More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_4080 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_4080  diguanylate cyclase  100 
 
 		 439 aa  881    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4678  GGDEF  65.26 
 
 		 432 aa  564  1e-160  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0505  GGDEF domain protein  62.18 
 
 		 431 aa  554  1e-156  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4833  diguanylate cyclase  65.32 
 
 		 427 aa  549  1e-155  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.874316 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0399  diguanylate cyclase  65.08 
 
 		 427 aa  540  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.545966 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0369  GGDEF domain-containing protein  66.25 
 
 		 400 aa  536  1e-151  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0652441  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0395  diguanylate cyclase  65.08 
 
 		 425 aa  533  1e-150  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5168  diguanylate cyclase  64.33 
 
 		 442 aa  513  1e-144  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.160998 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4000  diguanylate cyclase  44.77 
 
 		 426 aa  299  6e-80  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.133602 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0840  diguanylate cyclase  41.36 
 
 		 411 aa  249  6e-65  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0736  diguanylate cyclase  39.6 
 
 		 412 aa  247  3e-64  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000330305  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3052  diguanylate cyclase  41.46 
 
 		 410 aa  238  2e-61  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2632  GGDEF domain-containing protein  60.71 
 
 		 411 aa  234  2.0000000000000002e-60  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05730  sensory transduction protein kinase  35.54 
 
 		 393 aa  230  5e-59  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0245  GGDEF domain-containing protein  49.09 
 
 		 417 aa  218  2e-55  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000123  GGDEF domain protein  32.51 
 
 		 412 aa  216  7e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.608204  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1771  diguanylate cyclase  36.89 
 
 		 362 aa  211  2e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1703  diguanylate cyclase  40.13 
 
 		 405 aa  211  3e-53  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00246889  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0493  GGDEF family protein  46.46 
 
 		 412 aa  207  3e-52  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0380455  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0436  membrane associated GGDEF protein  49.48 
 
 		 410 aa  202  9.999999999999999e-51  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0186  diguanylate cyclase  48.56 
 
 		 398 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1358  diguanylate cyclase  40.86 
 
 		 412 aa  200  3.9999999999999996e-50  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0206  GGDEF domain-containing protein  37.46 
 
 		 396 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3991  diguanylate cyclase  48.19 
 
 		 396 aa  190  4e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3267  diguanylate cyclase  48.04 
 
 		 381 aa  189  1e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0325  diguanylate cyclase  40.42 
 
 		 394 aa  187  4e-46  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.320199  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0020  diguanylate cyclase  47.49 
 
 		 387 aa  185  2.0000000000000003e-45  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2380  GGDEF family protein  43.32 
 
 		 413 aa  181  2e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0242852  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1377  diguanylate cyclase  47.42 
 
 		 411 aa  176  6e-43  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0077  diguanylate cyclase  49.16 
 
 		 411 aa  169  9e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.978885  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3494  diguanylate cyclase  32.24 
 
 		 384 aa  159  1e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.316612  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0747  diguanylate cyclase  38.42 
 
 		 508 aa  119  9.999999999999999e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0782  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.62 
 
 		 450 aa  114  3e-24  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000969424  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0805  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.62 
 
 		 450 aa  114  3e-24  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000908772  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4848  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.76 
 
 		 665 aa  113  7.000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.162589 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00466  Putative two-component system regulatory protein with GGDEF domain  40.43 
 
 		 414 aa  112  9e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.6149  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1602  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.62 
 
 		 638 aa  112  2.0000000000000002e-23  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000652876  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4621  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.5 
 
 		 648 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.334588  normal  0.654105 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.52 
 
 		 550 aa  110  5e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  34.67 
 
 		 405 aa  110  5e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  36.46 
 
 		 638 aa  108  1e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1497  response regulator PleD  35.64 
 
 		 454 aa  108  2e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.122959 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1163  diguanylate cyclase  36.26 
 
 		 308 aa  107  4e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2077  diguanylate cyclase  36.81 
 
 		 343 aa  107  4e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.984314  normal  0.163131 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2535  diguanylate cyclase  39.23 
 
 		 1099 aa  107  5e-22  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.12937  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  35.94 
 
 		 457 aa  107  6e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4245  GGDEF domain-containing protein  30.62 
 
 		 477 aa  106  7e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1662  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.32 
 
