More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_3016 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_3016  GGDEF domain-containing protein  100 
 
 		 385 aa  793    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0864603  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4161  diguanylate cyclase  41.28 
 
 		 366 aa  283  4.0000000000000003e-75  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.61051  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4589  diguanylate cyclase  41 
 
 		 409 aa  129  1.0000000000000001e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.365756  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2523  diguanylate cyclase  36.91 
 
 		 587 aa  129  1.0000000000000001e-28  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1194  diguanylate cyclase  46.86 
 
 		 471 aa  127  3e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.361877  normal  0.129887 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1211  diguanylate cyclase  41.07 
 
 		 381 aa  127  3e-28  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00176  diguanylate cyclase  41.57 
 
 		 354 aa  125  1e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2920  sensor diguanylate cyclase  46.25 
 
 		 623 aa  125  1e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4245  GGDEF domain-containing protein  37.25 
 
 		 477 aa  125  2e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.44 
 
 		 730 aa  125  2e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1301  diguanylate cyclase  46.2 
 
 		 331 aa  125  2e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.298458  normal  0.144882 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26970  hypothetical protein  38.74 
 
 		 525 aa  125  2e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.6 
 
 		 578 aa  125  2e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5124  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.45 
 
 		 1015 aa  124  3e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.247215  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  39.09 
 
 		 413 aa  122  9.999999999999999e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2887  GGDEF domain-containing protein  38.89 
 
 		 424 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  42.24 
 
 		 349 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  44.57 
 
 		 347 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2284  hypothetical protein  38.74 
 
 		 525 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0619167  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2045  diguanylate cyclase  39.22 
 
 		 243 aa  120  3e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2096  diguanylate cyclase  40.78 
 
 		 368 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1425  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  45.09 
 
 		 483 aa  120  4.9999999999999996e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0159  diguanylate cyclase  37.06 
 
 		 368 aa  120  4.9999999999999996e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.945874  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1136  diguanylate cyclase  41.18 
 
 		 582 aa  119  6e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2709  GGDEF domain-containing protein  38.1 
 
 		 411 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.887365  normal  0.569285 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2420  diguanylate cyclase  39.02 
 
 		 532 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.499921  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2492  diguanylate cyclase  39.49 
 
 		 474 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.379327 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2297  sensor histidine kinase/GGDEF domain-containing protein  40.24 
 
 		 422 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4136  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.78 
 
 		 630 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.138733  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1695  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.82 
 
 		 594 aa  118  1.9999999999999998e-25  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.357203  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2715  diguanylate cyclase  39.38 
 
 		 508 aa  117  3e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.271597  normal  0.533444 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1309  GGDEF  44.77 
 
 		 334 aa  117  3e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00365402 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3108  diguanylate cyclase  33.83 
 
 		 411 aa  117  3e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2040  diguanylate cyclase  41.61 
 
 		 347 aa  117  3e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.405567  normal  0.0142229 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2593  diguanylate cyclase  40.66 
 
 		 569 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0279465  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2313  response regulator  39.26 
 
 		 301 aa  116  5e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.483613  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2970  diguanylate cyclase  36.8 
 
 		 557 aa  116  5e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.853836 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2698  diguanylate cyclase  39.2 
 
 		 410 aa  117  5e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.110295  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3547  diguanylate cyclase  37.02 
 
 		 587 aa  117  5e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0471  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.48 
 
 		 572 aa  116  6e-25  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.634401  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1934  hypothetical protein  37.99 
 
 		 634 aa  116  6e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3477  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 342 aa  116  6e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.377939  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0381  diguanylate cyclase  42.44 
 
 		 251 aa  116  6.9999999999999995e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.874327  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0462  3-deoxy-d-manno-octulosonic-acid transferase  40 
 
 		 422 aa  116  6.9999999999999995e-25  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2077  diguanylate cyclase  40.88 
 
 		 343 aa  116  7.999999999999999e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.984314  normal  0.163131 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0679  TPR repeat-containing diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase  37.31 
 
 		 684 aa  116  7.999999999999999e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1436  two-component response regulator  44.97 
 
 		 327 aa  116  7.999999999999999e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.462819  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1880  diguanylate cyclase  37.56 
 
