1.0000000000000001e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3152  diguanylate cyclase  43.17 
 
 		 653 aa  115  1.0000000000000001e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000175722  hitchhiker  0.00223393 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1695  GGDEF family protein  32.29 
 
 		 420 aa  114  2.0000000000000002e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.037923  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3093  diguanylate cyclase  27.86 
 
 		 387 aa  114  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1181  diguanylate cyclase  46.3 
 
 		 482 aa  114  2.0000000000000002e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0131  diguanylate cyclase  32.48 
 
 		 392 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1742  diguanylate cyclase  45.18 
 
 		 259 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0534167  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6915  diguanylate cyclase  45.35 
 
 		 202 aa  114  3e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.322303  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3693  response regulator receiver domain-containing protein  42.17 
 
 		 476 aa  114  3e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.963643  normal  0.0549661 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.11 
 
 		 317 aa  114  3e-24  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3566  diguanylate cyclase  38.64 
 
 		 460 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000340192  normal  0.133927 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1036  diguanylate cyclase  44.04 
 
 		 363 aa  114  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.19224 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1435  diguanylate cyclase  42 
 
 		 247 aa  113  5e-24  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.674254  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.52 
 
 		 772 aa  113  5e-24  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1922  diguanylate cyclase  42.22 
 
 		 527 aa  113  6e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.252712 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1163  diguanylate cyclase  45.86 
 
 		 363 aa  113  6e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.562644  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3919  diguanylate cyclase  40.51 
 
 		 406 aa  113  6e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.556135 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0532  diguanylate cyclase  31.07 
 
 		 400 aa  113  6e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.457975  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2262  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 237 aa  113  6e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0475991  normal  0.424115 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1908  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.98 
 
 		 519 aa  113  7.000000000000001e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.11693  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1668  GGDEF domain-containing protein  39.79 
 
 		 356 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0021  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.78 
 
 		 668 aa  112  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0443  GGDEF domain-containing protein  40.29 
 
 		 337 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0613635  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2729  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.05 
 
 		 543 aa  112  1.0000000000000001e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.544436  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3227  diguanylate cyclase  35.92 
 
 		 359 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.709302  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1081  diguanylate cyclase  36.45 
 
 		 396 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0504  GGDEF domain-containing protein  32.77 
 
 		 385 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.910184  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  42.93 
 
 		 464 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2240  diguanylate cyclase  44 
 
 		 758 aa  111  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.365812 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.9 
 
 		 301 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4247  diguanylate cyclase  43.72 
 
 		 395 aa  111  2.0000000000000002e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.897549 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  39.9 
 
 		 357 aa  111  2.0000000000000002e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2920  sensor diguanylate cyclase  39.64 
 
 		 623 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0019  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.78 
 
 		 668 aa  111  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3083  diguanylate cyclase  41.83 
 
 		 409 aa  111  2.0000000000000002e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.176077 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3700  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.11 
 
 		 780 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.973532 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4255  GGDEF  38.57 
 
 		 400 aa  110  3e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000814  hypothetical protein  28.03 
 
 		 402 aa  111  3e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2966  diguanylate cyclase  34.73 
 
 		 386 aa  110  3e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0175816  decreased coverage  0.00586824 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2873  diguanylate cyclase  40.91 
 
 		 650 aa  111  3e-23  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.75 
 
 		 901 aa  111  3e-23  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2801  diguanylate cyclase  45.18 
 
 		 628 aa  111  3e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.615763  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2588  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  49.38 
 
 		 710 aa  110  3e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0652312  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1228  diguanylate cyclase  43.6 
 
 		 490 aa  110  3e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  39.16 
 
 		 307 aa  110  4.0000000000000004e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0528  diguanylate cyclase  41.07 
 
 		 354 aa  110  4.0000000000000004e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0243341  normal  0.0197143 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>