More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_0840 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007517  Gmet_0840  diguanylate cyclase  100 
 
 		 411 aa  834    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2632  GGDEF domain-containing protein  70.32 
 
 		 411 aa  569  1e-161  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0736  diguanylate cyclase  54.85 
 
 		 412 aa  446  1.0000000000000001e-124  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000330305  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3052  diguanylate cyclase  44.23 
 
 		 410 aa  295  1e-78  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4080  diguanylate cyclase  49.8 
 
 		 439 aa  229  7e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4678  GGDEF  39.9 
 
 		 432 aa  223  3e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0245  GGDEF domain-containing protein  38.03 
 
 		 417 aa  218  2e-55  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0206  GGDEF domain-containing protein  41.75 
 
 		 396 aa  215  9.999999999999999e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0436  membrane associated GGDEF protein  37.14 
 
 		 410 aa  214  1.9999999999999998e-54  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0505  GGDEF domain protein  38.64 
 
 		 431 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0399  diguanylate cyclase  39.37 
 
 		 427 aa  213  5.999999999999999e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.545966 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4833  diguanylate cyclase  38.36 
 
 		 427 aa  213  7e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.874316 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3267  diguanylate cyclase  37.43 
 
 		 381 aa  212  7.999999999999999e-54  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05730  sensory transduction protein kinase  34.92 
 
 		 393 aa  211  2e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0369  GGDEF domain-containing protein  39.06 
 
 		 400 aa  209  1e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0652441  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1377  diguanylate cyclase  35.28 
 
 		 411 aa  209  1e-52  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4000  diguanylate cyclase  35.88 
 
 		 426 aa  205  9e-52  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.133602 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2380  GGDEF family protein  34.87 
 
 		 413 aa  205  1e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0242852  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0493  GGDEF family protein  33 
 
 		 412 aa  204  2e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0380455  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0395  diguanylate cyclase  39.06 
 
 		 425 aa  204  3e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0186  diguanylate cyclase  49.55 
 
 		 398 aa  203  6e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1358  diguanylate cyclase  41.31 
 
 		 412 aa  202  7e-51  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000123  GGDEF domain protein  33.86 
 
 		 412 aa  202  9.999999999999999e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.608204  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0020  diguanylate cyclase  34.31 
 
 		 387 aa  201  3e-50  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1771  diguanylate cyclase  51.37 
 
 		 362 aa  199  7.999999999999999e-50  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3991  diguanylate cyclase  53.72 
 
 		 396 aa  194  2e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5168  diguanylate cyclase  47.41 
 
 		 442 aa  189  7e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.160998 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0077  diguanylate cyclase  39.8 
 
 		 411 aa  182  1e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.978885  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1703  diguanylate cyclase  47.45 
 
 		 405 aa  181  2e-44  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00246889  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3494  diguanylate cyclase  31.94 
 
 		 384 aa  177  2e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.316612  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0325  diguanylate cyclase  39.18 
 
 		 394 aa  176  5e-43  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.320199  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  40.22 
 
 		 355 aa  112  9e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0172  GGDEF domain-containing protein  33.01 
 
 		 328 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1602  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.24 
 
 		 638 aa  110  4.0000000000000004e-23  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000652876  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  38.25 
 
 		 638 aa  108  2e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3487  diguanylate cyclase  39.09 
 
 		 345 aa  108  2e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1922  diguanylate cyclase  39.77 
 
 		 527 aa  107  4e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.252712 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0462  3-deoxy-d-manno-octulosonic-acid transferase  36.81 
 
 		 422 aa  107  5e-22  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2333  hypothetical protein  32.77 
 
 		 565 aa  106  8e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2596  diguanylate cyclase  38.38 
 
 		 343 aa  106  8e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2077  diguanylate cyclase  38.31 
 
 		 343 aa  105  1e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.984314  normal  0.163131 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0891  diguanylate cyclase  34.08 
 
 		 332 aa  104  2e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.492307 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00466  Putative two-component system regulatory protein with GGDEF domain  38.95 
 
 		 414 aa  105  2e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.6149  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2040  diguanylate cyclase  41.14 
 
 		 347 aa  105  2e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.405567  normal  0.0142229 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0782  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.52 
 
 		 450 aa  104  2e-21  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000969424  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4649  diguanylate cyclase  39.25 
 
 		 510 aa  105  2e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2531  diguanylate cyclase  37.7 
 
