More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2618 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_2618  diguanylate cyclase  100 
 
 		 295 aa  611  9.999999999999999e-175  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3264  diguanylate cyclase  54.58 
 
 		 293 aa  354  7.999999999999999e-97  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.399065 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3144  diguanylate cyclase  56.95 
 
 		 293 aa  331  8e-90  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0138682 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1467  diguanylate cyclase  53.56 
 
 		 296 aa  322  5e-87  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2885  diguanylate cyclase  53.56 
 
 		 296 aa  321  8e-87  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.101841  normal  0.0224227 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1498  diguanylate cyclase  53.22 
 
 		 296 aa  320  1.9999999999999998e-86  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1462  diguanylate cyclase  53.22 
 
 		 296 aa  320  1.9999999999999998e-86  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2868  diguanylate cyclase  51.53 
 
 		 293 aa  311  5.999999999999999e-84  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.901439  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2691  diguanylate cyclase  50.68 
 
 		 296 aa  309  4e-83  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000361168 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2624  diguanylate cyclase  50.85 
 
 		 296 aa  308  9e-83  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00868311 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1646  GGDEF family protein  50.17 
 
 		 296 aa  306  3e-82  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2615  GGDEF domain-containing protein  50.51 
 
 		 294 aa  304  1.0000000000000001e-81  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2798  diguanylate cyclase  50 
 
 		 296 aa  301  6.000000000000001e-81  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.400651 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1158  GGDEF family protein  50 
 
 		 303 aa  300  2e-80  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1292  diguanylate cyclase  48.3 
 
 		 293 aa  294  1e-78  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1365  diguanylate cyclase  52.2 
 
 		 292 aa  284  1.0000000000000001e-75  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01390  diguanylate cyclase  32.11 
 
 		 299 aa  149  7e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1592  GGDEF domain-containing protein  32.03 
 
 		 305 aa  142  6e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1163  diguanylate cyclase  41.52 
 
 		 308 aa  130  3e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1269  diguanylate cyclase  33.19 
 
 		 287 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1191  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.46 
 
 		 841 aa  127  3e-28  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2370  diguanylate cyclase  42.6 
 
 		 342 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.257282  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2092  diguanylate cyclase  42.6 
 
 		 342 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0157551  normal  0.671157 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2104  diguanylate cyclase  42.6 
 
 		 342 aa  125  7e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1162  GGDEF domain protein  40.96 
 
 		 836 aa  125  7e-28  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.359678  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2253  diguanylate cyclase  42.6 
 
 		 342 aa  125  7e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0242555  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1806  diguanylate cyclase  31.36 
 
 		 291 aa  124  1e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.851232  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4787  sensory box putative digualylate cyclase  35.62 
 
 		 292 aa  124  2e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.243221  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  44.03 
 
 		 373 aa  124  2e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1381  GGDEF domain/HD domain-containing protein  40.96 
 
 		 792 aa  123  4e-27  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1739  GGDEF domain protein  31.36 
 
 		 308 aa  122  5e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2096  diguanylate cyclase  41.42 
 
 		 368 aa  122  5e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2213  GGDEF domain-containing protein  43.45 
 
 		 641 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.658691  normal  0.864608 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3653  GGDEF  29.93 
 
 		 308 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.203802  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0716  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.98 
 
 		 801 aa  120  1.9999999999999998e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.317239  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2096  diguanylate cyclase  40.51 
 
 		 584 aa  120  1.9999999999999998e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  37.24 
 
 		 316 aa  120  1.9999999999999998e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1872  diguanylate cyclase  43.9 
 
 		 342 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.97558 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0469  diguanylate cyclase  36.59 
 
 		 601 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.912167  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1369  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.68 
 
 		 302 aa  121  1.9999999999999998e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.975059  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2227  diguanylate cyclase  41.76 
 
 		 342 aa  120  3e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0507  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.24 
 
 		 557 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1842  diguanylate cyclase  40.11 
 
 		 308 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.721538  normal  0.677546 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2049  GGDEF family protein  41.76 
 
 		 319 aa  119  6e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4084  diguanylate cyclase  30.35 
 
 		 308 aa  119  9e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.647137 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1170  hypothetical protein  39.41 
 
 		 768 aa  118  9.999999999999999e-26  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1176  hypothetical protein  39.41 
 
