More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_1646 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_1646  GGDEF family protein  100 
 
 
296 aa  614  1e-175  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2624  diguanylate cyclase  93.24 
 
 
296 aa  581  1.0000000000000001e-165  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00868311 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2691  diguanylate cyclase  93.24 
 
 
296 aa  581  1.0000000000000001e-165  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  unclonable  0.0000361168 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2798  diguanylate cyclase  92.57 
 
 
296 aa  578  1e-164  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.400651 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1467  diguanylate cyclase  84.75 
 
 
296 aa  531  1e-150  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1462  diguanylate cyclase  85.08 
 
 
296 aa  531  1e-150  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1498  diguanylate cyclase  85.08 
 
 
296 aa  531  1e-150  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2885  diguanylate cyclase  84.75 
 
 
296 aa  530  1e-149  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.101841  normal  0.0224227 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1365  diguanylate cyclase  78.28 
 
 
292 aa  458  9.999999999999999e-129  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2615  GGDEF domain-containing protein  60.82 
 
 
294 aa  377  1e-103  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1292  diguanylate cyclase  55.17 
 
 
293 aa  353  2.9999999999999997e-96  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1158  GGDEF family protein  56.71 
 
 
303 aa  346  2e-94  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3264  diguanylate cyclase  51.72 
 
 
293 aa  338  7e-92  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.399065 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3144  diguanylate cyclase  55.52 
 
 
293 aa  333  2e-90  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0138682 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2868  diguanylate cyclase  51.72 
 
 
293 aa  328  8e-89  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.901439  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2618  diguanylate cyclase  50.17 
 
 
295 aa  289  3e-77  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1592  GGDEF domain-containing protein  29.12 
 
 
305 aa  136  4e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1739  GGDEF domain protein  32.87 
 
 
308 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3653  GGDEF  31.58 
 
 
308 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.203802  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0509  diguanylate cyclase  43.6 
 
 
498 aa  128  1.0000000000000001e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00480754 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2258  diguanylate cyclase  38.95 
 
 
353 aa  125  7e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000122425  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01390  diguanylate cyclase  29.77 
 
 
299 aa  125  9e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1723  response regulator receiver domain-containing protein  35.71 
 
 
325 aa  124  1e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0549  diguanylate cyclase  39.51 
 
 
488 aa  124  2e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0215358  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1381  GGDEF domain/HD domain-containing protein  38.86 
 
 
792 aa  123  3e-27  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1162  GGDEF domain protein  37.78 
 
 
836 aa  122  9e-27  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.359678  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4307  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  39.18 
 
 
708 aa  122  9.999999999999999e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0245048  normal  0.0798721 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1191  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.79 
 
 
841 aa  121  1.9999999999999998e-26  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1678  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.69 
 
 
612 aa  120  1.9999999999999998e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.477246 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0529  diguanylate cyclase  40.12 
 
 
614 aa  119  3.9999999999999996e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1721  diguanylate cyclase  37.22 
 
 
483 aa  119  3.9999999999999996e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.176219  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3603  GGDEF domain-containing protein  39.63 
 
 
570 aa  119  9e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1269  diguanylate cyclase  29.1 
 
 
287 aa  119  9e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0319  two component diguanylate cyclase  38.29 
 
 
661 aa  118  9.999999999999999e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0136  diguanylate cyclase  39.76 
 
 
1428 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1301  diguanylate cyclase  37.65 
 
 
331 aa  118  9.999999999999999e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.298458  normal  0.144882 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1577  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.03 
 
 
314 aa  117  1.9999999999999998e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1355  diguanylate cyclase  36.95 
 
 
487 aa  117  1.9999999999999998e-25  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.133394  normal  0.478971 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0716  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.59 
 
 
801 aa  117  1.9999999999999998e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.317239  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1387  diguanylate cyclase  39.2 
 
 
336 aa  117  3e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.617999  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0689  putative diguanylate cyclase  27.74 
 
 
306 aa  117  3e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0697  diguanylate cyclase  34.59 
 
 
482 aa  116  5e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000140018  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1366  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.82 
 
 
738 aa  116  6e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3325  diguanylate cyclase  34.59 
 
 
482 aa  115  6e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.662914  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3437  diguanylate cyclase  34.59 
 
 
483 aa  115  6e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0184931  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23130  sensory box GGDEF domain-containing protein  37.93 
 
