More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_2582 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008577  Shewana3_2757  diguanylate cyclase  96.46 
 
 		 339 aa  679    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1412  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  88.79 
 
 		 339 aa  636    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2582  diguanylate cyclase  100 
 
 		 339 aa  707    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.929496 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2649  diguanylate cyclase  99.41 
 
 		 339 aa  702    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.437238  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1695  sensory box/GGDEF family protein  94.34 
 
 		 318 aa  633  1e-180  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1540  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  81.58 
 
 		 342 aa  577  1e-164  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.918796  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1504  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  81.29 
 
 		 342 aa  574  1.0000000000000001e-163  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1513  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  81.29 
 
 		 342 aa  574  1.0000000000000001e-163  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.374714  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2841  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  81.29 
 
 		 342 aa  573  1.0000000000000001e-162  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0625712 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0942  GGDEF domain-containing protein  49.67 
 
 		 335 aa  288  1e-76  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0398  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.55 
 
 		 327 aa  272  8.000000000000001e-72  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.137946  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0797  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.36 
 
 		 374 aa  265  8e-70  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0432  response regulator receiver protein  43.19 
 
 		 303 aa  239  5e-62  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01090  sensory box/GGDEF family protein  35.65 
 
 		 333 aa  189  8e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0160657  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5086  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.74 
 
 		 465 aa  154  2e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3819  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.68 
 
 		 660 aa  152  7e-36  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3770  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.68 
 
 		 660 aa  152  8e-36  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3572  diguanylate cyclase  39.23 
 
 		 902 aa  146  4.0000000000000006e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2222  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.05 
 
 		 732 aa  146  6e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.513474  normal  0.0596169 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0754  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.84 
 
 		 463 aa  145  7.0000000000000006e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.952691  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2160  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.48 
 
 		 732 aa  145  1e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1805  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  41.9 
 
 		 960 aa  145  1e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3671  putative signaling protein  41.76 
 
 		 480 aa  144  3e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0371  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.43 
 
 		 890 aa  144  3e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0362  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.03 
 
 		 890 aa  144  3e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.190279  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1328  diguanylate cyclase  40.98 
 
 		 648 aa  143  4e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.4 
 
 		 313 aa  142  6e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0984  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.71 
 
 		 353 aa  142  6e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.194443 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1758  diguanylate cyclase with Chase2 sensor  37.89 
 
 		 583 aa  142  8e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.621597 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2052  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.42 
 
 		 481 aa  142  9.999999999999999e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1516  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.54 
 
 		 352 aa  142  9.999999999999999e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0065858  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2076  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.42 
 
 		 481 aa  140  1.9999999999999998e-32  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00773841  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4535  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.11 
 
 		 345 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0387275  normal  0.636684 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1121  diguanylate cyclase  28.8 
 
 		 305 aa  140  3e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.323017 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3170  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.14 
 
 		 344 aa  139  1e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.103544 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2062  diguanylate cyclase  40.11 
 
 		 620 aa  138  1e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.502085 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1974  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.46 
 
 		 340 aa  138  1e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.098619 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3673  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  40.34 
 
 		 1262 aa  137  2e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1738  diguanylate cyclase  43.2 
 
 		 462 aa  137  2e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4395  diguanylate cyclase  43.5 
 
 		 498 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2194  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40 
 
 		 636 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4124  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.77 
 
 		 334 aa  136  5e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.113929  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2096  diguanylate cyclase with GAF sensor  40 
 
 		 664 aa  136  5e-31  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.76184 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0019  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 341 aa  136  5e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0416556  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29300  Response regulator  35.21 
 
 		 310 aa  135  9e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1622  response regulator receiver protein  40.98 
 
 		 641 aa  135  9.999999999999999e-31  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.923164  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3840  diguanylate cyclase  41.28 
 
 		 556 aa  134  1.9999999999999998e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.108967  hitchhiker  0.000986648 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3770  PAS:GGDEF  38.71 
 
 		 328 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0223226 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4149  diguanylate cyclase  42.11 
 
