More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_2624 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_2624  diguanylate cyclase  100 
 
 		 296 aa  613  9.999999999999999e-175  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00868311 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2691  diguanylate cyclase  99.32 
 
 		 296 aa  609  1e-173  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000361168 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2798  diguanylate cyclase  94.93 
 
 		 296 aa  589  1e-167  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.400651 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1646  GGDEF family protein  93.24 
 
 		 296 aa  581  1.0000000000000001e-165  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1462  diguanylate cyclase  85.76 
 
 		 296 aa  533  1e-150  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1498  diguanylate cyclase  85.76 
 
 		 296 aa  533  1e-150  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2885  diguanylate cyclase  85.42 
 
 		 296 aa  531  1e-150  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.101841  normal  0.0224227 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1467  diguanylate cyclase  85.42 
 
 		 296 aa  531  1e-150  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1365  diguanylate cyclase  78.28 
 
 		 292 aa  456  1e-127  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2615  GGDEF domain-containing protein  59.79 
 
 		 294 aa  372  1e-102  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1158  GGDEF family protein  57.72 
 
 		 303 aa  355  5e-97  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1292  diguanylate cyclase  54.83 
 
 		 293 aa  349  4e-95  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3144  diguanylate cyclase  56.9 
 
 		 293 aa  340  2e-92  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0138682 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3264  diguanylate cyclase  52.07 
 
 		 293 aa  338  9e-92  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.399065 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2868  diguanylate cyclase  53.1 
 
 		 293 aa  332  3e-90  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.901439  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2618  diguanylate cyclase  50.68 
 
 		 295 aa  290  2e-77  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1592  GGDEF domain-containing protein  28.35 
 
 		 305 aa  131  1.0000000000000001e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1739  GGDEF domain protein  31.8 
 
 		 308 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3653  GGDEF  31.1 
 
 		 308 aa  127  3e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.203802  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1381  GGDEF domain/HD domain-containing protein  39.43 
 
 		 792 aa  124  1e-27  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01390  diguanylate cyclase  30.1 
 
 		 299 aa  124  1e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1723  response regulator receiver domain-containing protein  36.73 
 
 		 325 aa  125  1e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2258  diguanylate cyclase  34.55 
 
 		 353 aa  124  2e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000122425  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1162  GGDEF domain protein  38.33 
 
 		 836 aa  123  3e-27  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.359678  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1191  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.39 
 
 		 841 aa  122  6e-27  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0509  diguanylate cyclase  41.28 
 
 		 498 aa  122  9e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00480754 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1269  diguanylate cyclase  29.85 
 
 		 287 aa  122  9e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1678  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.09 
 
 		 612 aa  120  1.9999999999999998e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.477246 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3603  GGDEF domain-containing protein  39.01 
 
 		 570 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4307  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  39.18 
 
 		 708 aa  121  1.9999999999999998e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0245048  normal  0.0798721 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3583  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.43 
 
 		 322 aa  119  7e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000864033 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1806  diguanylate cyclase  31.07 
 
 		 291 aa  119  7e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.851232  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0136  diguanylate cyclase  40.36 
 
 		 1428 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0716  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.59 
 
 		 801 aa  118  9.999999999999999e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.317239  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0341  sensory box protein  36 
 
 		 1515 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1721  diguanylate cyclase  36.67 
 
 		 483 aa  117  1.9999999999999998e-25  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.176219  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0529  diguanylate cyclase  38.92 
 
 		 614 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  35.84 
 
 		 1508 aa  117  3e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4026  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  35.84 
 
 		 1508 aa  117  3e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1733  diguanylate cyclase  37.33 
 
 		 464 aa  117  3e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000546701  normal  0.0234559 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4052  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  35.84 
 
 		 1508 aa  117  3e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3950  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.84 
 
 		 1508 aa  117  3e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0319  two component diguanylate cyclase  38.29 
 
 		 661 aa  116  5e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3633  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36 
 
 		 1504 aa  116  5e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0549  diguanylate cyclase  37.65 
 
 		 488 aa  116  5e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0215358  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1577  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.46 
 
 		 314 aa  115  6.9999999999999995e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2231  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.96 
 
 		 699 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1387  diguanylate cyclase  37.57 
 