 
307 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.561543  decreased coverage  0.0000866239 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1844  diguanylate cyclase  37.35 
 
 
456 aa  115  7.999999999999999e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.674113  normal  0.785076 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1952  hypothetical protein  37.93 
 
 
306 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00612967  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1806  diguanylate cyclase  30.91 
 
 
291 aa  114  1.0000000000000001e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.851232  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0841  GGDEF domain-containing protein  36.71 
 
 
489 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.05 
 
 
550 aa  114  2.0000000000000002e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0744  diguanylate cyclase  37.29 
 
 
753 aa  114  2.0000000000000002e-24  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.165088  normal  0.416995 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1775  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40 
 
 
468 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.410369  normal  0.0147653 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1834  diguanylate cyclase  36.09 
 
 
525 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.245567  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1760  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.65 
 
 
473 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.554911  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3583  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.87 
 
 
322 aa  114  3e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000864033 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0162  diguanylate cyclase  37.35 
 
 
614 aa  114  3e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.155295  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3975  GGDEF  37.21 
 
 
523 aa  114  3e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.456822  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4084  diguanylate cyclase  28.94 
 
 
308 aa  113  3e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.647137 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3537  GGDEF family protein  39.26 
 
 
393 aa  113  3e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2227  diguanylate cyclase  35.47 
 
 
662 aa  113  3e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.327123  normal  0.115705 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4812  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  38.55 
 
 
1423 aa  113  3e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.330918  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0442  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  31.39 
 
 
1785 aa  113  4.0000000000000004e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0500  diguanylate cyclase  35.45 
 
 
458 aa  113  4.0000000000000004e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0691  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.72 
 
 
742 aa  113  4.0000000000000004e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3711  sensory box protein  38.51 
 
 
503 aa  113  5e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0503901 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  40.51 
 
 
457 aa  113  5e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2227  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.76 
 
 
698 aa  113  5e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.330245  normal  0.58075 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  39.13 
 
 
753 aa  112  6e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1753  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  37.43 
 
 
1073 aa  112  6e-24  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  37.66 
 
 
432 aa  112  7.000000000000001e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4589  diguanylate cyclase  37.34 
 
 
409 aa  112  7.000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.365756  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0652  diguanylate cyclase  37.65 
 
 
280 aa  112  7.000000000000001e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.47 
 
 
353 aa  112  7.000000000000001e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2896  cellulose binding, type IV  36.61 
 
 
443 aa  112  8.000000000000001e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00808862 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4216  diguanylate cyclase  38.82 
 
 
717 aa  112  8.000000000000001e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2057  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  40.36 
 
 
699 aa  112  9e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2231  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.25 
 
 
699 aa  112  9e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2700  diguanylate cyclase  37.34 
 
 
417 aa  112  9e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0486  diguanylate cyclase  39.39 
 
 
738 aa  112  9e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3082  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.97 
 
 
517 aa  111  1.0000000000000001e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.720655  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  37.5 
 
 
334 aa  111  1.0000000000000001e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1139  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.38 
 
 
883 aa  112  1.0000000000000001e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  decreased coverage  0.00209756  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1609  multisensor diguanylate cyclase/phophodiesterase  35.84 
 
 
944 aa  112  1.0000000000000001e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.954205  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1842  diguanylate cyclase  39.31 
 
 
308 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.721538  normal  0.677546 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2370  diguanylate cyclase  33.33 
 
 
342 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.257282  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1063  diguanylate cyclase  39.16 
 
 
366 aa  111  1.0000000000000001e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0495  diguanylate cyclase  37.2 
 
 
574 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.355875  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44470  transmembrane sensor cyclic di-GMP signal transduction protein  35.22 
 
 
513 aa  112  1.0000000000000001e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3523  diguanylate cyclase  37.43 
 
 
452 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.101344 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000814  hypothetical protein  32.16 
 
 
402 aa  112  1.0000000000000001e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2092  diguanylate cyclase  33.33 
 
 
342 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0157551  normal  0.671157 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3492  diguanylate cyclase  32.62 
 
 
474 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0341  sensory box protein  34.86 
 
 
1515 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0058  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.36 
 
 
783 aa  111  2.0000000000000002e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.218721 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1171  diguanylate cyclase  35.67 
 
 
674 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  37.75 
 
 
620 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1920  diguanylate cyclase  39.49 
 
 
893 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  34.68 
 
 
1508 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2931  diguanylate cyclase  38.31 
 
 
432 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>