More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_2123 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_2123  diguanylate cyclase  100 
 
 		 635 aa  1265    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00833547 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3460  GGDEF domain-containing protein  43.15 
 
 		 644 aa  471  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0284505  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1912  diguanylate cyclase  43.44 
 
 		 619 aa  432  1e-120  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.693506  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4136  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.06 
 
 		 630 aa  385  1e-106  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.138733  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2194  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.54 
 
 		 636 aa  266  1e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3353  GGDEF family protein  30.86 
 
 		 626 aa  206  9e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.374674  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  30.65 
 
 		 638 aa  186  2.0000000000000003e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1516  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.09 
 
 		 352 aa  173  7.999999999999999e-42  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0065858  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1272  diguanylate cyclase  28.1 
 
 		 632 aa  153  1e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0623275  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0798  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.69 
 
 		 622 aa  152  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.131749 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0411  PAS:GGDEF  32.2 
 
 		 317 aa  147  5e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.320308 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3673  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  44.81 
 
 		 1262 aa  147  8.000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3011  serine/threonine protein kinase  47.12 
 
 		 1637 aa  146  9e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.15444  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0754  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.76 
 
 		 463 aa  145  3e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.952691  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1775  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.27 
 
 		 468 aa  144  5e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.410369  normal  0.0147653 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4360  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.49 
 
 		 338 aa  144  5e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1035  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.89 
 
 		 917 aa  144  5e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2591  GGDEF domain protein  41.29 
 
 		 528 aa  142  3e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.200767  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0019  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.93 
 
 		 341 aa  142  3e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0416556  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5143  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.56 
 
 		 643 aa  141  3e-32  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.248831  normal  0.87155 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.75 
 
 		 334 aa  141  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2281  GGDEF  44.09 
 
 		 555 aa  140  6e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000303682  normal  0.0271008 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1193  diguanylate cyclase  35.05 
 
 		 650 aa  140  7e-32  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.142429  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1494  response regulator/GGDEF domain-containing protein  45.45 
 
 		 335 aa  140  1e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.799611 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2076  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.78 
 
 		 481 aa  139  1e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00773841  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3750  PAS:GGDEF  32.59 
 
 		 721 aa  140  1e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0984  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.32 
 
 		 353 aa  139  1e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.194443 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2052  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.78 
 
 		 481 aa  139  1e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4848  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  46.56 
 
 		 665 aa  140  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.162589 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7079  serine/threonine protein kinase  37.69 
 
 		 1643 aa  138  3.0000000000000003e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1713  diguanylate cyclase  44.2 
 
 		 462 aa  138  3.0000000000000003e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1738  diguanylate cyclase  44.2 
 
 		 462 aa  137  4e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5389  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.69 
 
 		 372 aa  137  5e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3170  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.1 
 
 		 344 aa  137  8e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.103544 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4621  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  47.62 
 
 		 648 aa  137  8e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.334588  normal  0.654105 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0216  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.77 
 
 		 328 aa  137  9e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00586587 
 
 
-
 
NC_003296  RS00826  putative transmembrane protein  48.82 
 
 		 488 aa  137  9e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.61367  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3819  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.17 
 
 		 660 aa  136  9e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4030  diguanylate cyclase  47.4 
 
 		 498 aa  136  9e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.61 
 
 		 827 aa  136  9.999999999999999e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1420  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.09 
 
 		 314 aa  136  9.999999999999999e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1058  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.32 
 
 		 333 aa  136  9.999999999999999e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0856452  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3770  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.17 
 
 		 660 aa  136  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2499  GGDEF domain-containing protein  40.62 
 
 		 367 aa  136  9.999999999999999e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2062  diguanylate cyclase  43.01 
 
 		 620 aa  136  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.502085 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0240  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.77 
 
 		 342 aa  136  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2495  diguanylate cyclase  41.5 
 
 		 422 aa  136  9.999999999999999e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  44.19 
 
 		 339 aa  136  9.999999999999999e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0231  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.77 
 
 		 342 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3172  diguanylate cyclase  43.69 
 
 		 518 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.211888 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0610  two component response regulator  34.67 
 
 		 649 aa  135  1.9999999999999998e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1099  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.56 
 
