More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1269 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_1269  diguanylate cyclase  100 
 
 		 287 aa  600  1e-170  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01390  diguanylate cyclase  39.32 
 
 		 299 aa  188  1e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2868  diguanylate cyclase  35.53 
 
 		 293 aa  142  7e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.901439  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1592  GGDEF domain-containing protein  30.42 
 
 		 305 aa  140  1.9999999999999998e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1467  diguanylate cyclase  30.39 
 
 		 296 aa  132  6e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2885  diguanylate cyclase  30.39 
 
 		 296 aa  132  6.999999999999999e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.101841  normal  0.0224227 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3653  GGDEF  33.2 
 
 		 308 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.203802  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1158  GGDEF family protein  31.99 
 
 		 303 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1462  diguanylate cyclase  30.04 
 
 		 296 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1498  diguanylate cyclase  30.04 
 
 		 296 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1292  diguanylate cyclase  32.95 
 
 		 293 aa  124  1e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1739  GGDEF domain protein  31.89 
 
 		 308 aa  125  1e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3264  diguanylate cyclase  27.11 
 
 		 293 aa  124  2e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.399065 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3330  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 556 aa  123  4e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.702874 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2624  diguanylate cyclase  29.85 
 
 		 296 aa  122  9e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00868311 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1336  diguanylate cyclase  40.51 
 
 		 495 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.474489  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4084  diguanylate cyclase  30.04 
 
 		 308 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.647137 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2691  diguanylate cyclase  29.48 
 
 		 296 aa  120  3e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000361168 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2798  diguanylate cyclase  29.85 
 
 		 296 aa  120  3e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.400651 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3975  GGDEF  42.5 
 
 		 523 aa  119  3.9999999999999996e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.456822  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1646  GGDEF family protein  29.1 
 
 		 296 aa  119  7.999999999999999e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2185  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 941 aa  117  3e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.260855  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.77 
 
 		 768 aa  117  3e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  36.18 
 
 		 227 aa  117  3e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0689  putative diguanylate cyclase  29.39 
 
 		 306 aa  116  3.9999999999999997e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1304  diguanylate cyclase  39.86 
 
 		 559 aa  115  6e-25  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1952  hypothetical protein  31.43 
 
 		 306 aa  115  8.999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00612967  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1844  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 456 aa  115  8.999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.674113  normal  0.785076 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3144  diguanylate cyclase  29.71 
 
 		 293 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0138682 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1723  response regulator receiver domain-containing protein  30.68 
 
 		 325 aa  115  1.0000000000000001e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2615  GGDEF domain-containing protein  31.14 
 
 		 294 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1842  diguanylate cyclase  29.84 
 
 		 308 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.721538  normal  0.677546 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23130  sensory box GGDEF domain-containing protein  31.43 
 
 		 307 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.561543  decreased coverage  0.0000866239 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2618  diguanylate cyclase  33.19 
 
 		 295 aa  113  3e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12380  diguanylate cyclase  32.37 
 
 		 499 aa  114  3e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00534046  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1295  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.68 
 
 		 568 aa  114  3e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00252669 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53310  hypothetical protein  38.96 
 
 		 681 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.615657 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3344  signal transduction protein  39.89 
 
 		 1055 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2448  sensory box protein  43.14 
 
 		 1036 aa  112  5e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2147  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.47 
 
 		 410 aa  113  5e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3626  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.88 
 
 		 840 aa  113  5e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4673  hypothetical protein  38.96 
 
 		 651 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1870  GGDEF domain-containing protein  33.15 
 
 		 342 aa  112  9e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.8 
 
 		 353 aa  111  1.0000000000000001e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3961  diguanylate cyclase  38.12 
 
 		 340 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.042208 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3395  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.13 
 
 		 834 aa  110  2.0000000000000002e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3606  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.51 
 
 		 757 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1365  diguanylate cyclase  31.1 
 
 		 292 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40 
 
 		 689 aa  110  3e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.528175  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1953  diguanylate cyclase  32.69 
 
 		 454 aa  110  3e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.363504  normal  0.99023 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0407  GGDEF domain-containing protein  43.31 
 
