More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3144 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3144  diguanylate cyclase  100 
 
 		 293 aa  610  9.999999999999999e-175  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0138682 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3264  diguanylate cyclase  72.51 
 
 		 293 aa  455  1e-127  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.399065 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2868  diguanylate cyclase  57.24 
 
 		 293 aa  357  9.999999999999999e-98  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.901439  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2624  diguanylate cyclase  56.9 
 
 		 296 aa  356  1.9999999999999998e-97  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00868311 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2691  diguanylate cyclase  56.9 
 
 		 296 aa  355  3.9999999999999996e-97  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000361168 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1467  diguanylate cyclase  56.55 
 
 		 296 aa  355  6.999999999999999e-97  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2885  diguanylate cyclase  56.21 
 
 		 296 aa  353  2.9999999999999997e-96  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.101841  normal  0.0224227 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1498  diguanylate cyclase  55.86 
 
 		 296 aa  351  8.999999999999999e-96  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1462  diguanylate cyclase  55.86 
 
 		 296 aa  351  8.999999999999999e-96  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1646  GGDEF family protein  55.52 
 
 		 296 aa  350  2e-95  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2798  diguanylate cyclase  55.86 
 
 		 296 aa  349  4e-95  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.400651 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2618  diguanylate cyclase  56.95 
 
 		 295 aa  334  7.999999999999999e-91  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2615  GGDEF domain-containing protein  52.58 
 
 		 294 aa  332  5e-90  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1158  GGDEF family protein  53.56 
 
 		 303 aa  331  7.000000000000001e-90  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1365  diguanylate cyclase  54.48 
 
 		 292 aa  315  5e-85  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1292  diguanylate cyclase  49.66 
 
 		 293 aa  308  1.0000000000000001e-82  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1739  GGDEF domain protein  33.71 
 
 		 308 aa  134  3e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3653  GGDEF  33.08 
 
 		 308 aa  133  3e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.203802  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1163  diguanylate cyclase  30.74 
 
 		 308 aa  134  3e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1592  GGDEF domain-containing protein  30.86 
 
 		 305 aa  130  2.0000000000000002e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1269  diguanylate cyclase  29.71 
 
 		 287 aa  129  6e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01390  diguanylate cyclase  29.73 
 
 		 299 aa  127  3e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  42.68 
 
 		 432 aa  125  7e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4084  diguanylate cyclase  30.45 
 
 		 308 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.647137 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.38 
 
 		 353 aa  120  3e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1162  GGDEF domain protein  40 
 
 		 836 aa  120  3e-26  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.359678  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1842  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 308 aa  119  6e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.721538  normal  0.677546 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1806  diguanylate cyclase  31.11 
 
 		 291 aa  119  7e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.851232  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1834  diguanylate cyclase  40.53 
 
 		 525 aa  119  7e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.245567  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1191  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.39 
 
 		 841 aa  119  7.999999999999999e-26  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2709  two component signal transduction response regulator  33.33 
 
 		 429 aa  118  9.999999999999999e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2097  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.16 
 
 		 800 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.115037 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1752  diguanylate cyclase  35.42 
 
 		 718 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.972307  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4787  sensory box putative digualylate cyclase  36.08 
 
 		 292 aa  117  1.9999999999999998e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.243221  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3642  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.16 
 
 		 796 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.127426  normal  0.751556 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1369  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.4 
 
 		 302 aa  117  3e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.975059  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0690  diguanylate cyclase  35.29 
 
 		 471 aa  117  3e-25  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1753  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  37.5 
 
 		 1073 aa  117  3e-25  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0509  diguanylate cyclase  36.65 
 
 		 498 aa  117  3e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00480754 
 
 
-
 
NC_002936  DET1381  GGDEF domain/HD domain-containing protein  38.79 
 
 		 792 aa  116  3.9999999999999997e-25  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0064  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.13 
 
 		 803 aa  116  3.9999999999999997e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.59154e-21 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2931  diguanylate cyclase  41.4 
 
 		 432 aa  116  3.9999999999999997e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1387  diguanylate cyclase  39.41 
 
 		 336 aa  116  5e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.617999  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2213  GGDEF domain-containing protein  38.79 
 