 		 591 aa  134  1.9999999999999998e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0015025  normal  0.169582 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1713  diguanylate cyclase  42.6 
 
 		 462 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1058  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.28 
 
 		 333 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0856452  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5454  diguanylate cyclase  39.66 
 
 		 510 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.488047  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1684  GGDEF domain-containing protein  39.88 
 
 		 323 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3528  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.11 
 
 		 310 aa  134  1.9999999999999998e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3172  diguanylate cyclase  42.2 
 
 		 518 aa  134  3e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.211888 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1030  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.38 
 
 		 330 aa  134  3e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.33399 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2488  diguanylate cyclase  46.15 
 
 		 429 aa  134  3e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.792877 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5066  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.8 
 
 		 338 aa  133  3e-30  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2063  diguanylate cyclase  37.63 
 
 		 338 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.553076  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3032  diguanylate cyclase  37.57 
 
 		 547 aa  133  3.9999999999999996e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1309  GGDEF  38.73 
 
 		 334 aa  133  5e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00365402 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0807  diguanylate cyclase  40.74 
 
 		 340 aa  132  6e-30  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3353  GGDEF family protein  38.04 
 
 		 626 aa  132  6e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.374674  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4407  GGDEF family protein  38.98 
 
 		 344 aa  132  7.999999999999999e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1431  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  42.44 
 
 		 625 aa  132  1.0000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00930  hypothetical protein  41.24 
 
 		 581 aa  132  1.0000000000000001e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0831  diguanylate cyclase  42.2 
 
 		 351 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0798  GGDEF domain-containing protein  41.34 
 
 		 496 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.412232  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3143  hypothetical protein  41.07 
 
 		 459 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1499  response regulator/GGDEF domain protein  39.31 
 
 		 334 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0410  diguanylate cyclase  40.44 
 
 		 516 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  38.37 
 
 		 347 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2495  diguanylate cyclase  36.1 
 
 		 422 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1494  response regulator/GGDEF domain-containing protein  38.6 
 
 		 335 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.799611 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0821  diguanylate cyclase  41.34 
 
 		 496 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.605291  normal  0.227561 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5857  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.14 
 
 		 341 aa  130  3e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2123  diguanylate cyclase  42.45 
 
 		 635 aa  130  3e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00833547 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1457  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  41.86 
 
 		 624 aa  130  3e-29  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.659998  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4231  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.72 
 
 		 357 aa  130  3e-29  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.113145  normal  0.678212 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0984  GGDEF domain-containing protein  37.78 
 
 		 489 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.184695  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0828  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  38.73 
 
 		 734 aa  130  4.0000000000000003e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.84548  normal  0.140102 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0315  GGDEF domain-containing protein  37.78 
 
 		 484 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.237701  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2397  diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 510 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1755  diguanylate cyclase  37.78 
 
 		 499 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1346  GGDEF domain-containing protein  37.78 
 
 		 499 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0669442  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0250  GGDEF domain-containing protein  37.78 
 
 		 489 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.164767  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0390  GGDEF domain-containing protein  37.78 
 
 		 499 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.817676  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0832  diguanylate cyclase  42.37 
 
 		 496 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2740  diguanylate cyclase  41.48 
 
 		 670 aa  129  5.0000000000000004e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1949  sensory box/GGDEF family protein  30 
 
 		 579 aa  130  5.0000000000000004e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.773832  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5250  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.51 
 
 		 360 aa  129  6e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.395511  normal  0.949965 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3581  GGDEF domain-containing protein  35.2 
 
 		 312 aa  129  6e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0414  diguanylate cyclase  39.66 
 
 		 346 aa  129  6e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4321  diguanylate cyclase  40 
 
 		 534 aa  129  7.000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2871  response regulator  42.11 
 
 		 564 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.01 
 
 		 334 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3855  serine/threonine protein kinase  38.33 
 
 		 1726 aa  129  8.000000000000001e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.993945  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3449  diguanylate cyclase  38.82 
 
 		 357 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.103484 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1305  GGDEF domain protein  40.91 
 
 		 502 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.620212  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1099  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.01 
 
 		 334 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>