 		 477 aa  116  7.999999999999999e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0268707  normal  0.0491745 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2673  diguanylate cyclase  38.38 
 
 		 411 aa  116  7.999999999999999e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.150858 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4417  diguanylate cyclase  43.26 
 
 		 401 aa  116  7.999999999999999e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1583  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.16 
 
 		 444 aa  116  7.999999999999999e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.185074  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  40.94 
 
 		 548 aa  115  8.999999999999998e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1946  diguanylate cyclase  30.74 
 
 		 368 aa  115  8.999999999999998e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0707577  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  43.45 
 
 		 355 aa  115  8.999999999999998e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2469  diguanylate cyclase  41.76 
 
 		 351 aa  115  1.0000000000000001e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3998  diguanylate cyclase  44.26 
 
 		 591 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1907  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.22 
 
 		 1013 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.527158  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3550  diguanylate cyclase  46.78 
 
 		 559 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.953301  normal  0.354246 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1099  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.75 
 
 		 334 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1426  diguanylate cyclase  41.9 
 
 		 385 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3537  GGDEF family protein  41.18 
 
 		 393 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1161  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 440 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0876222  normal  0.647833 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  40 
 
 		 459 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0482  diguanylate cyclase AdrA  37.57 
 
 		 370 aa  115  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1813  diguanylate cyclase  44.77 
 
 		 386 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.730077 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2521  diguanylate cyclase  41.3 
 
 		 350 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0421  diguanylate cyclase AdrA  37.57 
 
 		 370 aa  114  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3968  diguanylate cyclase  42.07 
 
 		 385 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0422  diguanylate cyclase AdrA  37.57 
 
 		 370 aa  114  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.143029 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40 
 
 		 407 aa  114  2.0000000000000002e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2370  diguanylate cyclase  39.31 
 
 		 554 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1695  GGDEF family protein  38.95 
 
 		 420 aa  114  2.0000000000000002e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.037923  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0427  diguanylate cyclase AdrA  37.57 
 
 		 370 aa  114  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0440  diguanylate cyclase AdrA  37.57 
 
 		 370 aa  114  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3348  GGDEF domain-containing protein  41.86 
 
 		 381 aa  114  3e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0504  GGDEF domain-containing protein  40.62 
 
 		 385 aa  114  3e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.910184  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1499  response regulator/GGDEF domain protein  45.93 
 
 		 334 aa  114  3e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1821  diguanylate cyclase  41.42 
 
 		 466 aa  114  3e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2668  diguanylate cyclase  38.55 
 
 		 390 aa  114  3e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1066  diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase with TPR repeats  44.07 
 
 		 609 aa  114  3e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.94417  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3549  diguanylate cyclase  43.37 
 
 		 408 aa  114  3e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.348554 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2019  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 355 aa  114  3e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02019  Putative signal protein with GGDEF domain  41.71 
 
 		 494 aa  114  3e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  31.89 
 
 		 492 aa  114  3e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0671  diguanylate cyclase  37.07 
 
 		 369 aa  114  3e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2195  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 496 aa  114  3e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.741232  normal  0.445673 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0926  diguanylate cyclase  42.31 
 
 		 494 aa  114  3e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1751  diguanylate cyclase  31.18 
 
 		 389 aa  114  3e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000123921  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1891  diguanylate cyclase  41.42 
 
 		 466 aa  114  3e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.311116  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1197  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.93 
 
 		 457 aa  114  3e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2241  diguanylate cyclase  41.42 
 
 		 355 aa  114  4.0000000000000004e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4848  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.45 
 
 		 665 aa  114  4.0000000000000004e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.162589 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2846  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  34.98 
 
 		 1043 aa  114  4.0000000000000004e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.698632  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1425  diguanylate cyclase  41.18 
 
 		 381 aa  113  4.0000000000000004e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0349  diguanylate cyclase  44.12 
 
 		 523 aa  114  4.0000000000000004e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.291431  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2409  diguanylate cyclase  41.86 
 
 		 381 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0490  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.77 
 
 		 681 aa  114  4.0000000000000004e-24  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.853397  normal  0.203863 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0571  diguanylate cyclase  31.41 
 
 		 324 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  40.33 
 
 		 351 aa  114  4.0000000000000004e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0570  diguanylate cyclase  31.41 
 
 		 324 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>