 		 768 aa  118  9.999999999999999e-26  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1355  diguanylate cyclase  36.5 
 
 		 487 aa  118  9.999999999999999e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.133394  normal  0.478971 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1837  diguanylate cyclase  35.38 
 
 		 544 aa  117  1.9999999999999998e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.980403  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3045  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.24 
 
 		 878 aa  117  1.9999999999999998e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00150219 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1357  diguanylate cyclase  43.71 
 
 		 508 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.255633 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3125  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.96 
 
 		 712 aa  117  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1952  hypothetical protein  33.47 
 
 		 306 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00612967  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1733  diguanylate cyclase  38.75 
 
 		 464 aa  117  1.9999999999999998e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000546701  normal  0.0234559 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  40.61 
 
 		 722 aa  117  3e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3902  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.48 
 
 		 990 aa  117  3e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1723  response regulator receiver domain-containing protein  32.99 
 
 		 325 aa  116  3e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3115  diguanylate cyclase  40.38 
 
 		 354 aa  117  3e-25  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.276087 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1329  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 565 aa  116  3.9999999999999997e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1116  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.01 
 
 		 494 aa  116  3.9999999999999997e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.464201 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.4 
 
 		 860 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.711633  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23130  sensory box GGDEF domain-containing protein  33.47 
 
 		 307 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.561543  decreased coverage  0.0000866239 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1301  diguanylate cyclase  42.68 
 
 		 331 aa  116  5e-25  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.298458  normal  0.144882 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1678  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.61 
 
 		 612 aa  116  5e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.477246 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3448  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.31 
 
 		 696 aa  116  5e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2656  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.31 
 
 		 696 aa  116  5e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3140  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.05 
 
 		 754 aa  116  5e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2097  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.24 
 
 		 800 aa  115  6e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.115037 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3414  diguanylate cyclase  42.17 
 
 		 444 aa  115  6e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.357666  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1617  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.4 
 
 		 860 aa  115  6e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  38.51 
 
 		 736 aa  115  6.9999999999999995e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1694  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  41.51 
 
 		 1087 aa  115  6.9999999999999995e-25  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3642  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.24 
 
 		 796 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.127426  normal  0.751556 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1760  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.51 
 
 		 473 aa  115  7.999999999999999e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.554911  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0509  diguanylate cyclase  39.41 
 
 		 498 aa  115  8.999999999999998e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00480754 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  34.66 
 
 		 620 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3581  GGDEF domain-containing protein  42.26 
 
 		 312 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.33 
 
 		 994 aa  114  2.0000000000000002e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1752  diguanylate cyclase  32.29 
 
 		 718 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.972307  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0442  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  40 
 
 		 1785 aa  113  3e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1609  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.61 
 
 		 796 aa  113  3e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.248445 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.94 
 
 		 353 aa  113  3e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0619  response regulator receiver protein  39.88 
 
 		 378 aa  114  3e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.171629 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1878  GGDEF domain-containing protein  38.32 
 
 		 339 aa  114  3e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4714  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  36.36 
 
 		 684 aa  113  4.0000000000000004e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0185  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.13 
 
 		 1125 aa  113  4.0000000000000004e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.161564 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.63 
 
 		 730 aa  113  5e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  38.33 
 
 		 753 aa  112  5e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3424  GGDEF domain-containing protein  37.5 
 
 		 1502 aa  112  5e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3975  GGDEF  40.96 
 
 		 523 aa  112  6e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.456822  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.27 
 
 		 1505 aa  112  6e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1834  diguanylate cyclase  37.43 
 
 		 525 aa  112  6e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.245567  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3633  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.27 
 
 		 1504 aa  112  6e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0311  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.27 
 
 		 1504 aa  112  6e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1782  diguanylate cyclase  37.58 
 
 		 629 aa  112  7.000000000000001e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0319  diguanylate cyclase  38.92 
 
 		 732 aa  112  7.000000000000001e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1346  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  38.12 
 
 		 947 aa  112  8.000000000000001e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0341  sensory box protein  36.88 
 
 		 1515 aa  112  8.000000000000001e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1612  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.72 
 
 		 537 aa  112  8.000000000000001e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0369823  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2709  two component signal transduction response regulator  35.03 
 
 		 429 aa  112  8.000000000000001e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>