 		 334 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 565 aa  135  1.9999999999999998e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0414  diguanylate cyclase  43.6 
 
 		 346 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2246  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.72 
 
 		 764 aa  135  1.9999999999999998e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00114324  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2914  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.1 
 
 		 312 aa  135  1.9999999999999998e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3561  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  34.43 
 
 		 1051 aa  135  3e-30  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0205417  normal  0.226343 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0136  diguanylate cyclase  35.42 
 
 		 1428 aa  135  3e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7026  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.32 
 
 		 312 aa  135  3e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.398098  hitchhiker  0.000000633587 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5691  diguanylate cyclase  43.08 
 
 		 512 aa  134  3.9999999999999996e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0009  diguanylate cyclase  33.44 
 
 		 312 aa  134  3.9999999999999996e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.214527  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3855  serine/threonine protein kinase  39.91 
 
 		 1726 aa  134  3.9999999999999996e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.993945  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0314  diguanylate cyclase  35.69 
 
 		 340 aa  134  5e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00930  hypothetical protein  30.91 
 
 		 581 aa  134  5e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1425  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  44.94 
 
 		 483 aa  134  5e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1805  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  41.4 
 
 		 960 aa  134  6e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5086  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.87 
 
 		 465 aa  134  6.999999999999999e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0845  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.54 
 
 		 879 aa  134  6.999999999999999e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4812  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  34.28 
 
 		 1423 aa  133  7.999999999999999e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.330918  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0766  diguanylate cyclase  42.78 
 
 		 501 aa  133  7.999999999999999e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2710  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.98 
 
 		 585 aa  133  9e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.132036  normal  0.320847 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4321  diguanylate cyclase  45.09 
 
 		 534 aa  133  9e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0313  diguanylate cyclase  35.29 
 
 		 340 aa  133  9e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0984  sensory box protein  35.57 
 
 		 810 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3528  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.28 
 
 		 310 aa  133  1.0000000000000001e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4360  serine/threonine protein kinase  42.62 
 
 		 1636 aa  132  1.0000000000000001e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4124  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44 
 
 		 334 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.113929  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1158  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  32.9 
 
 		 1047 aa  132  2.0000000000000002e-29  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.122124  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  42.37 
 
 		 347 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0310  diguanylate cyclase  34.9 
 
 		 340 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4535  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.07 
 
 		 345 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0387275  normal  0.636684 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0365  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.41 
 
 		 308 aa  132  2.0000000000000002e-29  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4996  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.22 
 
 		 328 aa  131  3e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.445077  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1896  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.14 
 
 		 564 aa  132  3e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000133427  normal  0.619157 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0116  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 398 aa  131  4.0000000000000003e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.864855  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4944  diguanylate cyclase  44.22 
 
 		 520 aa  131  4.0000000000000003e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0582678 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6958  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 502 aa  131  4.0000000000000003e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1946  diguanylate cyclase  41.85 
 
 		 368 aa  131  5.0000000000000004e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0707577  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2063  diguanylate cyclase  32.48 
 
 		 338 aa  130  5.0000000000000004e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.553076  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2178  diguanylate cyclase  42.21 
 
 		 406 aa  131  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.988519 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2582  diguanylate cyclase  41.71 
 
 		 339 aa  130  5.0000000000000004e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.929496 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0939  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.55 
 
 		 438 aa  130  6e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2649  diguanylate cyclase  42.45 
 
 		 339 aa  130  6e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.437238  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1974  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.3 
 
 		 340 aa  130  7.000000000000001e-29  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.098619 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5496  diguanylate cyclase  43.72 
 
 		 520 aa  130  7.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.414779  hitchhiker  0.000876281 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1436  two-component response regulator  41.81 
 
 		 327 aa  130  7.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.462819  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2297  diguanylate cyclase  39.57 
 
 		 533 aa  130  8.000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.777078  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0570  diguanylate cyclase  38.62 
 
 		 324 aa  130  8.000000000000001e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0571  diguanylate cyclase  38.62 
 
 		 324 aa  130  8.000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0095  putative sensory transduction system, regulatory protein  43.68 
 
 		 536 aa  130  9.000000000000001e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.348008  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>