More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4136 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_1912  diguanylate cyclase  62.81 
 
 		 619 aa  735    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.693506  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4136  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  100 
 
 		 630 aa  1279    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.138733  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3460  GGDEF domain-containing protein  55.86 
 
 		 644 aa  665    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0284505  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2123  diguanylate cyclase  40.06 
 
 		 635 aa  378  1e-103  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00833547 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2194  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.17 
 
 		 636 aa  280  7e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3353  GGDEF family protein  29.5 
 
 		 626 aa  238  3e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.374674  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  28.65 
 
 		 638 aa  171  4e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1999  diguanylate cyclase  27.73 
 
 		 612 aa  167  5.9999999999999996e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02019  Putative signal protein with GGDEF domain  33.67 
 
 		 494 aa  163  8.000000000000001e-39  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2990  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.54 
 
 		 1253 aa  160  5e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.450084  normal  0.707823 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1964  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.24 
 
 		 884 aa  160  9e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.826699  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4485  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.99 
 
 		 907 aa  158  2e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.253902  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3068  diguanylate cyclase  32.28 
 
 		 516 aa  159  2e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.608977 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3026  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.64 
 
 		 969 aa  156  1e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3800  diguanylate cyclase  30.67 
 
 		 553 aa  156  1e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4625  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.95 
 
 		 915 aa  155  2e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0845  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.1 
 
 		 879 aa  155  2.9999999999999998e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4644  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.57 
 
 		 904 aa  154  5.9999999999999996e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.374969  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5691  diguanylate cyclase  33.86 
 
 		 512 aa  153  8.999999999999999e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3321  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.77 
 
 		 973 aa  152  1e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2295  diguanylate cyclase  32.23 
 
 		 503 aa  152  2e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0764  GGDEF domain-containing protein  27.76 
 
 		 905 aa  150  5e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1516  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.75 
 
 		 352 aa  150  9e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0065858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4799  hypothetical protein  27.09 
 
 		 867 aa  149  2.0000000000000003e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3496  hypothetical protein  41.2 
 
 		 497 aa  149  2.0000000000000003e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.676733  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1193  diguanylate cyclase  34.6 
 
 		 650 aa  149  2.0000000000000003e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.142429  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0411  PAS:GGDEF  34.31 
 
 		 317 aa  145  1e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.320308 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5143  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.9 
 
 		 643 aa  145  3e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.248831  normal  0.87155 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2930  diguanylate cyclase  32.12 
 
 		 515 aa  145  3e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.827018  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1731  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  27.47 
 
 		 637 aa  144  6e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000986575 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2495  diguanylate cyclase  43.75 
 
 		 422 aa  144  6e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0878  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  33.1 
 
 		 754 aa  143  9e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.307069  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1272  diguanylate cyclase  27.02 
 
 		 632 aa  143  9e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0623275  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1348  diguanylate cyclase  32.73 
 
 		 515 aa  143  9.999999999999999e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3306  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.03 
 
 		 883 aa  141  3e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.660449  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4565  diguanylate cyclase  45.1 
 
 		 521 aa  141  3.9999999999999997e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.267028  normal  0.0465187 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5189  diguanylate cyclase  45.1 
 
 		 521 aa  141  3.9999999999999997e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5670  diguanylate cyclase  45.1 
 
 		 521 aa  141  3.9999999999999997e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0236259 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0600  diguanylate cyclase with GAF sensor  26.73 
 
 		 669 aa  140  6e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0028  diguanylate cyclase  46.15 
 
 		 527 aa  139  1e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.789293 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0225  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.09 
 
 		 325 aa  139  2e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3242  GGDEF domain-containing protein  30.77 
 
 		 522 aa  139  2e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.564089  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2023  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.44 
 
 		 1021 aa  139  2e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0168563  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3853  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.41 
 
 		 902 aa  138  3.0000000000000003e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.769639  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4930  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.26 
 
 		 887 aa  138  4e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.221023 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1420  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.73 
 
 		 314 aa  138  4e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2519  diguanylate cyclase  30.85 
 
 		 522 aa  137  9e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.926429  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2667  diguanylate cyclase  28.93 
 
 		 522 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.548675  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4812  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  35.69 
 
 		 1423 aa  136  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.330918  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3561  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  32.06 
 
