More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_1301 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008751  Dvul_1301  diguanylate cyclase  100 
 
 		 331 aa  682    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.298458  normal  0.144882 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0556  diguanylate cyclase  51.5 
 
 		 314 aa  271  2e-71  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000303867 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1801  diguanylate cyclase  52.23 
 
 		 157 aa  172  6.999999999999999e-42  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000390358  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0652  diguanylate cyclase  38.64 
 
 		 280 aa  169  5e-41  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0452  sensory box protein  43.33 
 
 		 451 aa  144  2e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2951  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.66 
 
 		 306 aa  143  4e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.71 
 
 		 306 aa  140  3.9999999999999997e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  48.57 
 
 		 309 aa  139  6e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.95 
 
 		 424 aa  139  7.999999999999999e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72420  GGDEF domain-containing protein  38.77 
 
 		 671 aa  138  2e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0411466  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  43.81 
 
 		 418 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08240  GGDEF domain protein  43.78 
 
 		 448 aa  136  4e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1595  response regulator receiver domain-containing protein  37.75 
 
 		 234 aa  135  8e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000347977  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  43.85 
 
 		 425 aa  135  9e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1811  diguanylate cyclase  41.34 
 
 		 1037 aa  135  9.999999999999999e-31  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.688838  normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0766  diguanylate cyclase  46.91 
 
 		 501 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  46.49 
 
 		 753 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  48.5 
 
 		 736 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0094  diguanylate cyclase  42.61 
 
 		 451 aa  133  3e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6286  GGDEF domain-containing protein  38.33 
 
 		 668 aa  133  3e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37 
 
 		 454 aa  134  3e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2313  response regulator  47.37 
 
 		 301 aa  133  3.9999999999999996e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.483613  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2281  GGDEF  43.32 
 
 		 555 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000303682  normal  0.0271008 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.2 
 
 		 301 aa  133  3.9999999999999996e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3625  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.78 
 
 		 322 aa  133  5e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3557  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.78 
 
 		 322 aa  133  5e-30  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.457648  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4535  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.51 
 
 		 345 aa  133  5e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0387275  normal  0.636684 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3473  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.32 
 
 		 351 aa  133  5e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0304  response regulator PleD  40.12 
 
 		 458 aa  132  6e-30  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0864091  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0319  diguanylate cyclase  47.93 
 
 		 732 aa  132  6.999999999999999e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0119  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.38 
 
 		 324 aa  132  7.999999999999999e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.969085  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4041  diguanylate cyclase  39.81 
 
 		 282 aa  131  1.0000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0649407 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1171  diguanylate cyclase  42.7 
 
 		 674 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0773  response regulator PleD  40.74 
 
 		 458 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2495  diguanylate cyclase  41.99 
 
 		 422 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0175  diguanylate cyclase  40.74 
 
 		 516 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  38.74 
 
 		 320 aa  130  2.0000000000000002e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1355  diguanylate cyclase  43.02 
 
 		 487 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.133394  normal  0.478971 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  39.44 
 
 		 722 aa  130  3e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2699  diguanylate cyclase  42.71 
 
 		 251 aa  130  3e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1927  diguanylate cyclase  40.4 
 
 		 253 aa  130  3e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.949533 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2492  diguanylate cyclase  40.83 
 
 		 474 aa  130  3e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.379327 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1305  diguanylate cyclase  38.58 
 
 		 256 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0690  diguanylate cyclase  39.2 
 
 		 471 aa  130  4.0000000000000003e-29  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1309  GGDEF  43.79 
 
 		 334 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00365402 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2045  diguanylate cyclase  45.28 
 
 		 243 aa  129  5.0000000000000004e-29  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  43.18 
 
 		 308 aa  129  6e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2591  GGDEF domain protein  42.78 
 
 		 528 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.200767  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.3 
 
 		 310 aa  129  7.000000000000001e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0411  PAS:GGDEF  39.7 
 