 		 641 aa  115  6.9999999999999995e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.658691  normal  0.864608 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1723  response regulator receiver domain-containing protein  33.83 
 
 		 325 aa  115  8.999999999999998e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2508  diguanylate cyclase  36.13 
 
 		 387 aa  115  1.0000000000000001e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.844584 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  33.03 
 
 		 373 aa  115  1.0000000000000001e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1895  diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 555 aa  115  1.0000000000000001e-24  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4216  diguanylate cyclase  36.16 
 
 		 717 aa  114  2.0000000000000002e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4245  GGDEF domain-containing protein  34.94 
 
 		 477 aa  114  2.0000000000000002e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3327  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.57 
 
 		 693 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.166514  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3125  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.11 
 
 		 712 aa  114  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  41.14 
 
 		 227 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.92 
 
 		 1238 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.891716  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2258  diguanylate cyclase  34.97 
 
 		 353 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000122425  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1616  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.75 
 
 		 796 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000405684 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0469  diguanylate cyclase  37.28 
 
 		 601 aa  113  3e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.912167  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3542  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.07 
 
 		 590 aa  114  3e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1357  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 508 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.255633 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1678  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.1 
 
 		 612 aa  113  4.0000000000000004e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.477246 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1609  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.79 
 
 		 796 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.248445 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1156  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.35 
 
 		 469 aa  113  5e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0136  diguanylate cyclase  41.52 
 
 		 1428 aa  112  6e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2367  diguanylate cyclase  36.75 
 
 		 923 aa  112  7.000000000000001e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.457753  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  42.21 
 
 		 418 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0408  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.62 
 
 		 862 aa  112  8.000000000000001e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3780  diguanylate cyclase  39.24 
 
 		 361 aa  112  8.000000000000001e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2463  diguanylate cyclase  35.68 
 
 		 637 aa  112  8.000000000000001e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.244329  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1483  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.58 
 
 		 335 aa  112  1.0000000000000001e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.882912  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  41.56 
 
 		 425 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1952  hypothetical protein  34.17 
 
 		 306 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00612967  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4820  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.61 
 
 		 568 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.179735  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1789  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.22 
 
 		 794 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.993763  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4812  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  40.94 
 
 		 1423 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.330918  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6286  GGDEF domain-containing protein  38.46 
 
 		 668 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5146  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.18 
 
 		 892 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0486  diguanylate cyclase  40 
 
 		 738 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1844  diguanylate cyclase  39.22 
 
 		 456 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.674113  normal  0.785076 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2239  diguanylate cyclase  33.16 
 
 		 387 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2081  diguanylate cyclase  37.89 
 
 		 937 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0379355  normal  0.0338945 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23130  sensory box GGDEF domain-containing protein  34.17 
 
 		 307 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.561543  decreased coverage  0.0000866239 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2390  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.27 
 
 		 589 aa  111  2.0000000000000002e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.844303 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 696 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  38.04 
 
 		 753 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1934  diguanylate cyclase  34.16 
 
 		 937 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0766434  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.05 
 
 		 550 aa  110  2.0000000000000002e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1897  diguanylate cyclase  37.27 
 
 		 937 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0415273 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0495  diguanylate cyclase  36.69 
 
 		 574 aa  110  3e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.355875  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0162  diguanylate cyclase  38.71 
 
 		 614 aa  110  3e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.155295  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1301  diguanylate cyclase  39.76 
 
 		 331 aa  110  3e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.298458  normal  0.144882 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0081  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.89 
 
 		 804 aa  110  3e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0825  diguanylate cyclase  30.68 
 
 		 594 aa  110  3e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1952  diguanylate cyclase  37.27 
 
 		 937 aa  110  3e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.105215  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  36.95 
 
 		 464 aa  110  3e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.06 
 
 		 610 aa  110  3e-23  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  40.11 
 
 		 493 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  39.55 
 
 		 493 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0691  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.5 
 
 		 742 aa  110  4.0000000000000004e-23  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6003  diguanylate cyclase  33.16 
 
 		 371 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.753958  normal  0.321238 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2629  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.29 
 
 		 821 aa  110  4.0000000000000004e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000585262  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>