 		 1051 aa  135  3e-30  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0205417  normal  0.226343 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2297  diguanylate cyclase  26.33 
 
 		 533 aa  134  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.777078  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0410  diguanylate cyclase  45.95 
 
 		 516 aa  134  5e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00828  putative transmembrane protein  42.03 
 
 		 512 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.33694  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5496  diguanylate cyclase  42.93 
 
 		 520 aa  133  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.414779  hitchhiker  0.000876281 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0136  diguanylate cyclase  36.34 
 
 		 1428 aa  132  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2281  GGDEF  31.23 
 
 		 555 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000303682  normal  0.0271008 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  40.57 
 
 		 339 aa  132  2.0000000000000002e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2914  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.1 
 
 		 312 aa  131  3e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4944  diguanylate cyclase  42.42 
 
 		 520 aa  131  3e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0582678 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3188  diguanylate cyclase  45.18 
 
 		 529 aa  131  3e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.210299 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0610  two component response regulator  43.27 
 
 		 649 aa  131  3e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4321  diguanylate cyclase  42.93 
 
 		 534 aa  130  7.000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1982  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.59 
 
 		 676 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0102834  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2499  GGDEF domain-containing protein  39.09 
 
 		 367 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7687  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27 
 
 		 1047 aa  129  2.0000000000000002e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0327995  normal  0.497822 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1158  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  32.06 
 
 		 1047 aa  129  2.0000000000000002e-28  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.122124  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4694  diguanylate cyclase  32.19 
 
 		 492 aa  128  4.0000000000000003e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0414  diguanylate cyclase  39.89 
 
 		 346 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4585  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.14 
 
 		 1350 aa  128  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.20208  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4407  GGDEF family protein  39.89 
 
 		 344 aa  127  5e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0170  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.61 
 
 		 901 aa  127  6e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0095  putative sensory transduction system, regulatory protein  42.54 
 
 		 536 aa  127  8.000000000000001e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.348008  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2824  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.26 
 
 		 1018 aa  127  8.000000000000001e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0209449 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4030  diguanylate cyclase  45.66 
 
 		 498 aa  127  8.000000000000001e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2063  diguanylate cyclase  32.25 
 
 		 338 aa  127  8.000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.553076  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2269  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.68 
 
 		 659 aa  127  9e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0798  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.82 
 
 		 622 aa  126  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.131749 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0279  diguanylate cyclase  40.89 
 
 		 554 aa  126  1e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.171809  normal  0.0530924 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0097  GGDEF domain-containing protein  46.33 
 
 		 487 aa  126  1e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3030  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.79 
 
 		 1596 aa  126  1e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.010791 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2678  diguanylate cyclase  46.33 
 
 		 487 aa  126  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0115  diguanylate cyclase  46.33 
 
 		 487 aa  126  1e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.418458  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1077  GGDEF domain-containing protein  46.33 
 
 		 528 aa  126  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.918636  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1535  diguanylate cyclase  46.33 
 
 		 487 aa  126  1e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0442  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  31.78 
 
 		 1785 aa  126  1e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1257  diguanylate cyclase  46.33 
 
 		 487 aa  126  1e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1844  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.16 
 
 		 905 aa  126  1e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  unclonable  0.000234438  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2825  GGDEF domain-containing protein  46.33 
 
 		 487 aa  126  1e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.819973  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1025  diguanylate cyclase  28.79 
 
 		 492 aa  125  2e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2534  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.44 
 
 		 421 aa  125  2e-27  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.657544  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4297  diguanylate cyclase  43.75 
 
 		 522 aa  126  2e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0491288  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1425  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  42.37 
 
 		 483 aa  125  2e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5086  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.1 
 
 		 465 aa  125  3e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5179  diguanylate cyclase  43.75 
 
 		 504 aa  125  3e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.466605 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4666  diguanylate cyclase  43.62 
 
 		 501 aa  125  3e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0421428  normal  0.479047 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2156  diguanylate cyclase  35.25 
 
 		 470 aa  125  3e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.117189 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3048  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.85 
 
 		 683 aa  125  3e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4104  diguanylate cyclase  45.9 
 
 		 505 aa  125  3e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.340706 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3991  diguanylate cyclase  45.9 
 
 		 505 aa  125  3e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.613369 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0401  GGDEF domain-containing protein  43.6 
 
 		 507 aa  124  4e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>