More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_2615 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007954  Sden_2615  GGDEF domain-containing protein  100 
 
 
294 aa  612  9.999999999999999e-175  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1292  diguanylate cyclase  60.69 
 
 
293 aa  380  1e-104  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1646  GGDEF family protein  60.82 
 
 
296 aa  377  1e-103  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2798  diguanylate cyclase  58.7 
 
 
296 aa  371  1e-102  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.400651 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2624  diguanylate cyclase  59.79 
 
 
296 aa  372  1e-102  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00868311 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2885  diguanylate cyclase  59.59 
 
 
296 aa  369  1e-101  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.101841  normal  0.0224227 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1467  diguanylate cyclase  59.59 
 
 
296 aa  368  1e-101  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2691  diguanylate cyclase  59.45 
 
 
296 aa  371  1e-101  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  unclonable  0.0000361168 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1462  diguanylate cyclase  59.25 
 
 
296 aa  367  1e-100  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1498  diguanylate cyclase  59.25 
 
 
296 aa  367  1e-100  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1365  diguanylate cyclase  59.31 
 
 
292 aa  342  5.999999999999999e-93  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3144  diguanylate cyclase  52.58 
 
 
293 aa  317  2e-85  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0138682 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3264  diguanylate cyclase  48.29 
 
 
293 aa  315  5e-85  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.399065 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1158  GGDEF family protein  50.85 
 
 
303 aa  310  2e-83  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2868  diguanylate cyclase  47.78 
 
 
293 aa  301  6.000000000000001e-81  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.901439  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2618  diguanylate cyclase  50.51 
 
 
295 aa  294  1e-78  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1592  GGDEF domain-containing protein  38.62 
 
 
305 aa  134  1.9999999999999998e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01390  diguanylate cyclase  31.44 
 
 
299 aa  127  2.0000000000000002e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1721  diguanylate cyclase  40.57 
 
 
483 aa  126  5e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.176219  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3653  GGDEF  31.73 
 
 
308 aa  125  1e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.203802  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1739  GGDEF domain protein  31.73 
 
 
308 aa  122  6e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6137  diguanylate cyclase  41.51 
 
 
551 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.11555  normal  0.0857113 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3192  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.24 
 
 
736 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.178268  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3125  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.12 
 
 
712 aa  117  3e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0185  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.58 
 
 
1125 aa  116  5e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.161564 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4787  sensory box putative digualylate cyclase  36.48 
 
 
292 aa  115  6e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.243221  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3950  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.75 
 
 
1508 aa  115  6e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4026  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  38.75 
 
 
1508 aa  115  6e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  38.75 
 
 
1508 aa  115  6.9999999999999995e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0697  diguanylate cyclase  39.33 
 
 
482 aa  115  6.9999999999999995e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000140018  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4052  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  38.75 
 
 
1508 aa  115  6.9999999999999995e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0509  diguanylate cyclase  41.14 
 
 
498 aa  115  7.999999999999999e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00480754 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3437  diguanylate cyclase  38.71 
 
 
483 aa  115  8.999999999999998e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0184931  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1269  diguanylate cyclase  31.14 
 
 
287 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3325  diguanylate cyclase  39.33 
 
 
482 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.662914  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1678  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.33 
 
 
612 aa  114  2.0000000000000002e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.477246 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3603  GGDEF domain-containing protein  38.41 
 
 
570 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0247  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.65 
 
 
890 aa  114  2.0000000000000002e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0841  GGDEF domain-containing protein  39.1 
 
 
489 aa  113  3e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3648  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.38 
 
 
1511 aa  114  3e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4084  diguanylate cyclase  30.34 
 
 
308 aa  113  3e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.647137 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1387  diguanylate cyclase  36.14 
 
 
336 aa  113  4.0000000000000004e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.617999  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1834  diguanylate cyclase  40.57 
 
 
525 aa  113  4.0000000000000004e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.245567  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1723  response regulator receiver domain-containing protein  29.96 
 
 
325 aa  113  4.0000000000000004e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6549  diguanylate cyclase  39.62 
 
 
546 aa  112  5e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.530699 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.72 
 
 
772 aa  112  6e-24  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0529  diguanylate cyclase  39.64 
 
