More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_3581 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_3581  GGDEF domain-containing protein  100 
 
 		 312 aa  649    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0928  GGDEF domain-containing protein  57.53 
 
 		 317 aa  368  1e-101  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1121  diguanylate cyclase  44.33 
 
 		 305 aa  259  4e-68  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.323017 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2176  diguanylate cyclase  41.95 
 
 		 304 aa  249  6e-65  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000000143652  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1429  diguanylate cyclase  44.03 
 
 		 306 aa  241  1e-62  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000190183 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3626  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.34 
 
 		 840 aa  185  1.0000000000000001e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  46.32 
 
 		 347 aa  161  1e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1436  two-component response regulator  45.79 
 
 		 327 aa  159  5e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.462819  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2110  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  35.46 
 
 		 814 aa  159  7e-38  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.406671  normal  0.904687 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5086  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.22 
 
 		 465 aa  156  5.0000000000000005e-37  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4124  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.65 
 
 		 334 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.113929  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1309  GGDEF  43.89 
 
 		 334 aa  154  2e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00365402 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.71 
 
 		 359 aa  152  5.9999999999999996e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.745021  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1099  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.6 
 
 		 334 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5066  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.96 
 
 		 338 aa  150  2e-35  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1499  response regulator/GGDEF domain protein  43.96 
 
 		 334 aa  149  4e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.6 
 
 		 334 aa  149  6e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1494  response regulator/GGDEF domain-containing protein  45.9 
 
 		 335 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.799611 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0318  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.59 
 
 		 612 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5389  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.22 
 
 		 372 aa  146  5e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1516  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.93 
 
 		 352 aa  145  6e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0065858  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  42.53 
 
 		 339 aa  145  7.0000000000000006e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1713  diguanylate cyclase  46.15 
 
 		 462 aa  145  8.000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1738  diguanylate cyclase  46.15 
 
 		 462 aa  145  1e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.68 
 
 		 843 aa  144  2e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4666  diguanylate cyclase  40.59 
 
 		 501 aa  144  2e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0421428  normal  0.479047 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3967  putative response regulator of a two-component system  40.7 
 
 		 335 aa  144  2e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000645274  normal  0.0110626 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0225  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.81 
 
 		 325 aa  143  3e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0766  diguanylate cyclase  42.2 
 
 		 501 aa  142  6e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3711  diguanylate cyclase  32.57 
 
 		 320 aa  142  7e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.336724  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3032  diguanylate cyclase  40.44 
 
 		 547 aa  141  9.999999999999999e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0847  two component diguanylate cyclase  43.45 
 
 		 327 aa  141  9.999999999999999e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1058  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.78 
 
 		 333 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0856452  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3012  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.9 
 
 		 619 aa  140  3e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.299906  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0452  diguanylate cyclase  33.01 
 
 		 323 aa  140  3e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2914  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.24 
 
 		 312 aa  140  3e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3787  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.71 
 
 		 344 aa  139  3.9999999999999997e-32  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.919533  normal  0.90313 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2062  diguanylate cyclase  42.53 
 
 		 620 aa  139  3.9999999999999997e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.502085 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4395  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 498 aa  139  6e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3673  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  44.91 
 
 		 1262 aa  138  1e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0414  diguanylate cyclase  42.2 
 
 		 346 aa  138  1e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2281  GGDEF  44.17 
 
 		 555 aa  137  2e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000303682  normal  0.0271008 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  41.08 
 
 		 624 aa  137  2e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4207  GGDEF domain-containing protein  41.99 
 
 		 625 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0095  putative sensory transduction system, regulatory protein  42.51 
 
 		 536 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.348008  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0984  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.09 
 
 		 353 aa  137  3.0000000000000003e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.194443 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  42.42 
 
 		 631 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1420  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.7 
 
 		 314 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3210  GGDEF domain-containing protein  41.85 
 
 		 624 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1456  diguanylate cyclase  38.35 
 