 		 347 aa  104  2e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.204125  normal  0.837026 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  39.25 
 
 		 510 aa  105  2e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  39.25 
 
 		 510 aa  105  2e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0805  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.52 
 
 		 450 aa  104  3e-21  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000908772  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  36.67 
 
 		 609 aa  104  3e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2477  hypothetical protein  37.36 
 
 		 273 aa  104  3e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0283  hypothetical protein  36.67 
 
 		 709 aa  104  3e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2490  diguanylate cyclase  34.38 
 
 		 341 aa  103  6e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.316308  normal  0.521612 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  36.56 
 
 		 466 aa  103  6e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0793  diguanylate cyclase  32.24 
 
 		 305 aa  102  9e-21  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 632 aa  102  1e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  39.25 
 
 		 457 aa  102  1e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2397  diguanylate cyclase  39.13 
 
 		 510 aa  102  1e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1062  diguanylate cyclase  35.2 
 
 		 566 aa  102  1e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0191664  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2229  GGDEF domain protein  37.78 
 
 		 398 aa  102  1e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.728282  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3350  sensor histidine kinase/GGDEF domain-containing protein  37.8 
 
 		 565 aa  101  2e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0379  diguanylate cyclase  37.17 
 
 		 540 aa  102  2e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0489  diguanylate cyclase  36.81 
 
 		 384 aa  101  2e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1650  sensory box protein  39.89 
 
 		 819 aa  100  3e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00487383  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3922  GGDEF domain-containing protein  35.68 
 
 		 364 aa  100  3e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1741  diguanylate cyclase  31.47 
 
 		 374 aa  101  3e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.564976  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1443  diguanylate cyclase  38.15 
 
 		 376 aa  100  4e-20  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000552485  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1122  GGDEF domain-containing protein  39.36 
 
 		 506 aa  100  5e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.014859  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  34.92 
 
 		 457 aa  100  5e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  37.57 
 
 		 457 aa  100  6e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  37.17 
 
 		 696 aa  100  6e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1864  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.7 
 
 		 457 aa  100  6e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.831894  normal  0.121309 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  34.92 
 
 		 455 aa  100  6e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2404  diguanylate cyclase  39.34 
 
 		 479 aa  99.8  8e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00227226  normal  0.966476 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3550  diguanylate cyclase  36.02 
 
 		 559 aa  99.4  9e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.953301  normal  0.354246 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0688  diguanylate cyclase  34.15 
 
 		 363 aa  99.4  9e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.106369  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  37.91 
 
 		 555 aa  99.4  9e-20  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0984  GGDEF domain-containing protein  39.57 
 
 		 489 aa  99  1e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.184695  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2422  diguanylate cyclase  39.89 
 
 		 532 aa  99  1e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.257185  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1863  diguanylate cyclase  32.5 
 
 		 368 aa  99.4  1e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.150647 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1334  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.42 
 
 		 447 aa  99  1e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  36.08 
 
 		 461 aa  99  1e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2312  GGDEF domain-containing protein  33.18 
 
 		 341 aa  99  1e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3471  GGDEF family protein  36.41 
 
 		 242 aa  99.4  1e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2514  diguanylate cyclase  32.44 
 
 		 341 aa  99.4  1e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.39605  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0250  GGDEF domain-containing protein  39.57 
 
 		 489 aa  99  1e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.164767  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  37.85 
 
 		 405 aa  99.4  1e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0133  diguanylate cyclase  36.93 
 
 		 294 aa  99  1e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.469919 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1643  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  35.75 
 
 		 316 aa  98.6  2e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0081  response regulator/GGDEF domain-containing protein  35.75 
 
 		 419 aa  98.6  2e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0390  GGDEF domain-containing protein  39.57 
 
 		 499 aa  98.6  2e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.817676  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1755  diguanylate cyclase  39.57 
 
 		 499 aa  98.6  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0315  GGDEF domain-containing protein  39.57 
 
 		 484 aa  99  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.237701  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1497  response regulator PleD  34.57 
 
 		 454 aa  98.2  2e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.122959 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1641  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.86 
 
 		 640 aa  98.6  2e-19  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.320869  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4493  diguanylate cyclase  33.89 
 
 		 332 aa  98.6  2e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3412  diguanylate cyclase  28.23 
 
 		 346 aa  98.2  2e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3473  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.84 
 
 		 351 aa  98.6  2e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  30.18 
 
 		 278 aa  98.6  2e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>