More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_1695 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_1695  GGDEF family protein  100 
 
 		 420 aa  858    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.037923  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1246  diguanylate cyclase  34.13 
 
 		 440 aa  219  6e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1337  diguanylate cyclase  34.13 
 
 		 427 aa  206  6e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.387993  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3686  diguanylate cyclase  30.83 
 
 		 385 aa  162  1e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.557727  normal  0.196909 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3387  diguanylate cyclase  29.01 
 
 		 385 aa  152  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.610096  normal  0.24043 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5530  diguanylate cyclase  31.61 
 
 		 384 aa  134  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0865314  normal  0.102631 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2567  diguanylate cyclase  32.45 
 
 		 397 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  35.32 
 
 		 413 aa  132  2.0000000000000002e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  43.27 
 
 		 360 aa  130  6e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4045  diguanylate cyclase  30.11 
 
 		 385 aa  129  9.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2736  diguanylate cyclase  31.41 
 
 		 405 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.428022 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  38.78 
 
 		 611 aa  129  1.0000000000000001e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2441  diguanylate cyclase  30.33 
 
 		 403 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.933088  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2084  diguanylate cyclase  29.76 
 
 		 417 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000571313 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4163  diguanylate cyclase  29.46 
 
 		 385 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3968  diguanylate cyclase  29.46 
 
 		 385 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0886  diguanylate cyclase  27.81 
 
 		 391 aa  127  3e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0459194 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1030  diguanylate cyclase  27.81 
 
 		 391 aa  127  3e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.12052 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2513  diguanylate cyclase  30.85 
 
 		 405 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0645209 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0233  diguanylate cyclase  31.34 
 
 		 373 aa  127  5e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1748  diguanylate cyclase  30.19 
 
 		 417 aa  126  6e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3752  diguanylate cyclase  29.72 
 
 		 436 aa  126  6e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3693  response regulator receiver domain-containing protein  38.67 
 
 		 476 aa  125  1e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.963643  normal  0.0549661 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3087  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 361 aa  125  2e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2966  diguanylate cyclase  42.02 
 
 		 386 aa  125  2e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0175816  decreased coverage  0.00586824 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0952  GGDEF domain-containing protein  38.2 
 
 		 430 aa  124  3e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1149  diguanylate cyclase  36.54 
 
 		 495 aa  124  3e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0968  diguanylate cyclase  33.12 
 
 		 363 aa  123  5e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.326915  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2588  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.54 
 
 		 710 aa  123  8e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0652312  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4283  diguanylate cyclase  36.81 
 
 		 480 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2009  diguanylate cyclase  40.94 
 
 		 482 aa  121  1.9999999999999998e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0406773 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.55 
 
 		 827 aa  120  3e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2594  diguanylate cyclase  41.27 
 
 		 582 aa  121  3e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.01 
 
 		 531 aa  120  4.9999999999999996e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0347  diguanylate cyclase with hemerythrin-like metal-binding domain  28.86 
 
 		 531 aa  120  4.9999999999999996e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2546  diguanylate cyclase  40.19 
 
 		 564 aa  120  6e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0032266  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.61 
 
 		 317 aa  120  6e-26  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6727  diguanylate cyclase  41.86 
 
 		 467 aa  120  6e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2709  GGDEF domain-containing protein  29.72 
 
 		 411 aa  120  6e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.887365  normal  0.569285 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1928  diguanylate cyclase  39.76 
 
 		 365 aa  119  9.999999999999999e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.851461 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5670  diguanylate cyclase  30.05 
 
 		 393 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.598919 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.92 
 
 		 772 aa  119  9.999999999999999e-26  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.32 
 
 		 322 aa  118  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  35.23 
 
 		 532 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.19 
 
 		 550 aa  118  1.9999999999999998e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1910  GGDEF family protein  28.12 
 
 		 413 aa  118  1.9999999999999998e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.382207  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1163  diguanylate cyclase  29.85 
 
 		 363 aa  117  3e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.562644  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  43.21 
 
 		 466 aa  117  3e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4161  diguanylate cyclase  35.98 
 
 		 366 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.61051  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3138  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.53 
 
 		 345 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  39.55 
 
 		 464 aa  117  3.9999999999999997e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1036  diguanylate cyclase  30.36 
 
