More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_4833 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_0369  GGDEF domain-containing protein  90.75 
 
 		 400 aa  730    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0652441  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0505  GGDEF domain protein  79.76 
 
 		 431 aa  693    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4678  GGDEF  79.39 
 
 		 432 aa  690    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5168  diguanylate cyclase  83.92 
 
 		 442 aa  652    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.160998 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4833  diguanylate cyclase  100 
 
 		 427 aa  875    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.874316 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0399  diguanylate cyclase  92.04 
 
 		 427 aa  767    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.545966 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0395  diguanylate cyclase  90.63 
 
 		 425 aa  749    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4080  diguanylate cyclase  65.32 
 
 		 439 aa  549  1e-155  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4000  diguanylate cyclase  42.62 
 
 		 426 aa  302  7.000000000000001e-81  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.133602 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0840  diguanylate cyclase  38.36 
 
 		 411 aa  236  5.0000000000000005e-61  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0736  diguanylate cyclase  36.9 
 
 		 412 aa  236  7e-61  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000330305  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05730  sensory transduction protein kinase  36.77 
 
 		 393 aa  233  4.0000000000000004e-60  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3052  diguanylate cyclase  37.98 
 
 		 410 aa  230  3e-59  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2632  GGDEF domain-containing protein  37.41 
 
 		 411 aa  228  2e-58  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0493  GGDEF family protein  50.25 
 
 		 412 aa  218  2e-55  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0380455  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000123  GGDEF domain protein  34.38 
 
 		 412 aa  212  9e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.608204  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1771  diguanylate cyclase  50.53 
 
 		 362 aa  205  1e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0245  GGDEF domain-containing protein  45.91 
 
 		 417 aa  199  7.999999999999999e-50  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0186  diguanylate cyclase  47.14 
 
 		 398 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1703  diguanylate cyclase  45.37 
 
 		 405 aa  197  2.0000000000000003e-49  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00246889  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0206  GGDEF domain-containing protein  43.62 
 
 		 396 aa  197  3e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0436  membrane associated GGDEF protein  47.76 
 
 		 410 aa  194  2e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3267  diguanylate cyclase  51.69 
 
 		 381 aa  194  3e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1358  diguanylate cyclase  42.3 
 
 		 412 aa  194  4e-48  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2380  GGDEF family protein  34.23 
 
 		 413 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0242852  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3991  diguanylate cyclase  47.03 
 
 		 396 aa  184  3e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0020  diguanylate cyclase  46.89 
 
 		 387 aa  178  2e-43  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0325  diguanylate cyclase  45.07 
 
 		 394 aa  175  9.999999999999999e-43  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.320199  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1377  diguanylate cyclase  46.88 
 
 		 411 aa  174  2.9999999999999996e-42  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0077  diguanylate cyclase  51.11 
 
 		 411 aa  168  2e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.978885  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3494  diguanylate cyclase  45.45 
 
 		 384 aa  155  1e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.316612  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0747  diguanylate cyclase  36.02 
 
 		 508 aa  111  3e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  35.48 
 
 		 610 aa  109  1e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1602  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.38 
 
 		 638 aa  108  2e-22  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000652876  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2535  diguanylate cyclase  34.88 
 
 		 1099 aa  107  3e-22  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.12937  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0782  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.76 
 
 		 450 aa  105  2e-21  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000969424  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0443  GGDEF domain-containing protein  31.46 
 
 		 337 aa  105  2e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0613635  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.95 
 
 		 550 aa  105  2e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0805  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.76 
 
 		 450 aa  105  2e-21  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000908772  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0926  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 494 aa  104  3e-21  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0283  GGDEF family protein  40.34 
 
 		 339 aa  103  4e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.286485  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2481  diguanylate cyclase  35.45 
 
 		 374 aa  103  5e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3471  GGDEF family protein  31.72 
 
 		 242 aa  103  6e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1163  diguanylate cyclase  32.86 
 
 		 308 aa  103  6e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  38.38 
 
 		 457 aa  103  7e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  35.33 
 
 		 638 aa  103  9e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  38.42 
 
 		 355 aa  102  9e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2596  diguanylate cyclase  36.07 
 
 		 343 aa  102  1e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00466  Putative two-component system regulatory protein with GGDEF domain  31.52 
 
 		 414 aa  101  2e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.6149  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0349  diguanylate cyclase  35.08 
 
