More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1771 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_1771  diguanylate cyclase  100 
 
 		 362 aa  740    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0245  GGDEF domain-containing protein  38.84 
 
 		 417 aa  214  2.9999999999999995e-54  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4080  diguanylate cyclase  47.84 
 
 		 439 aa  210  3e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2632  GGDEF domain-containing protein  54.35 
 
 		 411 aa  208  1e-52  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3267  diguanylate cyclase  38.27 
 
 		 381 aa  203  4e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3052  diguanylate cyclase  44.05 
 
 		 410 aa  202  8e-51  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0206  GGDEF domain-containing protein  51.02 
 
 		 396 aa  200  3e-50  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0840  diguanylate cyclase  51.37 
 
 		 411 aa  199  6e-50  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0186  diguanylate cyclase  47.64 
 
 		 398 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4678  GGDEF  50.54 
 
 		 432 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0736  diguanylate cyclase  35.25 
 
 		 412 aa  196  8.000000000000001e-49  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000330305  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05730  sensory transduction protein kinase  42.13 
 
 		 393 aa  189  7e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000123  GGDEF domain protein  37.8 
 
 		 412 aa  189  1e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.608204  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3991  diguanylate cyclase  41.43 
 
 		 396 aa  186  6e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0399  diguanylate cyclase  50.53 
 
 		 427 aa  181  1e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.545966 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0077  diguanylate cyclase  48.13 
 
 		 411 aa  180  2.9999999999999997e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.978885  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4833  diguanylate cyclase  50.53 
 
 		 427 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.874316 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0493  GGDEF family protein  47.31 
 
 		 412 aa  179  5.999999999999999e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0380455  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0369  GGDEF domain-containing protein  51.37 
 
 		 400 aa  179  7e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0652441  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1703  diguanylate cyclase  44.93 
 
 		 405 aa  179  8e-44  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00246889  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1358  diguanylate cyclase  46.2 
 
 		 412 aa  178  1e-43  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4000  diguanylate cyclase  44 
 
 		 426 aa  172  7.999999999999999e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.133602 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0395  diguanylate cyclase  50.82 
 
 		 425 aa  172  1e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0436  membrane associated GGDEF protein  39.69 
 
 		 410 aa  171  1e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0505  GGDEF domain protein  48.37 
 
 		 431 aa  169  5e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0020  diguanylate cyclase  46.11 
 
 		 387 aa  169  6e-41  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5168  diguanylate cyclase  49.73 
 
 		 442 aa  162  1e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.160998 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2380  GGDEF family protein  40.38 
 
 		 413 aa  160  3e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0242852  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0325  diguanylate cyclase  44.68 
 
 		 394 aa  153  4e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.320199  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1377  diguanylate cyclase  41.27 
 
 		 411 aa  153  5.9999999999999996e-36  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3494  diguanylate cyclase  31.48 
 
 		 384 aa  139  7e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.316612  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  37.82 
 
 		 457 aa  125  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  38.34 
 
 		 457 aa  125  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  35.57 
 
 		 466 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  35.71 
 
 		 457 aa  113  4.0000000000000004e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  35.2 
 
 		 457 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2442  response regulator PleD  35.2 
 
 		 457 aa  111  3e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.696702  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  33.67 
 
 		 457 aa  109  9.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  35.79 
 
 		 405 aa  109  9.000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  33.67 
 
 		 457 aa  108  2e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3308  response regulator PleD  34.18 
 
 		 457 aa  108  2e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.268667  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3460  GGDEF domain-containing protein  37.22 
 
 		 644 aa  108  2e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0284505  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4621  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.04 
 
 		 648 aa  107  3e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.334588  normal  0.654105 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  32.64 
 
 		 457 aa  107  4e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  33.51 
 
 		 455 aa  106  5e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2297  sensor histidine kinase/GGDEF domain-containing protein  33.84 
 
 		 422 aa  106  6e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4379  diguanylate cyclase  34.39 
 
 		 419 aa  105  9e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0415  diguanylate cyclase  30.63 
 
 		 392 aa  105  1e-21  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4848  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.98 
 
 		 665 aa  104  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.162589 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4234  diguanylate cyclase  37.43 
 
 		 539 aa  103  3e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.256126 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0294  diguanylate cyclase  33.04 
 
