More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3471 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_3471  GGDEF family protein  100 
 
 		 242 aa  493  9.999999999999999e-139  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3305  diguanylate cyclase  46.48 
 
 		 286 aa  193  2e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.33883 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3049  diguanylate cyclase  45.78 
 
 		 287 aa  185  6e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.260561  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2920  sensor diguanylate cyclase  39.55 
 
 		 623 aa  120  9.999999999999999e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  37.1 
 
 		 610 aa  119  4.9999999999999996e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2365  diguanylate cyclase  36.06 
 
 		 467 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0108211  normal  0.148457 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002693  putative GGDEF family protein  37.5 
 
 		 306 aa  116  3.9999999999999997e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3711  diguanylate cyclase  36.93 
 
 		 320 aa  115  3.9999999999999997e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.336724  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0467  diguanylate cyclase  35.59 
 
 		 641 aa  115  5e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  34.73 
 
 		 316 aa  113  3e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2293  diguanylate cyclase  36.27 
 
 		 467 aa  113  3e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000112238  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0094  diguanylate cyclase  43.4 
 
 		 451 aa  112  5e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4678  GGDEF  34.27 
 
 		 432 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0422  diguanylate cyclase  34.98 
 
 		 317 aa  110  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2483  diguanylate cyclase  35.78 
 
 		 467 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  38.73 
 
 		 464 aa  108  5e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0570  diguanylate cyclase  36.26 
 
 		 324 aa  108  5e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0571  diguanylate cyclase  36.26 
 
 		 324 aa  108  5e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3459  diguanylate cyclase  36.26 
 
 		 324 aa  108  6e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2499  GGDEF domain-containing protein  35.83 
 
 		 367 aa  108  6e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3168  diguanylate cyclase  36.42 
 
 		 362 aa  108  8.000000000000001e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1809  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 391 aa  108  9.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.271583  hitchhiker  0.00508351 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3170  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.08 
 
 		 344 aa  107  1e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.103544 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1477  diguanylate cyclase  35.03 
 
 		 411 aa  108  1e-22  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124607  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  36.51 
 
 		 631 aa  108  1e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0939  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.93 
 
 		 438 aa  107  1e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2731  diguanylate cyclase  34.52 
 
 		 714 aa  107  2e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9505  GGDEF domain-containing protein  41.72 
 
 		 245 aa  106  3e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0266  GGDEF  39.1 
 
 		 690 aa  106  3e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0392  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 319 aa  106  3e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0549299  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0162  diguanylate cyclase  39.24 
 
 		 614 aa  106  4e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.155295  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0569  sensory box/GGDEF family protein  35.47 
 
 		 324 aa  105  5e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3512  diguanylate cyclase  35.63 
 
 		 318 aa  105  5e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 696 aa  105  5e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1924  diguanylate cyclase  40.2 
 
 		 492 aa  105  5e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.268801  normal  0.495061 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0505  GGDEF domain protein  34.74 
 
 		 431 aa  105  6e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0747  diguanylate cyclase  36.54 
 
 		 508 aa  105  6e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003519  diguanylate cyclase (GGDEF domain) with PAS/PAC sensor  36.96 
 
 		 280 aa  105  7e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000133532  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2371  diguanylate cyclase  38.55 
 
 		 294 aa  105  7e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.171648  normal  0.191081 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  34.3 
 
 		 319 aa  105  7e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5086  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.78 
 
 		 465 aa  105  8e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  31.25 
 
 		 493 aa  105  8e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  36.26 
 
 		 493 aa  105  9e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1901  diguanylate cyclase  40.2 
 
 		 492 aa  104  1e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1211  diguanylate cyclase  32.58 
 
 		 381 aa  104  1e-21  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1598  diguanylate cyclase  38.42 
 
 		 492 aa  104  1e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0273825  normal  0.888834 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4694  diguanylate cyclase  38.31 
 
 		 492 aa  104  1e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0443  GGDEF domain-containing protein  31.91 
 
 		 337 aa  104  1e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0613635  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6178  diguanylate cyclase  40.2 
 
 		 492 aa  104  1e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.837587  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2636  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 220 aa  104  1e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.128146  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0921  putative GGDEF protein  33.14 
 
