More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_1927 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_1927  diguanylate cyclase  100 
 
 		 253 aa  508  1e-143  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.949533 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1305  diguanylate cyclase  65.94 
 
 		 256 aa  313  1.9999999999999998e-84  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4041  diguanylate cyclase  59.65 
 
 		 282 aa  270  1e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0649407 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1598  diguanylate cyclase  53.73 
 
 		 257 aa  268  5.9999999999999995e-71  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2276  diguanylate cyclase  53.73 
 
 		 257 aa  268  5.9999999999999995e-71  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.40422  normal  0.360858 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3024  diguanylate cyclase  56.83 
 
 		 260 aa  262  4.999999999999999e-69  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.104216  normal  0.207783 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0699  diguanylate cyclase  60.66 
 
 		 226 aa  260  1e-68  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.642785 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2699  diguanylate cyclase  57.89 
 
 		 251 aa  258  7e-68  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3288  diguanylate cyclase  49.15 
 
 		 253 aa  202  6e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.923163 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2240  diguanylate cyclase  49.16 
 
 		 758 aa  146  3e-34  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.365812 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1595  response regulator receiver domain-containing protein  42.71 
 
 		 234 aa  145  8.000000000000001e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000347977  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3430  diguanylate cyclase  44.92 
 
 		 513 aa  139  4.999999999999999e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0241  diguanylate cyclase  41.52 
 
 		 640 aa  136  3.0000000000000003e-31  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  40.62 
 
 		 354 aa  135  4e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0645  serine/threonine protein kinase  44.64 
 
 		 1644 aa  135  9e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0171562  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  42.7 
 
 		 355 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1886  diguanylate cyclase  46.54 
 
 		 462 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0509  diguanylate cyclase  50.63 
 
 		 498 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00480754 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6727  diguanylate cyclase  43.33 
 
 		 467 aa  133  3e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1689  diguanylate cyclase  44.31 
 
 		 574 aa  132  6e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.557347 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1163  diguanylate cyclase  46.58 
 
 		 308 aa  131  9e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  46.71 
 
 		 339 aa  131  1.0000000000000001e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3459  diguanylate cyclase  40.91 
 
 		 324 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2008  diguanylate cyclase  44.31 
 
 		 574 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 310 aa  130  2.0000000000000002e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1301  diguanylate cyclase  40.4 
 
 		 331 aa  130  2.0000000000000002e-29  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.298458  normal  0.144882 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0100  diguanylate cyclase  43.86 
 
 		 446 aa  129  3e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.246337  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  38.71 
 
 		 722 aa  130  3e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  43.96 
 
 		 638 aa  130  3e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  39.5 
 
 		 354 aa  129  3e-29  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0570  diguanylate cyclase  40.91 
 
 		 324 aa  130  3e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  46.11 
 
 		 571 aa  130  3e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0571  diguanylate cyclase  40.91 
 
 		 324 aa  130  3e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0518  diguanylate cyclase  46.06 
 
 		 506 aa  129  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1021  diguanylate cyclase  45.45 
 
 		 492 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0128107  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1497  response regulator PleD  43.43 
 
 		 454 aa  129  4.0000000000000003e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.122959 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2969  sensory box/GGDEF family protein  40.86 
 
 		 315 aa  129  5.0000000000000004e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1025  diguanylate cyclase  45.45 
 
 		 492 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  45.24 
 
 		 764 aa  129  5.0000000000000004e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3473  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.7 
 
 		 351 aa  129  5.0000000000000004e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  45.24 
 
 		 764 aa  129  5.0000000000000004e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1821  diguanylate cyclase  40.8 
 
 		 298 aa  129  5.0000000000000004e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.017871  normal  0.191942 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2535  diguanylate cyclase  40.54 
 
 		 1099 aa  129  6e-29  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.12937  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  45.24 
 
 		 764 aa  129  6e-29  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1107  two component signal transduction response regulator  44.57 
 
 		 323 aa  128  7.000000000000001e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4730  diguanylate cyclase  47.34 
 
 		 572 aa  128  8.000000000000001e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3557  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.75 
 
 		 322 aa  128  9.000000000000001e-29  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.457648  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3625  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.75 
 
 		 322 aa  128  9.000000000000001e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2318  diguanylate cyclase  40.34 
 