 		 820 aa  106  7e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.29973  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0926  diguanylate cyclase  38.12 
 
 		 494 aa  106  9e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  37.44 
 
 		 457 aa  105  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3248  diguanylate cyclase  34.34 
 
 		 420 aa  105  2e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000797  GGDEF family protein  38.2 
 
 		 337 aa  104  2e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4666  diguanylate cyclase  31.28 
 
 		 407 aa  105  2e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00608192  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  33.82 
 
 		 464 aa  104  2e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2531  diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 347 aa  104  3e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.204125  normal  0.837026 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1126  diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 415 aa  104  3e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.926939 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0680  diguanylate cyclase  31.25 
 
 		 466 aa  104  3e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3704  diguanylate cyclase  31.25 
 
 		 460 aa  104  3e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  34.87 
 
 		 455 aa  104  3e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  31.53 
 
 		 278 aa  104  3e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1189  diguanylate cyclase  32.68 
 
 		 357 aa  103  4e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0106637  normal  0.54324 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2596  diguanylate cyclase  36.02 
 
 		 343 aa  103  4e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  36.92 
 
 		 457 aa  104  4e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3487  diguanylate cyclase  34.17 
 
 		 345 aa  103  4e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  37.7 
 
 		 565 aa  103  4e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3232  hypothetical protein  35.56 
 
 		 498 aa  103  4e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0640076  normal  0.305585 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1922  diguanylate cyclase  40 
 
 		 527 aa  103  4e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.252712 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02110  GGDEF domain-containing protein  38.92 
 
 		 235 aa  104  4e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.594222 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0249  hypothetical protein  38.92 
 
 		 275 aa  103  4e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.664064  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1443  diguanylate cyclase  34.05 
 
 		 376 aa  103  5e-21  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000552485  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.21 
 
 		 632 aa  103  6e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0162  diguanylate cyclase  38.17 
 
 		 614 aa  103  6e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.155295  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2040  diguanylate cyclase  37.29 
 
 		 347 aa  103  6e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.405567  normal  0.0142229 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2750  diguanylate cyclase  34.52 
 
 		 380 aa  103  7e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0349  diguanylate cyclase  34.57 
 
 		 523 aa  103  8e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.291431  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0200  diguanylate cyclase  36.76 
 
 		 352 aa  103  8e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.321217  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2404  diguanylate cyclase  37.57 
 
 		 479 aa  103  8e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00227226  normal  0.966476 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2835  response regulator receiver domain-containing protein  37.22 
 
 		 346 aa  102  9e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.157532  normal  0.231861 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0948  diguanylate cyclase  33.89 
 
 		 401 aa  102  1e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3471  GGDEF family protein  32.75 
 
 		 242 aa  102  1e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2096  diguanylate cyclase  36.67 
 
 		 368 aa  102  1e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1059  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  33.49 
 
 		 570 aa  102  1e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0410  diguanylate cyclase  37.2 
 
 		 657 aa  102  1e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.754716 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2497  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.3 
 
 		 355 aa  102  1e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000595067  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1155  diguanylate cyclase  32.02 
 
 		 357 aa  101  2e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.149088  normal  0.131446 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  37.63 
 
 		 696 aa  101  2e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2544  diguanylate cyclase  37.36 
 
 		 398 aa  102  2e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.871243  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  39.15 
 
 		 457 aa  101  2e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  37.77 
 
 		 307 aa  101  2e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2871  response regulator  34.09 
 
 		 564 aa  101  3e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2049  GGDEF family protein  37.02 
 
 		 319 aa  101  3e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5094  hypothetical protein  34.05 
 
 		 351 aa  101  3e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5111  hypothetical protein  34.05 
 
 		 351 aa  101  3e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2333  hypothetical protein  35.32 
 
 		 565 aa  101  3e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0953  diguanylate cyclase  37.99 
 
 		 494 aa  101  3e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3851  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.57 
 
 		 634 aa  101  3e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0571122  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2731  diguanylate cyclase  31.18 
 
 		 714 aa  101  3e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2325  diguanylate cyclase  35.87 
 
 		 350 aa  101  3e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.74843  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2227  diguanylate cyclase  36.67 
 
 		 342 aa  101  3e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2092  diguanylate cyclase  36.67 
 
 		 342 aa  100  4e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0157551  normal  0.671157 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>