More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_3537 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_3537  GGDEF family protein  100 
 
 		 393 aa  787    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4425  GGDEF family protein  47.51 
 
 		 435 aa  362  4e-99  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0301  diguanylate cyclase  44.74 
 
 		 389 aa  343  2e-93  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0296  diguanylate cyclase  44.74 
 
 		 389 aa  343  2.9999999999999997e-93  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0897488  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0297  diguanylate cyclase  44.62 
 
 		 389 aa  343  4e-93  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0284  diguanylate cyclase  45.41 
 
 		 391 aa  342  7e-93  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.879349  unclonable  0.0000000000722624 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3737  diguanylate cyclase  45.14 
 
 		 391 aa  340  4e-92  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.319757  hitchhiker  0.00976865 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0289  diguanylate cyclase  44.04 
 
 		 389 aa  338  9.999999999999999e-92  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3330  diguanylate cyclase  42.52 
 
 		 401 aa  300  3e-80  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0093  diguanylate cyclase  38.7 
 
 		 426 aa  266  4e-70  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0797  diguanylate cyclase  40.96 
 
 		 408 aa  140  3.9999999999999997e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.71948  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1085  diguanylate cyclase  39.18 
 
 		 357 aa  139  1e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.02 
 
 		 308 aa  134  3e-30  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.02 
 
 		 308 aa  134  3e-30  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4141  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.08 
 
 		 312 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.812185  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  41.04 
 
 		 459 aa  133  3.9999999999999996e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0509  diguanylate cyclase  42.22 
 
 		 498 aa  133  5e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00480754 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1228  diguanylate cyclase  40.74 
 
 		 490 aa  133  6e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2896  cellulose binding, type IV  42.35 
 
 		 443 aa  132  1.0000000000000001e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00808862 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  40.88 
 
 		 493 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3910  diguanylate cyclase  41.9 
 
 		 537 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.283041  normal  0.244259 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  35.74 
 
 		 612 aa  131  2.0000000000000002e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1834  diguanylate cyclase  41.24 
 
 		 525 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.245567  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1355  diguanylate cyclase  38.14 
 
 		 487 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.133394  normal  0.478971 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1783  diguanylate cyclase  40.85 
 
 		 253 aa  131  2.0000000000000002e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.203678  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1477  diguanylate cyclase  36.17 
 
 		 411 aa  130  3e-29  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124607  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3752  diguanylate cyclase  38.83 
 
 		 436 aa  130  3e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2363  GGDEF domain-containing protein  37.74 
 
 		 311 aa  130  3e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.282615  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1290  diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 491 aa  130  3e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  38.04 
 
 		 319 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.93 
 
 		 550 aa  130  4.0000000000000003e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1721  diguanylate cyclase  40.31 
 
 		 483 aa  130  5.0000000000000004e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.176219  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  38.05 
 
 		 373 aa  130  6e-29  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2730  diguanylate cyclase  40.96 
 
 		 638 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.814579  normal  0.595433 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1485  diguanylate cyclase  40.61 
 
 		 490 aa  129  9.000000000000001e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0147  membrane associated GGDEF protein  37.58 
 
 		 487 aa  129  9.000000000000001e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.317347  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2165  diguanylate cyclase  41.56 
 
 		 460 aa  129  1.0000000000000001e-28  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0021  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.11 
 
 		 668 aa  128  1.0000000000000001e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  41.08 
 
 		 493 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12380  diguanylate cyclase  38.07 
 
 		 499 aa  129  1.0000000000000001e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00534046  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4234  diguanylate cyclase  42.37 
 
 		 539 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.256126 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4684  GGDEF domain-containing protein  38.69 
 
 		 266 aa  128  2.0000000000000002e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0795  diguanylate cyclase  36.04 
 
 		 249 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0019  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.11 
 
 		 668 aa  128  2.0000000000000002e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1677  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.71 
 
 		 512 aa  128  2.0000000000000002e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00717505  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  40.88 
 
 		 493 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02325  GGDEF domain protein  37.57 
 
 		 949 aa  127  3e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3476  diguanylate cyclase  37.09 
 
 		 298 aa  127  3e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00597173 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3093  diguanylate cyclase  31.53 
 