 		 636 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0453  GGDEF domain-containing protein  41.85 
 
 		 641 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2194  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.67 
 
 		 636 aa  136  4e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3210  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.97 
 
 		 337 aa  136  5e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.32327  normal  0.712325 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3671  putative signaling protein  42.44 
 
 		 480 aa  135  6.0000000000000005e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2499  GGDEF domain-containing protein  32.45 
 
 		 367 aa  135  7.000000000000001e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4407  GGDEF family protein  42.94 
 
 		 344 aa  135  8e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3770  PAS:GGDEF  40.56 
 
 		 328 aa  135  8e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0223226 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0392  diguanylate cyclase  29.41 
 
 		 319 aa  135  9e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0549299  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4944  diguanylate cyclase  40.11 
 
 		 520 aa  135  9e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0582678 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0133  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.51 
 
 		 461 aa  135  9.999999999999999e-31  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3770  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.53 
 
 		 660 aa  134  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2063  diguanylate cyclase  42.16 
 
 		 338 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.553076  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5496  diguanylate cyclase  40.11 
 
 		 520 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.414779  hitchhiker  0.000876281 
 
 
-
 
NC_003296  RS00826  putative transmembrane protein  42.29 
 
 		 488 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.61367  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00828  putative transmembrane protein  35.47 
 
 		 512 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.33694  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6347  diguanylate cyclase  41.86 
 
 		 507 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.197089 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0411  PAS:GGDEF  40.43 
 
 		 317 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.320308 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1540  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.94 
 
 		 342 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.918796  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3973  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.4 
 
 		 362 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.415221  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3819  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.53 
 
 		 660 aa  134  3e-30  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0365  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.11 
 
 		 308 aa  133  3e-30  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1504  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.94 
 
 		 342 aa  134  3e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0868  GGDEF domain-containing protein  38.86 
 
 		 494 aa  133  3e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.796056  normal  0.69001 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1513  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.94 
 
 		 342 aa  134  3e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.374714  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3559  diguanylate cyclase  40.88 
 
 		 625 aa  133  3e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0397  diguanylate cyclase  42.31 
 
 		 625 aa  133  3e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0807  diguanylate cyclase  43.29 
 
 		 340 aa  133  3.9999999999999996e-30  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0798  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.79 
 
 		 622 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.131749 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00930  hypothetical protein  41.08 
 
 		 581 aa  133  3.9999999999999996e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0204  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 453 aa  133  3.9999999999999996e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.209858  normal  0.343798 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2841  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.94 
 
 		 342 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0625712 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  40.33 
 
 		 625 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5111  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.18 
 
 		 479 aa  132  5e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2052  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.62 
 
 		 481 aa  132  5e-30  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  42.05 
 
 		 320 aa  132  6e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0954  diguanylate cyclase  40 
 
 		 502 aa  132  6e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0641916  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0621  diguanylate cyclase  31.7 
 
 		 323 aa  132  6e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1425  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  41.01 
 
 		 483 aa  132  6e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3800  diguanylate cyclase  43.2 
 
 		 553 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2380  diguanylate cyclase  38.58 
 
 		 410 aa  132  6.999999999999999e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  43.4 
 
 		 610 aa  132  6.999999999999999e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.74 
 
 		 772 aa  132  7.999999999999999e-30  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1355  diguanylate cyclase  40.43 
 
 		 487 aa  132  7.999999999999999e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.133394  normal  0.478971 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1412  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.07 
 
 		 339 aa  132  7.999999999999999e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0410  diguanylate cyclase  38.34 
 
 		 516 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4535  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.3 
 
 		 345 aa  132  9e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0387275  normal  0.636684 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0313  diguanylate cyclase  42.17 
 
 		 340 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2591  GGDEF domain protein  42.62 
 
 		 528 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.200767  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0411  diguanylate cyclase  40 
 
 		 628 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6958  diguanylate cyclase  37.06 
 
 		 502 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>