 
614 aa  112  7.000000000000001e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0469  diguanylate cyclase  36.41 
 
 
601 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.912167  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1163  diguanylate cyclase  37.43 
 
 
308 aa  112  8.000000000000001e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1301  two component regulator propeller domain protein  36.41 
 
 
1008 aa  112  9e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.503431  normal  0.30236 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1867  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.92 
 
 
710 aa  112  1.0000000000000001e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.559225  normal  0.957058 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0716  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.37 
 
 
801 aa  111  1.0000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.317239  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.12 
 
 
1505 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3045  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.55 
 
 
878 aa  111  1.0000000000000001e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00150219 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  38.1 
 
 
432 aa  111  1.0000000000000001e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4307  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  36.75 
 
 
708 aa  112  1.0000000000000001e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0245048  normal  0.0798721 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3633  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.12 
 
 
1504 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0311  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.12 
 
 
1504 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  37.8 
 
 
457 aa  111  1.0000000000000001e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0341  sensory box protein  38.12 
 
 
1515 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1753  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  35.33 
 
 
1073 aa  111  2.0000000000000002e-23  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3752  diguanylate cyclase  40 
 
 
436 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0090  diguanylate cyclase  35.58 
 
 
420 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.260319  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1297  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.75 
 
 
891 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.112988  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2169  putative GAF sensor protein  42.24 
 
 
812 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0312851 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1476  diguanylate cyclase  35.71 
 
 
414 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.64785  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0510  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.64 
 
 
874 aa  111  2.0000000000000002e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.549541 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.68 
 
 
1264 aa  111  2.0000000000000002e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.354443 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1301  diguanylate cyclase  41.21 
 
 
331 aa  110  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.298458  normal  0.144882 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3642  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.25 
 
 
796 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.127426  normal  0.751556 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0691  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.07 
 
 
742 aa  110  3e-23  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0744  diguanylate cyclase  35.2 
 
 
753 aa  110  3e-23  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.165088  normal  0.416995 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3428  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  37.35 
 
 
1484 aa  110  3e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.978359  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3089  sensory box protein  37.06 
 
 
858 aa  110  3e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.168178  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3975  GGDEF  39.76 
 
 
523 aa  110  3e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.456822  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3448  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.93 
 
 
696 aa  110  3e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1689  diguanylate cyclase  39.77 
 
 
574 aa  110  3e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.557347 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2656  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.93 
 
 
696 aa  110  3e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3445  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40 
 
 
1094 aa  110  4.0000000000000004e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1617  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.86 
 
 
860 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  36.75 
 
 
753 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1842  diguanylate cyclase  35.87 
 
 
308 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.721538  normal  0.677546 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.86 
 
 
860 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.711633  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  40.74 
 
 
334 aa  109  5e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1952  hypothetical protein  29.02 
 
 
306 aa  109  5e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00612967  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2096  diguanylate cyclase  39.26 
 
 
368 aa  109  5e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1733  diguanylate cyclase  35.22 
 
 
464 aa  109  6e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000546701  normal  0.0234559 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1677  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.26 
 
 
512 aa  109  6e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00717505  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3440  diguanylate cyclase  36.93 
 
 
557 aa  109  6e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0125075  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2629  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.64 
 
 
802 aa  109  7.000000000000001e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.537501  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2008  diguanylate cyclase  39.77 
 
 
574 aa  108  7.000000000000001e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1715  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  36.25 
 
 
749 aa  108  8.000000000000001e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2314  sensory box/GGDEF family protein  36.25 
 
 
874 aa  108  8.000000000000001e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000124214  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23130  sensory box GGDEF domain-containing protein  29.02 
 
 
307 aa  108  8.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.561543  decreased coverage  0.0000866239 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2097  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.6 
 
 
800 aa  108  9.000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.115037 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3492  diguanylate cyclase  36.14 
 
 
474 aa  108  9.000000000000001e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1119  diguanylate cyclase  37.8 
 
 
325 aa  108  9.000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.282481  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  38.56 
 
 
620 aa  108  9.000000000000001e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02131  GGDEF domain-containing PAS signal transduction protein  33.5 
 
 
794 aa  108  9.000000000000001e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  38.75 
 
 
962 aa  108  1e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>