More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_3267 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_3267  diguanylate cyclase  100 
 
 		 381 aa  782    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0186  diguanylate cyclase  65.62 
 
 		 398 aa  479  1e-134  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0206  GGDEF domain-containing protein  60.63 
 
 		 396 aa  455  1e-127  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0245  GGDEF domain-containing protein  53.93 
 
 		 417 aa  397  1e-109  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3991  diguanylate cyclase  45.75 
 
 		 396 aa  302  6.000000000000001e-81  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0736  diguanylate cyclase  38.3 
 
 		 412 aa  230  3e-59  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000330305  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2632  GGDEF domain-containing protein  50.63 
 
 		 411 aa  221  1.9999999999999999e-56  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0840  diguanylate cyclase  37.43 
 
 		 411 aa  212  7e-54  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3052  diguanylate cyclase  53.76 
 
 		 410 aa  209  7e-53  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1771  diguanylate cyclase  38.27 
 
 		 362 aa  203  4e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05730  sensory transduction protein kinase  35.35 
 
 		 393 aa  197  3e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000123  GGDEF domain protein  34.22 
 
 		 412 aa  191  2e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.608204  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4678  GGDEF  49.03 
 
 		 432 aa  189  5.999999999999999e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4080  diguanylate cyclase  48.53 
 
 		 439 aa  188  1e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1703  diguanylate cyclase  43.28 
 
 		 405 aa  184  2.0000000000000003e-45  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00246889  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4000  diguanylate cyclase  44.64 
 
 		 426 aa  182  9.000000000000001e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.133602 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0436  membrane associated GGDEF protein  36.46 
 
 		 410 aa  179  5.999999999999999e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0493  GGDEF family protein  31.95 
 
 		 412 aa  177  2e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0380455  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0077  diguanylate cyclase  51.14 
 
 		 411 aa  176  8e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.978885  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2380  GGDEF family protein  30.41 
 
 		 413 aa  172  9e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0242852  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1358  diguanylate cyclase  46.7 
 
 		 412 aa  171  2e-41  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3494  diguanylate cyclase  33.15 
 
 		 384 aa  171  2e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.316612  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0369  GGDEF domain-containing protein  47.01 
 
 		 400 aa  169  8e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0652441  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0020  diguanylate cyclase  49.43 
 
 		 387 aa  169  1e-40  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0399  diguanylate cyclase  44.53 
 
 		 427 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.545966 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0325  diguanylate cyclase  46.67 
 
 		 394 aa  167  2e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.320199  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4833  diguanylate cyclase  51.69 
 
 		 427 aa  167  4e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.874316 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0395  diguanylate cyclase  47.01 
 
 		 425 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1377  diguanylate cyclase  46.77 
 
 		 411 aa  163  5.0000000000000005e-39  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0505  GGDEF domain protein  48.53 
 
 		 431 aa  160  3e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5168  diguanylate cyclase  50.25 
 
 		 442 aa  159  7e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.160998 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2153  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.53 
 
 		 443 aa  125  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.257798  normal  0.276429 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2407  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.53 
 
 		 443 aa  124  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0296488 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4163  diguanylate cyclase  40.23 
 
 		 385 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3968  diguanylate cyclase  40.23 
 
 		 385 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4045  diguanylate cyclase  40.23 
 
 		 385 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  40.78 
 
 		 455 aa  115  2.0000000000000002e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2748  diguanylate cyclase  42.46 
 
 		 352 aa  114  2.0000000000000002e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.246546  normal  0.0545261 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2979  diguanylate cyclase  38.2 
 
 		 490 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  41.11 
 
 		 638 aa  113  5e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.11 
 
 		 353 aa  113  5e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0021  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.34 
 
 		 668 aa  113  5e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0283  GGDEF family protein  40 
 
 		 339 aa  113  6e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.286485  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0019  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.34 
 
 		 668 aa  113  6e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1485  diguanylate cyclase  39.33 
 
 		 490 aa  112  8.000000000000001e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  41.01 
 
 		 457 aa  112  9e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0967  GGDEF family protein  33.63 
 
