More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_0505 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_0369  GGDEF domain-containing protein  79 
 
 		 400 aa  642    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0652441  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0505  GGDEF domain protein  100 
 
 		 431 aa  886    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4833  diguanylate cyclase  79.76 
 
 		 427 aa  675    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.874316 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4678  GGDEF  93.95 
 
 		 432 aa  816    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5168  diguanylate cyclase  83.92 
 
 		 442 aa  660    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.160998 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0395  diguanylate cyclase  78.35 
 
 		 425 aa  651    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0399  diguanylate cyclase  78.59 
 
 		 427 aa  659    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.545966 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4080  diguanylate cyclase  63.29 
 
 		 439 aa  537  1e-151  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4000  diguanylate cyclase  44.3 
 
 		 426 aa  287  2.9999999999999996e-76  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.133602 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0840  diguanylate cyclase  38.9 
 
 		 411 aa  238  2e-61  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3052  diguanylate cyclase  37.8 
 
 		 410 aa  234  2.0000000000000002e-60  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0736  diguanylate cyclase  36.89 
 
 		 412 aa  227  3e-58  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000330305  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2632  GGDEF domain-containing protein  38.67 
 
 		 411 aa  221  1.9999999999999999e-56  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05730  sensory transduction protein kinase  35.88 
 
 		 393 aa  213  4.9999999999999996e-54  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0245  GGDEF domain-containing protein  47.98 
 
 		 417 aa  205  1e-51  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0493  GGDEF family protein  48.02 
 
 		 412 aa  203  5e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0380455  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000123  GGDEF domain protein  34.21 
 
 		 412 aa  200  3.9999999999999996e-50  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.608204  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1358  diguanylate cyclase  41.78 
 
 		 412 aa  199  5e-50  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0186  diguanylate cyclase  49.52 
 
 		 398 aa  194  2e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1771  diguanylate cyclase  48.91 
 
 		 362 aa  194  3e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1703  diguanylate cyclase  49.74 
 
 		 405 aa  193  5e-48  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00246889  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0206  GGDEF domain-containing protein  49.74 
 
 		 396 aa  192  1e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3991  diguanylate cyclase  49.76 
 
 		 396 aa  192  1e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0436  membrane associated GGDEF protein  46.53 
 
 		 410 aa  191  2e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3267  diguanylate cyclase  49.02 
 
 		 381 aa  187  4e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2380  GGDEF family protein  34.99 
 
 		 413 aa  180  4e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0242852  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0020  diguanylate cyclase  47.75 
 
 		 387 aa  178  2e-43  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0325  diguanylate cyclase  44.39 
 
 		 394 aa  177  2e-43  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.320199  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0077  diguanylate cyclase  50.82 
 
 		 411 aa  173  5.999999999999999e-42  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.978885  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1377  diguanylate cyclase  46.84 
 
 		 411 aa  173  6.999999999999999e-42  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3494  diguanylate cyclase  45.08 
 
 		 384 aa  151  2e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.316612  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.95 
 
 		 550 aa  113  7.000000000000001e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0747  diguanylate cyclase  35.71 
 
 		 508 aa  112  1.0000000000000001e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  37.84 
 
 		 638 aa  111  2.0000000000000002e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3471  GGDEF family protein  34.74 
 
 		 242 aa  112  2.0000000000000002e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2363  GGDEF domain-containing protein  37.3 
 
 		 311 aa  110  7.000000000000001e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.282615  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0349  diguanylate cyclase  35.75 
 
 		 523 aa  109  9.000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.291431  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  36.65 
 
 		 455 aa  109  1e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1602  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.16 
 
 		 638 aa  108  2e-22  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000652876  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0172  GGDEF domain-containing protein  39.59 
 
 		 328 aa  107  3e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2596  diguanylate cyclase  36.76 
 
 		 343 aa  107  4e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0200  diguanylate cyclase  33.81 
 
 		 352 aa  107  5e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.321217  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2535  diguanylate cyclase  35.24 
 
 		 1099 aa  107  5e-22  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.12937  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  39.25 
 
 		 457 aa  107  5e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4621  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.04 
 
 		 648 aa  107  6e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.334588  normal  0.654105 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2105  GGDEF domain-containing protein  30.85 
 
 		 311 aa  106  8e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1493  GGDEF domain-containing protein  30.85 
 