 		 363 aa  117  5e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.19224 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4589  diguanylate cyclase  38.74 
 
 		 409 aa  117  5e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.365756  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1012  diguanylate cyclase  46.24 
 
 		 295 aa  117  5e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2390  TPR repeat-containing diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase  39.29 
 
 		 600 aa  116  6e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3218  diguanylate cyclase  34.66 
 
 		 532 aa  116  6e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  41.44 
 
 		 1000 aa  116  6.9999999999999995e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1980  diguanylate cyclase  39.66 
 
 		 417 aa  116  7.999999999999999e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0208161  normal  0.907372 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1546  diguanylate cyclase  40.21 
 
 		 416 aa  116  7.999999999999999e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0539589  hitchhiker  0.00796281 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0530  response regulator receiver protein  29.23 
 
 		 392 aa  116  7.999999999999999e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.143294  normal  0.0713478 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1821  diguanylate cyclase  39.13 
 
 		 298 aa  116  8.999999999999998e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.017871  normal  0.191942 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39460  guanylyl cyclase  30.83 
 
 		 415 aa  116  8.999999999999998e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0489  diguanylate cyclase  29.48 
 
 		 384 aa  116  8.999999999999998e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1891  diguanylate cyclase  40 
 
 		 466 aa  116  8.999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.311116  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3922  GGDEF domain-containing protein  32.24 
 
 		 364 aa  115  1.0000000000000001e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  37.5 
 
 		 334 aa  115  1.0000000000000001e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  42.17 
 
 		 457 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1821  diguanylate cyclase  40 
 
 		 466 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2521  diguanylate cyclase  42.35 
 
 		 350 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.24 
 
 		 769 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0569  diguanylate cyclase  33.81 
 
 		 403 aa  115  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4518  diguanylate cyclase  39.29 
 
 		 345 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  42.17 
 
 		 457 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2673  diguanylate cyclase  29.84 
 
 		 411 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.150858 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2229  GGDEF domain-containing protein  35.4 
 
 		 467 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.161557  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0290  diguanylate cyclase  28.43 
 
 		 409 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  42.17 
 
 		 457 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2010  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  42.68 
 
 		 574 aa  115  2.0000000000000002e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5646  diguanylate cyclase  31.61 
 
 		 399 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.515019  normal  0.418134 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4604  diguanylate cyclase  37.06 
 
 		 489 aa  114  3e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3083  diguanylate cyclase  39.39 
 
 		 409 aa  114  3e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.176077 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4164  diguanylate cyclase  31.4 
 
 		 384 aa  114  3e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.562104  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1371  diguanylate cyclase  39.66 
 
 		 466 aa  114  3e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.385487  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3628  diguanylate cyclase  34.52 
 
 		 388 aa  114  3e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3016  GGDEF domain-containing protein  38.95 
 
 		 385 aa  114  3e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0864603  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0842  GGDEF domain-containing protein  40.72 
 
 		 391 aa  114  4.0000000000000004e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.000293697  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.98 
 
 		 308 aa  114  4.0000000000000004e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.79 
 
 		 314 aa  114  4.0000000000000004e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2680  diguanylate cyclase  33.61 
 
 		 252 aa  114  4.0000000000000004e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.98 
 
 		 308 aa  114  4.0000000000000004e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0995  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.93 
 
 		 792 aa  114  4.0000000000000004e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.37011  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1926  diguanylate cyclase  38.82 
 
 		 466 aa  113  5e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.647076  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3232  hypothetical protein  35.87 
 
 		 498 aa  114  5e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0640076  normal  0.305585 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1471  diguanylate cyclase  33.82 
 
 		 398 aa  114  5e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0238873 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003591  GGDEF family protein  39.13 
 
 		 489 aa  113  5e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5189  diguanylate cyclase  42.57 
 
 		 521 aa  113  5e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6176  diguanylate cyclase  38.82 
 
 		 466 aa  113  5e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1903  diguanylate cyclase  38.82 
 
 		 466 aa  113  5e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5670  diguanylate cyclase  42.57 
 
 		 521 aa  113  5e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0236259 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0645  GGDEF domain-containing protein  38.95 
 
 		 454 aa  113  6e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>