More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_1668 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_1668  GGDEF domain-containing protein  100 
 
 		 356 aa  725    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4568  hypothetical protein  35.71 
 
 		 325 aa  218  1e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2282  diguanylate cyclase  35.71 
 
 		 325 aa  218  1e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2044  diguanylate cyclase  35.4 
 
 		 325 aa  217  2e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.82426  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2091  diguanylate cyclase  34.78 
 
 		 325 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3185  diguanylate cyclase  34.62 
 
 		 347 aa  138  1e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.106755  normal  0.0939676 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0259  diguanylate cyclase  33.46 
 
 		 339 aa  134  3e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3223  diguanylate cyclase  29.45 
 
 		 343 aa  127  3e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  33.46 
 
 		 373 aa  115  1.0000000000000001e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3961  diguanylate cyclase  30.27 
 
 		 340 aa  114  3e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.042208 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00649  Putative signal protein with GGDEF domain  31.45 
 
 		 324 aa  113  4.0000000000000004e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0817646  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4429  diguanylate cyclase  39.79 
 
 		 384 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.901289 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3780  diguanylate cyclase  30.53 
 
 		 361 aa  112  1.0000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1922  diguanylate cyclase  39.08 
 
 		 527 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.252712 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0749  diguanylate cyclase  38.64 
 
 		 432 aa  110  5e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0940532  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3282  diguanylate cyclase  39.08 
 
 		 523 aa  109  7.000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.151406  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3227  diguanylate cyclase  30.45 
 
 		 359 aa  109  9.000000000000001e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.709302  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0486  diguanylate cyclase  39.51 
 
 		 738 aa  108  1e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  34.72 
 
 		 418 aa  108  2e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0636  diguanylate cyclase  32.53 
 
 		 341 aa  108  2e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0689  putative diguanylate cyclase  40 
 
 		 306 aa  108  2e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003519  diguanylate cyclase (GGDEF domain) with PAS/PAC sensor  32.91 
 
 		 280 aa  107  3e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000133532  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3998  diguanylate cyclase  40.11 
 
 		 591 aa  107  4e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0841  GGDEF domain-containing protein  35.12 
 
 		 489 aa  106  5e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0699  diguanylate cyclase  36.57 
 
 		 226 aa  106  5e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.642785 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3330  diguanylate cyclase  38.55 
 
 		 556 aa  106  5e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.702874 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1013  GGDEF family protein  26.1 
 
 		 359 aa  106  7e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1425  diguanylate cyclase  37.93 
 
 		 381 aa  106  7e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.41 
 
 		 772 aa  106  7e-22  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0615  diguanylate cyclase  30.19 
 
 		 325 aa  106  7e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4045  diguanylate cyclase  35.45 
 
 		 385 aa  105  8e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0549  diguanylate cyclase  37.29 
 
 		 488 aa  105  9e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0215358  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3635  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.21 
 
 		 656 aa  105  1e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3046  diguanylate cyclase  40.98 
 
 		 562 aa  105  1e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.641394  normal  0.406701 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4163  diguanylate cyclase  35.45 
 
 		 385 aa  105  1e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2538  GGDEF domain-containing protein  34.05 
 
 		 648 aa  105  1e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000110944  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3286  diguanylate cyclase  39.36 
 
 		 352 aa  105  1e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1059  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  33 
 
 		 570 aa  105  1e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02241  hypothetical protein  36.67 
 
 		 320 aa  105  1e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0697  diguanylate cyclase  35.39 
 
 		 482 aa  105  1e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000140018  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2092  response regulator receiver protein  39.02 
 
 		 459 aa  105  1e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000936351  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3968  diguanylate cyclase  35.45 
 
 		 385 aa  105  1e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1163  diguanylate cyclase  37.24 
 
 		 308 aa  105  1e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2413  diguanylate cyclase  39.08 
 
 		 544 aa  105  2e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  36.92 
 
 		 736 aa  104  2e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1305  diguanylate cyclase  35.75 
 
 		 256 aa  105  2e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3325  diguanylate cyclase  35.39 
 
 		 482 aa  104  2e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.662914  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2240  diguanylate cyclase  32.6 
 
 		 388 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  39.23 
 
 		 459 aa  104  2e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3102  GGDEF domain-containing protein  37.5 
 
 		 580 aa  103  3e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3062  diguanylate cyclase  39.56 
 