 		 317 aa  129  8.000000000000001e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.320308 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2021  diguanylate cyclase  43.26 
 
 		 381 aa  129  8.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3546  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.54 
 
 		 438 aa  129  9.000000000000001e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0176083 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0600  response regulator receiver protein  43.21 
 
 		 301 aa  129  9.000000000000001e-29  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  40.78 
 
 		 696 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6727  diguanylate cyclase  42.05 
 
 		 467 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.33 
 
 		 1078 aa  128  1.0000000000000001e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1369  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.24 
 
 		 302 aa  128  1.0000000000000001e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.975059  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1499  response regulator/GGDEF domain protein  44.38 
 
 		 334 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  37.36 
 
 		 486 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02325  GGDEF domain protein  39.88 
 
 		 949 aa  128  2.0000000000000002e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  37.98 
 
 		 347 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2999  diguanylate cyclase  41.14 
 
 		 548 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2207  diguanylate cyclase  46.51 
 
 		 735 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  37.36 
 
 		 486 aa  127  3e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  37.36 
 
 		 486 aa  127  3e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3800  diguanylate cyclase  41.92 
 
 		 553 aa  127  3e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2297  sensor histidine kinase/GGDEF domain-containing protein  44.63 
 
 		 422 aa  127  3e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0280  diguanylate cyclase  37.36 
 
 		 486 aa  127  3e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2240  diguanylate cyclase  45.88 
 
 		 758 aa  127  3e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.365812 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  47.24 
 
 		 565 aa  127  3e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1436  two-component response regulator  37.98 
 
 		 327 aa  127  3e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.462819  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1789  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.33 
 
 		 794 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.993763  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  41.57 
 
 		 316 aa  126  4.0000000000000003e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  39.57 
 
 		 625 aa  126  5e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2597  diguanylate cyclase  44.39 
 
 		 506 aa  126  6e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.938839 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0785  diguanylate cyclase with GAF sensor  46.5 
 
 		 367 aa  126  6e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2249  response regulator/GGDEF domain-containing protein  41.81 
 
 		 400 aa  126  6e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0162  diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 614 aa  126  6e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.155295  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2596  diguanylate cyclase  38.22 
 
 		 343 aa  126  6e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3559  diguanylate cyclase  39.57 
 
 		 625 aa  126  6e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0397  diguanylate cyclase  39.57 
 
 		 625 aa  126  6e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1521  diguanylate cyclase  41.62 
 
 		 237 aa  126  6e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281404  normal  0.309888 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0413  diguanylate cyclase  31.76 
 
 		 342 aa  125  8.000000000000001e-28  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 227 aa  125  8.000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1154  sensory box protein  37.36 
 
 		 340 aa  125  9e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  39.89 
 
 		 548 aa  125  9e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3016  GGDEF domain-containing protein  46.2 
 
 		 385 aa  125  9e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0864603  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0157  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.46 
 
 		 917 aa  125  9e-28  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2371  diguanylate cyclase  43.53 
 
 		 294 aa  125  9e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.171648  normal  0.191081 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  42.29 
 
 		 583 aa  125  9e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  45.24 
 
 		 321 aa  125  1e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0604  diguanylate cyclase  41.5 
 
 		 291 aa  125  1e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.436873  normal  0.310553 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1227  diguanylate cyclase  44.64 
 
 		 554 aa  125  1e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.594022  normal  0.072002 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0470  GGDEF  40.57 
 
 		 412 aa  125  1e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.606028 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2276  diguanylate cyclase  39.05 
 
 		 257 aa  125  1e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.40422  normal  0.360858 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3583  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.15 
 
 		 322 aa  125  1e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000864033 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1598  diguanylate cyclase  39.05 
 
 		 257 aa  125  1e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3102  GGDEF domain-containing protein  46.54 
 
 		 580 aa  125  1e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  44.57 
 
 		 555 aa  125  1e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1301  two component regulator propeller domain protein  44.19 
 
 		 1008 aa  125  1e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.503431  normal  0.30236 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>