 		 363 aa  128  9.000000000000001e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  42.16 
 
 		 355 aa  128  9.000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2325  diguanylate cyclase  40.43 
 
 		 350 aa  128  9.000000000000001e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.74843  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0402  diguanylate cyclase  47.83 
 
 		 866 aa  127  1.0000000000000001e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.362695  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0200  diguanylate cyclase  37.63 
 
 		 352 aa  127  1.0000000000000001e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.321217  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2383  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.31 
 
 		 434 aa  127  1.0000000000000001e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00665942 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3550  diguanylate cyclase  48.81 
 
 		 559 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.953301  normal  0.354246 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2249  response regulator/GGDEF domain-containing protein  41.25 
 
 		 400 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  42.86 
 
 		 320 aa  127  2.0000000000000002e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1737  diguanylate cyclase  39.64 
 
 		 390 aa  127  2.0000000000000002e-28  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0222793  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3711  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 320 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.336724  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2077  diguanylate cyclase  39.89 
 
 		 343 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.984314  normal  0.163131 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.35 
 
 		 309 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2063  diguanylate cyclase  41.71 
 
 		 338 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.553076  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1643  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  39.02 
 
 		 316 aa  126  3e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1658  response regulator/GGDEF domain-containing protein  42.14 
 
 		 458 aa  126  3e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.939598  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0589  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.57 
 
 		 305 aa  127  3e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.352095  hitchhiker  0.000774187 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 696 aa  126  3e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2754  diguanylate cyclase  42.39 
 
 		 355 aa  126  3e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0798314  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1914  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.14 
 
 		 459 aa  126  3e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.943888  hitchhiker  0.00021307 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1741  diguanylate cyclase  40.8 
 
 		 374 aa  126  3e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.564976  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1974  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.59 
 
 		 340 aa  126  3e-28  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.098619 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1507  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.51 
 
 		 308 aa  126  4.0000000000000003e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.914031 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  39.41 
 
 		 319 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2425  diguanylate cyclase  44.12 
 
 		 353 aa  125  5e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2824  GGDEF domain-containing protein  43.65 
 
 		 628 aa  125  5e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0204  diguanylate cyclase  43.72 
 
 		 453 aa  125  5e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.209858  normal  0.343798 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 555 aa  125  6e-28  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0452  diguanylate cyclase  38.29 
 
 		 323 aa  125  6e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2497  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.18 
 
 		 355 aa  125  7e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000595067  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1598  diguanylate cyclase  45.4 
 
 		 492 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0273825  normal  0.888834 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1901  diguanylate cyclase  44.38 
 
 		 492 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6178  diguanylate cyclase  44.38 
 
 		 492 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.837587  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2050  diguanylate cyclase  39.44 
 
 		 370 aa  125  9e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0291129  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02325  GGDEF domain protein  38.2 
 
 		 949 aa  125  9e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.66 
 
 		 312 aa  125  9e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.38 
 
 		 454 aa  125  9e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1449  diguanylate cyclase  43.09 
 
 		 466 aa  124  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3066  GGDEF domain-containing protein  43.09 
 
 		 466 aa  124  1e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0266  GGDEF  40.83 
 
 		 690 aa  124  1e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1551  GGDEF domain-containing protein  43.09 
 
 		 466 aa  124  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1924  diguanylate cyclase  43.82 
 
 		 492 aa  124  1e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.268801  normal  0.495061 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2721  diguanylate cyclase with GAF sensor  43.1 
 
 		 686 aa  124  1e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.53529  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1222  GGDEF domain-containing protein  43.09 
 
 		 466 aa  124  1e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.29 
 
 		 730 aa  124  1e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1440  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.94 
 
 		 315 aa  124  1e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0301186  normal  0.059237 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5857  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.7 
 
 		 341 aa  125  1e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1418  diguanylate cyclase  43.09 
 
 		 466 aa  124  1e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1926  diguanylate cyclase  42.46 
 
 		 466 aa  123  2e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.647076  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0508  GGDEF domain-containing protein  43.09 
 
 		 454 aa  124  2e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0093  diguanylate cyclase  38.62 
 
 		 426 aa  123  2e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2740  diguanylate cyclase  46.88 
 
 		 670 aa  124  2e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>