 		 352 aa  104  3e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2066  diguanylate cyclase  33.52 
 
 		 419 aa  104  3e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.484782  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2218  GGDEF  38.3 
 
 		 448 aa  103  4e-21  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2084  diguanylate cyclase  39 
 
 		 417 aa  103  4e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000571313 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1036  diguanylate cyclase  36.2 
 
 		 427 aa  103  4e-21  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.132028  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2959  GGDEF domain-containing protein  36.96 
 
 		 292 aa  103  4e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000656128  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0891  diguanylate cyclase  30.7 
 
 		 332 aa  103  4e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.492307 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4164  diguanylate cyclase  38.22 
 
 		 384 aa  103  4e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.562104  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1748  diguanylate cyclase  38.78 
 
 		 417 aa  103  4e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4831  diguanylate cyclase  35.47 
 
 		 392 aa  103  4e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.169635  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2835  response regulator receiver domain-containing protein  40.83 
 
 		 346 aa  103  5e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.157532  normal  0.231861 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4428  diguanylate cyclase  41.94 
 
 		 383 aa  103  5e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.924554 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00370  hypothetical protein with C-terminal GGDEF motif  30.77 
 
 		 529 aa  103  6e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3663  GGDEF domain-containing protein  33.15 
 
 		 433 aa  102  7e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.241866 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  35.03 
 
 		 227 aa  102  7e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2239  diguanylate cyclase  33.52 
 
 		 388 aa  102  8e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.942581  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3430  diguanylate cyclase  36.9 
 
 		 513 aa  102  8e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3437  diguanylate cyclase  35.23 
 
 		 483 aa  102  9e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0184931  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4178  response regulator receiver protein  42.68 
 
 		 1477 aa  102  9e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.450705 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2050  diguanylate cyclase  38.29 
 
 		 523 aa  102  1e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.645943 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001246  GGDEF family protein  38.86 
 
 		 527 aa  102  1e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.436694  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05115  hypothetical protein  39.43 
 
 		 527 aa  102  1e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1304  diguanylate cyclase  37.65 
 
 		 559 aa  102  1e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1702  diguanylate cyclase  39.63 
 
 		 370 aa  102  1e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2147  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.05 
 
 		 410 aa  102  1e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4391  diguanylate cyclase  35.47 
 
 		 387 aa  102  1e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2943  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.9 
 
 		 438 aa  102  1e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.641955  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01741  Putative CHASE3/GGDEF domain-containing signal protein  43.27 
 
 		 563 aa  102  1e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3540  diguanylate cyclase  31.35 
 
 		 365 aa  101  2e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.123648 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0544  diguanylate cyclase  38.29 
 
 		 414 aa  101  2e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0283  hypothetical protein  41.95 
 
 		 709 aa  101  2e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3267  diguanylate cyclase  31.52 
 
 		 381 aa  101  2e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2966  diguanylate cyclase  37.97 
 
 		 386 aa  101  2e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0175816  decreased coverage  0.00586824 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0579  diguanylate cyclase  35.44 
 
 		 368 aa  101  2e-20  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.42 
 
 		 505 aa  101  2e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0530  response regulator receiver protein  37.36 
 
 		 392 aa  101  2e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.143294  normal  0.0713478 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01318  predicted diguanylate cyclase, GGDEF domain signalling protein  36.76 
 
 		 410 aa  100  3e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.536328  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4804  diguanylate cyclase  31.56 
 
 		 304 aa  100  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0452209  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  41.95 
 
 		 609 aa  100  3e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4959  diguanylate cyclase  27.51 
 
 		 354 aa  101  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.179086  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  40.45 
 
 		 548 aa  100  3e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  39.43 
 
 		 638 aa  101  3e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  32.95 
 
 		 659 aa  100  3e-20  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01328  hypothetical protein  36.76 
 
 		 410 aa  100  3e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.465042  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1169  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.6 
 
 		 596 aa  100  3e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0126253 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0283  GGDEF family protein  37.74 
 
 		 339 aa  100  4e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.286485  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1510  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  38.04 
 
 		 581 aa  100  4e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.865852  normal  0.193576 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2535  GGDEF  35.88 
 
 		 350 aa  100  4e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.388449  normal  0.835067 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  37.65 
 
 		 307 aa  100  4e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0406  periplasmic sensor diguanylate cyclase (GGDEF)  35.98 
 
 		 347 aa  100  5e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>