More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1292 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_1292  diguanylate cyclase  100 
 
 		 293 aa  608  1e-173  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2615  GGDEF domain-containing protein  60.69 
 
 		 294 aa  380  1e-104  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2885  diguanylate cyclase  57 
 
 		 296 aa  357  9e-98  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.101841  normal  0.0224227 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1467  diguanylate cyclase  57 
 
 		 296 aa  357  9.999999999999999e-98  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1498  diguanylate cyclase  56.66 
 
 		 296 aa  356  1.9999999999999998e-97  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1462  diguanylate cyclase  56.66 
 
 		 296 aa  356  1.9999999999999998e-97  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1646  GGDEF family protein  55.17 
 
 		 296 aa  353  2e-96  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2798  diguanylate cyclase  55.17 
 
 		 296 aa  350  1e-95  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.400651 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2691  diguanylate cyclase  54.83 
 
 		 296 aa  349  3e-95  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000361168 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2624  diguanylate cyclase  54.83 
 
 		 296 aa  349  4e-95  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00868311 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1158  GGDEF family protein  53.56 
 
 		 303 aa  322  7e-87  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1365  diguanylate cyclase  55.52 
 
 		 292 aa  320  9.999999999999999e-87  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3264  diguanylate cyclase  46.21 
 
 		 293 aa  310  1e-83  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.399065 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2868  diguanylate cyclase  47.95 
 
 		 293 aa  303  2.0000000000000002e-81  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.901439  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3144  diguanylate cyclase  49.66 
 
 		 293 aa  293  2e-78  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0138682 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2618  diguanylate cyclase  48.3 
 
 		 295 aa  277  2e-73  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1806  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 291 aa  132  6.999999999999999e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.851232  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1592  GGDEF domain-containing protein  32.03 
 
 		 305 aa  132  1.0000000000000001e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1269  diguanylate cyclase  32.95 
 
 		 287 aa  124  1e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1739  GGDEF domain protein  31.6 
 
 		 308 aa  123  3e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3653  GGDEF  31.37 
 
 		 308 aa  124  3e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.203802  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01390  diguanylate cyclase  29.28 
 
 		 299 aa  121  9.999999999999999e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4787  sensory box putative digualylate cyclase  40.88 
 
 		 292 aa  120  1.9999999999999998e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.243221  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1952  hypothetical protein  37.95 
 
 		 306 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00612967  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23130  sensory box GGDEF domain-containing protein  37.11 
 
 		 307 aa  120  3e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.561543  decreased coverage  0.0000866239 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1163  diguanylate cyclase  35.78 
 
 		 308 aa  119  4.9999999999999996e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1723  response regulator receiver domain-containing protein  36.76 
 
 		 325 aa  119  7e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3492  diguanylate cyclase  40.48 
 
 		 474 aa  118  9e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4084  diguanylate cyclase  31.06 
 
 		 308 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.647137 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1760  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.23 
 
 		 473 aa  118  9.999999999999999e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.554911  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2213  GGDEF domain-containing protein  37.72 
 
 		 641 aa  117  3e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.658691  normal  0.864608 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1842  diguanylate cyclase  37.82 
 
 		 308 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.721538  normal  0.677546 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0689  putative diguanylate cyclase  35.96 
 
 		 306 aa  116  5e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2096  diguanylate cyclase  39.18 
 
 		 368 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1872  diguanylate cyclase  39.77 
 
 		 342 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.97558 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3089  sensory box protein  37.65 
 
 		 858 aa  114  2.0000000000000002e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.168178  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3511  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.96 
 
 		 781 aa  114  2.0000000000000002e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1678  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.46 
 
 		 612 aa  113  3e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.477246 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3437  diguanylate cyclase  34.07 
 
 		 483 aa  113  3e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0184931  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1733  diguanylate cyclase  32.59 
 
 		 464 aa  113  3e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000546701  normal  0.0234559 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0946  sensory box/GGDEF family protein  38.55 
 
 		 842 aa  113  4.0000000000000004e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  35.98 
 
 		 432 aa  113  4.0000000000000004e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0549  diguanylate cyclase  39.49 
 
 		 488 aa  112  8.000000000000001e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0215358  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0838  diguanylate cyclase  38.65 
 