 		 387 aa  127  4.0000000000000003e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  36.79 
 
 		 517 aa  127  5e-28  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2435  diguanylate cyclase  40 
 
 		 726 aa  127  5e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.718837  normal  0.768568 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  40.48 
 
 		 565 aa  126  5e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2709  GGDEF domain-containing protein  40.45 
 
 		 411 aa  126  5e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.887365  normal  0.569285 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  37.25 
 
 		 278 aa  126  6e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0009  diguanylate cyclase  45.12 
 
 		 312 aa  126  7e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.214527  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  41.18 
 
 		 362 aa  126  8.000000000000001e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7026  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.51 
 
 		 312 aa  126  8.000000000000001e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.398098  hitchhiker  0.000000633587 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  42.33 
 
 		 461 aa  125  1e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1133  diguanylate cyclase  37.74 
 
 		 311 aa  125  1e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.047255  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2105  GGDEF domain-containing protein  37.74 
 
 		 311 aa  125  1e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1577  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.21 
 
 		 314 aa  125  1e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  36.28 
 
 		 486 aa  125  1e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1493  GGDEF domain-containing protein  37.74 
 
 		 311 aa  125  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00779791  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1391  diguanylate cyclase  31.37 
 
 		 353 aa  125  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.723857  hitchhiker  0.0000000000000157902 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  36.28 
 
 		 486 aa  125  1e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2399  diguanylate cyclase  37.74 
 
 		 311 aa  125  1e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.291213  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3165  diguanylate cyclase  37.74 
 
 		 311 aa  125  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0452  diguanylate cyclase  39.04 
 
 		 323 aa  125  1e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3230  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45 
 
 		 642 aa  125  1e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.7142  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  36.28 
 
 		 486 aa  125  1e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  41.27 
 
 		 405 aa  125  1e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3328  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.16 
 
 		 297 aa  125  1e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3279  diguanylate cyclase  37.74 
 
 		 311 aa  125  1e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0418707  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0280  diguanylate cyclase  36.28 
 
 		 486 aa  125  1e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5509  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.8 
 
 		 326 aa  125  1e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.872831  normal  0.058561 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1815  diguanylate cyclase  42.59 
 
 		 379 aa  125  1e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.404044 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1413  diguanylate cyclase  37.74 
 
 		 311 aa  125  1e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.195928  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1149  diguanylate cyclase  42.11 
 
 		 495 aa  125  2e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1161  diguanylate cyclase  43.43 
 
 		 440 aa  124  2e-27  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0876222  normal  0.647833 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0422  diguanylate cyclase  38.67 
 
 		 317 aa  124  2e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  35.81 
 
 		 485 aa  125  2e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2253  diguanylate cyclase  42.07 
 
 		 545 aa  124  3e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.346813  normal  0.544502 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2110  PAS:GGDEF  39.64 
 
 		 796 aa  124  3e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.172113  normal  0.0218284 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1789  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.87 
 
 		 794 aa  124  3e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.993763  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  39.29 
 
 		 227 aa  124  3e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0157  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.91 
 
 		 917 aa  124  3e-27  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1425  diguanylate cyclase  37.86 
 
 		 381 aa  124  3e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0680  diguanylate cyclase  40.61 
 
 		 466 aa  123  4e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  35.48 
 
 		 610 aa  124  4e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4956  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.34 
 
 		 324 aa  124  4e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0364888 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0918  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.75 
 
 		 297 aa  123  5e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.0046e-32 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  34.88 
 
 		 485 aa  123  5e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  39.66 
 
 		 609 aa  123  5e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0319  two component diguanylate cyclase  40.48 
 
 		 661 aa  123  5e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1723  response regulator receiver domain-containing protein  39.29 
 
 		 325 aa  123  5e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2207  diguanylate cyclase  42.6 
 
 		 735 aa  123  5e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.2 
 
 		 304 aa  123  5e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  45.29 
 
 		 474 aa  123  5e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3704  diguanylate cyclase  40.61 
 
 		 460 aa  123  5e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0392  diguanylate cyclase  35.33 
 
 		 319 aa  123  6e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0549299  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>