 		 873 aa  110  3e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0669941  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3774  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.62 
 
 		 1487 aa  110  3e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.293426  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1329  diguanylate cyclase  36.65 
 
 		 565 aa  110  4.0000000000000004e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1694  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  36.42 
 
 		 1087 aa  110  4.0000000000000004e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2508  diguanylate cyclase  38.85 
 
 		 387 aa  110  4.0000000000000004e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.844584 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7217  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.56 
 
 		 980 aa  109  5e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.249898  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1934  hypothetical protein  32.26 
 
 		 634 aa  109  5e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1228  diguanylate cyclase  35.59 
 
 		 490 aa  109  5e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2096  diguanylate cyclase  36.2 
 
 		 368 aa  109  5e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3448  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.25 
 
 		 696 aa  109  5e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3005  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.9 
 
 		 303 aa  109  5e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000288968 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2656  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.25 
 
 		 696 aa  109  5e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.37 
 
 		 840 aa  109  6e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0500157  hitchhiker  7.41843e-16 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2037  diguanylate cyclase  39.87 
 
 		 928 aa  109  7.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2213  GGDEF domain-containing protein  39.87 
 
 		 641 aa  108  7.000000000000001e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.658691  normal  0.864608 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6286  GGDEF domain-containing protein  36.36 
 
 		 668 aa  108  8.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2737  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.12 
 
 		 951 aa  108  8.000000000000001e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000925868 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0185  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.19 
 
 		 1125 aa  108  8.000000000000001e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.161564 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2356  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.61 
 
 		 319 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.10775 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2039  diguanylate cyclase with extracellular sensor  39.87 
 
 		 912 aa  108  9.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0269682  hitchhiker  0.000000244551 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2227  diguanylate cyclase  37.42 
 
 		 342 aa  108  1e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1434  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  28.68 
 
 		 746 aa  108  1e-22  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.895122  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3052  GGDEF  39.52 
 
 		 523 aa  108  1e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.927179  normal  0.0159246 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1323  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  31.27 
 
 		 449 aa  108  1e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3604  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.88 
 
 		 498 aa  108  1e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.352008 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2424  diguanylate cyclase  39.87 
 
 		 928 aa  108  1e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00236557  normal  0.130217 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2510  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.09 
 
 		 826 aa  108  1e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.825062 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3475  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.99 
 
 		 571 aa  108  1e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.100102  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3406  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  41.88 
 
 		 493 aa  108  1e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2577  GGDEF domain-containing protein  39.77 
 
 		 1047 aa  108  1e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1867  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  41.14 
 
 		 926 aa  108  1e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.233383  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3481  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.88 
 
 		 488 aa  108  1e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2703  diguanylate cyclase  37.2 
 
 		 339 aa  108  1e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.863974  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0881  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.88 
 
 		 498 aa  108  1e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  35 
 
 		 308 aa  107  2e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1872  diguanylate cyclase  37.42 
 
 		 342 aa  107  2e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.97558 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4670  GGDEF domain-containing protein  41.29 
 
 		 423 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.406009 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0588  hypothetical protein  38.99 
 
 		 903 aa  107  2e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2049  GGDEF family protein  36.81 
 
 		 319 aa  107  2e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3160  diguanylate cyclase  37.97 
 
 		 452 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.413104  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1593  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40 
 
 		 706 aa  107  2e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01667  sensory box/GGDEF domain protein  33.96 
 
 		 304 aa  107  2e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.753306  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3579  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.03 
 
 		 1107 aa  107  2e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.269581  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2972  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.25 
 
 		 761 aa  107  2e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.542463  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  35.29 
 
 		 362 aa  107  2e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2227  diguanylate cyclase  32.39 
 
 		 662 aa  107  2e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.327123  normal  0.115705 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2546  diguanylate cyclase  37.97 
 
 		 452 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.192419  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1897  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 937 aa  107  3e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0415273 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2937  signal transduction protein  40.38 
 
 		 1141 aa  107  3e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000239358  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2308  diguanylate cyclase  39.24 
 
 		 928 aa  106  3e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00466975  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>