 		 336 aa  115  8.999999999999998e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.617999  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3923  sensory box protein  40.36 
 
 		 297 aa  115  8.999999999999998e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1366  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.41 
 
 		 738 aa  115  8.999999999999998e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  40.51 
 
 		 457 aa  115  8.999999999999998e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4216  diguanylate cyclase  39.41 
 
 		 717 aa  115  1.0000000000000001e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1775  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.61 
 
 		 468 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.410369  normal  0.0147653 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1760  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.78 
 
 		 473 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.554911  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.43 
 
 		 1505 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1301  diguanylate cyclase  39.39 
 
 		 331 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.298458  normal  0.144882 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0744  diguanylate cyclase  37.85 
 
 		 753 aa  115  1.0000000000000001e-24  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.165088  normal  0.416995 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2896  cellulose binding, type IV  37.7 
 
 		 443 aa  115  1.0000000000000001e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00808862 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3648  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.84 
 
 		 1511 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0697  diguanylate cyclase  35.93 
 
 		 482 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000140018  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0311  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.43 
 
 		 1504 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4084  diguanylate cyclase  29.3 
 
 		 308 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.647137 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3437  diguanylate cyclase  35.14 
 
 		 483 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0184931  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2497  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.83 
 
 		 355 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000595067  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3325  diguanylate cyclase  35.93 
 
 		 482 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.662914  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3711  sensory box protein  40.12 
 
 		 503 aa  113  3e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0503901 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1753  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  38.01 
 
 		 1073 aa  113  3e-24  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1355  diguanylate cyclase  37.02 
 
 		 487 aa  114  3e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.133394  normal  0.478971 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2390  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.05 
 
 		 589 aa  113  3e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.844303 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2227  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.76 
 
 		 698 aa  113  3e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.330245  normal  0.58075 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1834  diguanylate cyclase  36.69 
 
 		 525 aa  113  3e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.245567  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23130  sensory box GGDEF domain-containing protein  37.93 
 
 		 307 aa  113  3e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.561543  decreased coverage  0.0000866239 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4812  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  39.16 
 
 		 1423 aa  114  3e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.330918  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1952  hypothetical protein  37.93 
 
 		 306 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00612967  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0691  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.29 
 
 		 742 aa  113  4.0000000000000004e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0162  diguanylate cyclase  37.95 
 
 		 614 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.155295  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5712  diguanylate cyclase  35.29 
 
 		 316 aa  112  5e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.54195  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  38.18 
 
 		 753 aa  112  6e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2057  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  40.36 
 
 		 699 aa  112  6e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1085  diguanylate cyclase  35.98 
 
 		 357 aa  112  6e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0689  putative diguanylate cyclase  27.34 
 
 		 306 aa  112  7.000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3537  GGDEF family protein  38.65 
 
 		 393 aa  112  7.000000000000001e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3492  diguanylate cyclase  33.05 
 
 		 474 aa  112  7.000000000000001e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2700  diguanylate cyclase  39.87 
 
 		 417 aa  112  7.000000000000001e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  41.42 
 
 		 569 aa  112  8.000000000000001e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1842  diguanylate cyclase  38.33 
 
 		 308 aa  112  9e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.721538  normal  0.677546 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1934  hypothetical protein  39.13 
 
 		 634 aa  112  9e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0652  diguanylate cyclase  37.65 
 
 		 280 aa  111  1.0000000000000001e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1844  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.09 
 
 		 356 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0841  GGDEF domain-containing protein  36.71 
 
 		 489 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3414  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 444 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.357666  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0304  response regulator PleD  38.89 
 
 		 458 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0864091  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0500  diguanylate cyclase  36.51 
 
 		 458 aa  111  1.0000000000000001e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1617  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.48 
 
 		 860 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.48 
 
 		 860 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.711633  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1844  diguanylate cyclase  38.6 
 
 		 456 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.674113  normal  0.785076 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1163  diguanylate cyclase  35.67 
 
 		 308 aa  111  1.0000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3190  diguanylate cyclase  42.41 
 
 		 852 aa  110  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.43423  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0202  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.64 
 
 		 1054 aa  111  2.0000000000000002e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0415  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.26 
 
 		 1486 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>