 		 332 aa  112  9e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.569939 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0529  diguanylate cyclase  38.55 
 
 		 614 aa  112  9e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0697  diguanylate cyclase  34.25 
 
 		 482 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000140018  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3325  diguanylate cyclase  36.54 
 
 		 482 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.662914  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2049  GGDEF family protein  39.18 
 
 		 319 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2227  diguanylate cyclase  38.6 
 
 		 342 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0595  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.31 
 
 		 752 aa  110  3e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.87 
 
 		 1264 aa  110  3e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.354443 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1077  sensory box/GGDEF family protein  33.18 
 
 		 808 aa  110  3e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3370  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.79 
 
 		 860 aa  110  3e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.742202  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2931  diguanylate cyclase  37.58 
 
 		 432 aa  110  4.0000000000000004e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0691  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.87 
 
 		 742 aa  109  5e-23  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3424  GGDEF domain-containing protein  37.27 
 
 		 1502 aa  109  5e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2113  extracellular solute-binding protein  38.04 
 
 		 955 aa  109  6e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1895  diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 555 aa  109  6e-23  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4345  diguanylate cyclase  37.65 
 
 		 613 aa  108  7.000000000000001e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.609147  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2716  diguanylate cyclase/phophodiesterase  33.02 
 
 		 778 aa  108  7.000000000000001e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0486  diguanylate cyclase  38.82 
 
 		 738 aa  108  7.000000000000001e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0136  diguanylate cyclase  39.29 
 
 		 1428 aa  108  7.000000000000001e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.78 
 
 		 860 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.711633  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2422  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.1 
 
 		 617 aa  108  8.000000000000001e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.411965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0600  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.24 
 
 		 669 aa  108  8.000000000000001e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2510  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.97 
 
 		 826 aa  108  8.000000000000001e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.825062 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2629  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.38 
 
 		 802 aa  108  9.000000000000001e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.537501  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1617  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.78 
 
 		 860 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  32.1 
 
 		 334 aa  108  1e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0341  sensory box protein  35.98 
 
 		 1515 aa  108  1e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1063  diguanylate cyclase  34.15 
 
 		 366 aa  108  1e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7110  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.23 
 
 		 694 aa  108  1e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0633557 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.01 
 
 		 772 aa  108  1e-22  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1346  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  39.38 
 
 		 947 aa  108  1e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2043  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.12 
 
 		 442 aa  107  2e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0787924  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0841  GGDEF domain-containing protein  36.31 
 
 		 489 aa  107  2e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1985  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.87 
 
 		 639 aa  107  2e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.267533  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0165  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.76 
 
 		 710 aa  107  2e-22  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.683683  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1977  membrane associated GGDEF protein  36.36 
 
 		 583 aa  107  2e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.92 
 
 		 1238 aa  107  2e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.891716  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  38.75 
 
 		 373 aa  107  2e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.98 
 
 		 1505 aa  107  3e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1116  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.58 
 
 		 494 aa  107  3e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.464201 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4812  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  38.32 
 
 		 1423 aa  107  3e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.330918  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6267  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40 
 
 		 693 aa  107  3e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.57074  normal  0.863761 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1483  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.28 
 
 		 335 aa  107  3e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.882912  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1681  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.2 
 
 		 496 aa  107  3e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.650455  unclonable  0.00000301378 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3192  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.14 
 
 		 736 aa  107  3e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.178268  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3633  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.98 
 
 		 1504 aa  107  3e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0311  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.98 
 
 		 1504 aa  107  3e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3395  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.75 
 
 		 834 aa  106  4e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1434  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  36.51 
 
 		 746 aa  106  4e-22  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.895122  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6743  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40 
 
 		 693 aa  106  5e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2656  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.14 
 
 		 696 aa  106  5e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3448  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.14 
 
 		 696 aa  106  5e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2077  diguanylate cyclase  35.23 
 
 		 343 aa  106  5e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.984314  normal  0.163131 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3298  sensory box protein  30.84 
 
 		 1494 aa  105  6e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.217559 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  30.94 
 
 		 736 aa  106  6e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1301  diguanylate cyclase  35.64 
 
 		 331 aa  106  6e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.298458  normal  0.144882 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1806  diguanylate cyclase  40.46 
 
 		 473 aa  106  6e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.782438  hitchhiker  0.00449211 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>