 		 432 aa  104  3e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4588  diguanylate cyclase  34.54 
 
 		 613 aa  104  3e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0646445  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1602  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.01 
 
 		 638 aa  103  4e-21  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000652876  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  31.03 
 
 		 461 aa  103  4e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2514  diguanylate cyclase  36.84 
 
 		 341 aa  103  4e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.39605  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1885  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.75 
 
 		 558 aa  103  6e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2390  TPR repeat-containing diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase  34.41 
 
 		 600 aa  103  6e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  35.87 
 
 		 349 aa  103  7e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2229  GGDEF domain protein  35.64 
 
 		 398 aa  102  7e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.728282  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.5 
 
 		 454 aa  102  1e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3910  diguanylate cyclase  36.65 
 
 		 537 aa  102  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.283041  normal  0.244259 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2596  diguanylate cyclase  35.5 
 
 		 343 aa  102  2e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1560  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.95 
 
 		 800 aa  101  2e-20  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0426061  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.69 
 
 		 550 aa  100  3e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1497  response regulator PleD  34.52 
 
 		 454 aa  100  3e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.122959 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  36.27 
 
 		 457 aa  100  3e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0747  diguanylate cyclase  33.67 
 
 		 508 aa  100  3e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1795  diguanylate cyclase  35.08 
 
 		 339 aa  100  4e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1060  diguanylate cyclase  32.51 
 
 		 378 aa  100  4e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0114541  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00151  Response regulator containing a CheY-like receiver domain and a GGDEF domain  38.14 
 
 		 353 aa  100  4e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.440614  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  31.58 
 
 		 373 aa  100  4e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0462  3-deoxy-d-manno-octulosonic-acid transferase  35.11 
 
 		 422 aa  100  5e-20  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0019  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.98 
 
 		 668 aa  99.8  6e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0495  diguanylate cyclase  30.36 
 
 		 574 aa  99.8  7e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.355875  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0172  GGDEF domain-containing protein  35.9 
 
 		 328 aa  99.8  7e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0021  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.98 
 
 		 668 aa  99.8  7e-20  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7417  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.41 
 
 		 457 aa  99.4  9e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.196799  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  31.29 
 
 		 612 aa  99.4  9e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0952  GGDEF domain-containing protein  31.25 
 
 		 430 aa  99  1e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3474  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 393 aa  99  1e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0624369  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2544  diguanylate cyclase  36.08 
 
 		 398 aa  98.6  1e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.871243  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3840  diguanylate cyclase  34.97 
 
 		 556 aa  98.2  2e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.108967  hitchhiker  0.000986648 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2587  GGDEF domain-containing protein  35.83 
 
 		 621 aa  97.8  2e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.21731  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  35.36 
 
 		 610 aa  98.6  2e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2077  diguanylate cyclase  35.98 
 
 		 343 aa  97.8  2e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.984314  normal  0.163131 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7026  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.11 
 
 		 312 aa  97.8  2e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.398098  hitchhiker  0.000000633587 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3487  diguanylate cyclase  34.67 
 
 		 345 aa  98.6  2e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0470  GGDEF  36.76 
 
 		 412 aa  97.4  3e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.606028 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0948  diguanylate cyclase  34.24 
 
 		 401 aa  97.8  3e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3048  diguanylate cyclase  33.03 
 
 		 398 aa  97.4  3e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.795755  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1148  diguanylate cyclase  33.67 
 
 		 634 aa  97.8  3e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0203006  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3430  diguanylate cyclase  32.66 
 
 		 513 aa  97.8  3e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2189  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.26 
 
 		 415 aa  97.1  4e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2535  diguanylate cyclase  34.13 
 
 		 1099 aa  97.1  4e-19  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.12937  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1906  response regulator receiver domain-containing protein  32.7 
 
 		 603 aa  97.4  4e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  33.85 
 
 		 464 aa  97.1  4e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0143  membrane associated GGDEF protein  31.69 
 
 		 482 aa  97.1  5e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2815  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.28 
 
 		 457 aa  97.1  5e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.631579  normal  0.0857187 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2920  sensor diguanylate cyclase  34.25 
 
 		 623 aa  96.7  5e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1366  diguanylate cyclase  34.81 
 
 		 369 aa  97.1  5e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.112308 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>