 		 523 aa  102  2e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.291431  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4245  GGDEF domain-containing protein  30.84 
 
 		 477 aa  101  3e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  36.02 
 
 		 457 aa  100  4e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  35.45 
 
 		 457 aa  100  4e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2774  diguanylate cyclase  34.41 
 
 		 530 aa  100  4e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1511  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.56 
 
 		 557 aa  100  5e-20  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00005186  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0283  hypothetical protein  36.17 
 
 		 709 aa  100  5e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2077  diguanylate cyclase  34.98 
 
 		 343 aa  100  5e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.984314  normal  0.163131 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1443  diguanylate cyclase  32.61 
 
 		 376 aa  100  5e-20  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000552485  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  31.77 
 
 		 631 aa  100  5e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4330  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.6 
 
 		 325 aa  100  5e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  36.32 
 
 		 609 aa  100  6e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2835  response regulator receiver domain-containing protein  35.87 
 
 		 346 aa  100  6e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.157532  normal  0.231861 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3232  hypothetical protein  34.97 
 
 		 498 aa  100  6e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0640076  normal  0.305585 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0449  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.7 
 
 		 347 aa  100  6e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  34.41 
 
 		 457 aa  99.8  7e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2871  response regulator  33.04 
 
 		 564 aa  99.8  8e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3487  diguanylate cyclase  35.2 
 
 		 345 aa  99.8  8e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3016  GGDEF domain-containing protein  34.27 
 
 		 385 aa  99.8  9e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0864603  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1650  sensory box protein  38.1 
 
 		 819 aa  99  1e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00487383  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  32.86 
 
 		 405 aa  99  1e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2531  diguanylate cyclase  36.11 
 
 		 347 aa  99.4  1e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.204125  normal  0.837026 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0462  3-deoxy-d-manno-octulosonic-acid transferase  33.65 
 
 		 422 aa  99.4  1e-19  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0676  diguanylate cyclase  38.59 
 
 		 388 aa  99.4  1e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2754  diguanylate cyclase  32.8 
 
 		 518 aa  99  1e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0153453 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000797  GGDEF family protein  37.57 
 
 		 337 aa  99.4  1e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4848  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.77 
 
 		 665 aa  98.6  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.162589 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0698  diguanylate cyclase  38.04 
 
 		 388 aa  98.6  2e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.814063  hitchhiker  0.00133482 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  33.2 
 
 		 422 aa  98.2  2e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0953  diguanylate cyclase  36.96 
 
 		 494 aa  99  2e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2040  diguanylate cyclase  39.55 
 
 		 347 aa  98.6  2e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.405567  normal  0.0142229 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4218  diguanylate cyclase  30.73 
 
 		 631 aa  98.6  2e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.24 
 
 		 550 aa  98.2  2e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  36.46 
 
 		 319 aa  97.8  3e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  34.41 
 
 		 455 aa  97.8  3e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4621  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.43 
 
 		 648 aa  97.8  3e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.334588  normal  0.654105 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0892  diguanylate cyclase  32.49 
 
 		 323 aa  97.8  3e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.501117 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1906  response regulator receiver domain-containing protein  29.96 
 
 		 603 aa  97.8  3e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4369  sensor diguanylate cyclase  35.08 
 
 		 569 aa  97.4  4e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.399197 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.9 
 
 		 454 aa  97.4  4e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3704  diguanylate cyclase  36.76 
 
 		 460 aa  97.1  5e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4329  diguanylate cyclase  33.52 
 
 		 320 aa  97.4  5e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.406414  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2363  GGDEF domain-containing protein  34.59 
 
 		 311 aa  97.1  5e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.282615  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2544  diguanylate cyclase  33.69 
 
 		 398 aa  97.1  5e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.871243  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3353  GGDEF family protein  34.2 
 
 		 626 aa  97.4  5e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.374674  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2950  diguanylate cyclase  34.31 
 
 		 485 aa  97.1  6e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0805106  normal  0.172242 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2974  diguanylate cyclase  32.8 
 
 		 518 aa  97.1  6e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0516794  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0415  diguanylate cyclase  35.39 
 
 		 392 aa  96.7  6e-19  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1497  response regulator PleD  37.1 
 
 		 454 aa  97.1  6e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.122959 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2497  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.69 
 
 		 355 aa  97.1  6e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000595067  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4666  diguanylate cyclase  30.89 
 
 		 407 aa  97.1  6e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00608192  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>