 		 311 aa  106  8e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00779791  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2399  diguanylate cyclase  30.85 
 
 		 311 aa  106  8e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.291213  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3279  diguanylate cyclase  30.85 
 
 		 311 aa  106  8e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0418707  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3165  diguanylate cyclase  30.85 
 
 		 311 aa  106  8e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1413  diguanylate cyclase  30.85 
 
 		 311 aa  106  8e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.195928  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1133  diguanylate cyclase  30.85 
 
 		 311 aa  106  8e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.047255  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0926  diguanylate cyclase  35.87 
 
 		 494 aa  105  1e-21  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2497  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.93 
 
 		 355 aa  105  1e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000595067  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2481  diguanylate cyclase  37.89 
 
 		 374 aa  105  2e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2365  diguanylate cyclase  36.41 
 
 		 467 aa  105  2e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0108211  normal  0.148457 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1163  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 308 aa  105  2e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0782  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.51 
 
 		 450 aa  104  3e-21  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000969424  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0410  diguanylate cyclase  38.17 
 
 		 657 aa  104  3e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.754716 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  35.48 
 
 		 610 aa  103  4e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0805  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.51 
 
 		 450 aa  104  4e-21  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000908772  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0462  3-deoxy-d-manno-octulosonic-acid transferase  34.47 
 
 		 422 aa  104  4e-21  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2490  diguanylate cyclase  35.63 
 
 		 341 aa  103  4e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.316308  normal  0.521612 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  35.79 
 
 		 457 aa  103  4e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2871  response regulator  34.05 
 
 		 564 aa  103  5e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4848  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.48 
 
 		 665 aa  103  5e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.162589 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2750  diguanylate cyclase  35.64 
 
 		 380 aa  103  5e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1780  diguanylate cyclase  27.92 
 
 		 414 aa  103  5e-21  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  38.89 
 
 		 355 aa  103  5e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1906  response regulator receiver domain-containing protein  32.49 
 
 		 603 aa  103  5e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2979  diguanylate cyclase  37.91 
 
 		 490 aa  103  7e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  32.86 
 
 		 405 aa  103  7e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4245  GGDEF domain-containing protein  31.16 
 
 		 477 aa  103  8e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.82 
 
 		 550 aa  103  8e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.57 
 
 		 454 aa  103  8e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3704  diguanylate cyclase  37.44 
 
 		 460 aa  102  9e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  35.79 
 
 		 457 aa  102  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7417  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.74 
 
 		 457 aa  102  1e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.196799  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  37.63 
 
 		 696 aa  102  1e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  33.68 
 
 		 349 aa  102  1e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0680  diguanylate cyclase  37.44 
 
 		 466 aa  102  1e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2293  diguanylate cyclase  35.87 
 
 		 467 aa  102  1e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000112238  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0698  diguanylate cyclase  37.7 
 
 		 388 aa  102  1e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.814063  hitchhiker  0.00133482 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0249  hypothetical protein  36.9 
 
 		 275 aa  101  2e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.664064  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0676  diguanylate cyclase  37.7 
 
 		 388 aa  102  2e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  36.92 
 
 		 764 aa  101  2e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  36.92 
 
 		 764 aa  102  2e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0019  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.41 
 
 		 668 aa  101  2e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2835  response regulator receiver domain-containing protein  34.24 
 
 		 346 aa  102  2e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.157532  normal  0.231861 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3477  diguanylate cyclase  36.84 
 
 		 342 aa  101  2e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.377939  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  36.92 
 
 		 764 aa  102  2e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02110  GGDEF domain-containing protein  36.9 
 
 		 235 aa  101  2e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.594222 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0162  diguanylate cyclase  35.68 
 
 		 614 aa  101  3e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.155295  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  35.94 
 
 		 569 aa  101  3e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1377  diguanylate cyclase  29.92 
 
 		 368 aa  101  3e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3016  GGDEF domain-containing protein  33.46 
 
 		 385 aa  100  3e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0864603  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  37.36 
 
 		 555 aa  101  3e-20  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0283  GGDEF family protein  36.93 
 
 		 339 aa  100  3e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.286485  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3353  GGDEF family protein  36.98 
 
 		 626 aa  101  3e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.374674  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.19 
 
 		 901 aa  100  4e-20  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>