 		 322 aa  103  2e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1745  diguanylate cyclase  36.7 
 
 		 401 aa  103  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.597218  normal  0.101344 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2709  GGDEF domain-containing protein  38.86 
 
 		 411 aa  103  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.887365  normal  0.569285 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1702  diguanylate cyclase  32.37 
 
 		 370 aa  103  2e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1602  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.54 
 
 		 638 aa  103  2e-21  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000652876  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2165  diguanylate cyclase  39.63 
 
 		 460 aa  103  3e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2887  GGDEF domain-containing protein  35.6 
 
 		 424 aa  103  3e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1323  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.38 
 
 		 441 aa  103  3e-21  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3210  GGDEF domain-containing protein  35.23 
 
 		 624 aa  103  3e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1100  diguanylate cyclase  35.03 
 
 		 576 aa  103  3e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0615  diguanylate cyclase  35.43 
 
 		 320 aa  103  3e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000794548 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1281  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.63 
 
 		 586 aa  102  4e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2835  response regulator receiver domain-containing protein  36.05 
 
 		 346 aa  102  4e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.157532  normal  0.231861 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4080  diguanylate cyclase  32.75 
 
 		 439 aa  102  5e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3794  diguanylate cyclase  34.78 
 
 		 328 aa  102  5e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.807786  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  36.26 
 
 		 485 aa  102  5e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1377  diguanylate cyclase  39.13 
 
 		 411 aa  102  5e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  36.26 
 
 		 493 aa  102  5e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0395  diguanylate cyclase  33.93 
 
 		 425 aa  102  5e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0621  diguanylate cyclase  34.86 
 
 		 323 aa  102  5e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1910  GGDEF family protein  40.11 
 
 		 413 aa  102  5e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.382207  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1456  diguanylate cyclase  36.72 
 
 		 636 aa  102  6e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2632  GGDEF domain-containing protein  39.09 
 
 		 411 aa  102  7e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  33.9 
 
 		 722 aa  102  8e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3770  PAS:GGDEF  37.43 
 
 		 328 aa  102  8e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0223226 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0399  diguanylate cyclase  33.48 
 
 		 427 aa  102  8e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.545966 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2871  response regulator  37.89 
 
 		 564 aa  102  8e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4000  diguanylate cyclase  35.06 
 
 		 426 aa  101  8e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.133602 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3920  diguanylate cyclase  36.84 
 
 		 328 aa  101  9e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00763336  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1780  diguanylate cyclase  40.62 
 
 		 414 aa  101  9e-21  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3737  diguanylate cyclase  36.84 
 
 		 328 aa  101  9e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0251056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0531  diguanylate cyclase  36.84 
 
 		 328 aa  101  9e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.842524  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0452  diguanylate cyclase  35.84 
 
 		 323 aa  101  9e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2588  response regulator receiver protein  37.06 
 
 		 568 aa  101  1e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.649054  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001391  GGDEF domain protein  38.24 
 
 		 327 aa  101  1e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00410317  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  35.8 
 
 		 425 aa  100  1e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2353  GGDEF domain-containing protein  39.6 
 
 		 288 aa  101  1e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.803943 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00176  diguanylate cyclase  34.39 
 
 		 354 aa  101  1e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0489  diguanylate cyclase  35.98 
 
 		 384 aa  100  1e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2673  diguanylate cyclase  39.64 
 
 		 411 aa  101  1e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.150858 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2544  diguanylate cyclase  37.82 
 
 		 398 aa  101  1e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.871243  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0144  diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 642 aa  100  2e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1646  GGDEF family protein  34.55 
 
 		 296 aa  100  2e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1885  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.46 
 
 		 558 aa  100  2e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1292  diguanylate cyclase  31.86 
 
 		 293 aa  100  2e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2425  diguanylate cyclase  38.3 
 
 		 353 aa  100  2e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03704  GGDEF domain protein  34.08 
 
 		 325 aa  100  2e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  38.76 
 
 		 405 aa  100  2e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0797  diguanylate cyclase  31.9 
 
 		 408 aa  100  2e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.71948  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0793  diguanylate cyclase  33.88 
 
 		 305 aa  100  2e-20  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>