 		 976 aa  112  1.0000000000000001e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.1127  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  34.46 
 
 		 794 aa  112  1.0000000000000001e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3487  diguanylate cyclase  37.77 
 
 		 345 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  40.11 
 
 		 466 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2835  response regulator receiver domain-containing protein  37.99 
 
 		 346 aa  111  2.0000000000000002e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.157532  normal  0.231861 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1059  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  38.12 
 
 		 570 aa  112  2.0000000000000002e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0471  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.17 
 
 		 572 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.634401  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  37.43 
 
 		 355 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  31.9 
 
 		 457 aa  110  3e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2365  diguanylate cyclase  37.57 
 
 		 467 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0108211  normal  0.148457 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2229  GGDEF domain protein  37.85 
 
 		 398 aa  110  5e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.728282  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1497  response regulator PleD  38.95 
 
 		 454 aa  110  5e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.122959 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  39.44 
 
 		 486 aa  110  6e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0489  diguanylate cyclase  37.08 
 
 		 384 aa  109  6e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2750  diguanylate cyclase  35.2 
 
 		 380 aa  109  7.000000000000001e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06694  hypothetical protein  37.87 
 
 		 337 aa  109  7.000000000000001e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  31.9 
 
 		 413 aa  109  7.000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  38.33 
 
 		 316 aa  109  8.000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  37.69 
 
 		 764 aa  109  8.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  37.69 
 
 		 764 aa  109  8.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  32.62 
 
 		 457 aa  109  8.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0093  diguanylate cyclase  37.64 
 
 		 426 aa  109  8.000000000000001e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.61 
 
 		 454 aa  109  8.000000000000001e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0294  diguanylate cyclase  41.14 
 
 		 432 aa  109  9.000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  37.69 
 
 		 764 aa  109  1e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1560  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.69 
 
 		 800 aa  108  1e-22  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0426061  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1555  sensory box-containing diguanylate cyclase  34.66 
 
 		 430 aa  108  1e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01318  predicted diguanylate cyclase, GGDEF domain signalling protein  34.66 
 
 		 410 aa  108  2e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.536328  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2303  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.66 
 
 		 410 aa  108  2e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.136359  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1989  sensory box-containing diguanylate cyclase  34.66 
 
 		 430 aa  108  2e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.641954 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1781  sensory box-containing diguanylate cyclase  34.66 
 
 		 430 aa  108  2e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.900668  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  39.43 
 
 		 354 aa  108  2e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  38.15 
 
 		 696 aa  107  2e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01328  hypothetical protein  34.66 
 
 		 410 aa  108  2e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.465042  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2297  sensor histidine kinase/GGDEF domain-containing protein  38.07 
 
 		 422 aa  108  2e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1425  diguanylate cyclase  41.34 
 
 		 381 aa  108  2e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1213  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.89 
 
 		 457 aa  108  2e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4649  diguanylate cyclase  40.11 
 
 		 510 aa  108  2e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 373 aa  108  2e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2293  diguanylate cyclase  36.42 
 
 		 467 aa  107  2e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000112238  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  40.11 
 
 		 510 aa  108  2e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  40.11 
 
 		 510 aa  108  2e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1458  sensory box-containing diguanylate cyclase  34.66 
 
 		 430 aa  108  2e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0544  diguanylate cyclase  34.02 
 
 		 414 aa  107  3e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0891  diguanylate cyclase  35.26 
 
 		 332 aa  107  3e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.492307 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  34.78 
 
 		 485 aa  107  3e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0755  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.95 
 
 		 298 aa  107  3e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.893944 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  36.52 
 
 		 775 aa  107  4e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1922  diguanylate cyclase  37.71 
 
 		 527 aa  107  4e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.252712 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0280  diguanylate cyclase  39.11 
 
 		 486 aa  107  4e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  39.11 
 
 		 486 aa  107  4e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.06 
 
 		 901 aa  107  4e-22  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  39.11 
 
 		 486 aa  107  4e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  39.11 
 
 		 486 aa  107  4e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>