More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_0928 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_0928  GGDEF domain-containing protein  100 
 
 
317 aa  663    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3581  GGDEF domain-containing protein  57.53 
 
 
312 aa  368  1e-101  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1121  diguanylate cyclase  44.22 
 
 
305 aa  252  5.000000000000001e-66  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.323017 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1429  diguanylate cyclase  42.81 
 
 
306 aa  224  2e-57  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000190183 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2176  diguanylate cyclase  40.34 
 
 
304 aa  217  2e-55  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000000143652  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3626  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.73 
 
 
840 aa  191  1e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2110  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  37.54 
 
 
814 aa  157  3e-37  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.406671  normal  0.904687 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4124  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.93 
 
 
334 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.113929  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.32 
 
 
359 aa  150  3e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.745021  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4666  diguanylate cyclase  46.75 
 
 
501 aa  150  4e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0421428  normal  0.479047 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.67 
 
 
843 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0401  GGDEF domain-containing protein  32.79 
 
 
507 aa  142  5e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0318  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.26 
 
 
612 aa  142  5e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5086  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.22 
 
 
465 aa  142  7e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1494  response regulator/GGDEF domain-containing protein  41.53 
 
 
335 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.799611 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0847  two component diguanylate cyclase  43.11 
 
 
327 aa  140  1.9999999999999998e-32  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.53 
 
 
334 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4297  diguanylate cyclase  43.02 
 
 
522 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0491288  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1309  GGDEF  39.89 
 
 
334 aa  140  3e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00365402 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3967  putative response regulator of a two-component system  43.75 
 
 
335 aa  140  3e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000645274  normal  0.0110626 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  45.03 
 
 
339 aa  140  3.9999999999999997e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1499  response regulator/GGDEF domain protein  38.8 
 
 
334 aa  139  7e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1099  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.98 
 
 
334 aa  138  2e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0225  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.01 
 
 
325 aa  137  2e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4944  diguanylate cyclase  45.51 
 
 
520 aa  137  2e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0582678 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5496  diguanylate cyclase  45.51 
 
 
520 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.414779  hitchhiker  0.000876281 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0097  GGDEF domain-containing protein  44.44 
 
 
487 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2825  GGDEF domain-containing protein  44.44 
 
 
487 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.819973  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1535  diguanylate cyclase  44.44 
 
 
487 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1077  GGDEF domain-containing protein  44.44 
 
 
528 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.918636  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1257  diguanylate cyclase  44.44 
 
 
487 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0115  diguanylate cyclase  44.44 
 
 
487 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.418458  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2678  diguanylate cyclase  44.44 
 
 
487 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  41.03 
 
 
631 aa  136  4e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1516  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.76 
 
 
352 aa  135  6.0000000000000005e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0065858  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4407  GGDEF family protein  44.17 
 
 
344 aa  135  9e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1420  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.3 
 
 
314 aa  135  9.999999999999999e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1901  diguanylate cyclase  35.25 
 
 
492 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6178  diguanylate cyclase  35.25 
 
 
492 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.837587  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00826  putative transmembrane protein  46.06 
 
 
488 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.61367  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0095  putative sensory transduction system, regulatory protein  43.75 
 
 
536 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.348008  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1924  diguanylate cyclase  35.25 
 
 
492 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.268801  normal  0.495061 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0414  diguanylate cyclase  42.77 
 
 
346 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3973  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.98 
 
 
362 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.415221  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  40.51 
 
 
610 aa  134  3e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0410  diguanylate cyclase  42.11 
 
 
516 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0467  diguanylate cyclase  42.02 
 
 
641 aa  132  6.999999999999999e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3800  diguanylate cyclase  42.47 
 
 
621 aa  132  9e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1058  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.34 
 
 
333 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0856452  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  39.47 
 
 
625 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2281  GGDEF  42.07 
 
 
555 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000303682  normal  0.0271008 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5066  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.41 
 
 
338 aa  130  2.0000000000000002e-29  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0365  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.33 
 
 
308 aa  130  3e-29  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5670  diguanylate cyclase  43.26 
 
 
521 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0236259 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2637  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.3 
 
 
678 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.5465  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  40.64 
 
 
347 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5189  diguanylate cyclase  43.26 
 
 
521 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4565  diguanylate cyclase  43.26 
 
 
521 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.267028  normal  0.0465187 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3559  diguanylate cyclase  38.74 
 
 
625 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0397  diguanylate cyclase  38.95 
 
 
625 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2495  diguanylate cyclase  39.66 
 
 
422 aa  129  6e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1738  diguanylate cyclase  42.07 
 
 
462 aa  129  8.000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  38.42 
 
 
624 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0453  GGDEF domain-containing protein  40.22 
 
 
641 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1713  diguanylate cyclase  42.07 
 
 
462 aa  129  9.000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3172  diguanylate cyclase  44.51 
 
 
518 aa  129  9.000000000000001e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.211888 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3800  diguanylate cyclase  43.48 
 
 
553 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1598  diguanylate cyclase  37.35 
 
 
492 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0273825  normal  0.888834 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0798  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.12 
 
 
622 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.131749 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0313  diguanylate cyclase  41.71 
 
 
340 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3251  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.3 
 
 
341 aa  127  2.0000000000000002e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.61058  normal  0.330404 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3903  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  39.68 
 
 
628 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2604  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.3 
 
 
341 aa  127  2.0000000000000002e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.224021  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0028  diguanylate cyclase  42.7 
 
 
527 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.789293 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0411  diguanylate cyclase  38.95 
 
 
628 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1752  diguanylate cyclase  43.56 
 
 
718 aa  127  3e-28  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.972307  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3671  putative signaling protein  43.03 
 
 
480 aa  127  3e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3188  diguanylate cyclase  43.26 
 
 
529 aa  127  3e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.210299 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1436  two-component response regulator  39.89 
 
 
327 aa  127  3e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.462819  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4207  GGDEF domain-containing protein  38.42 
 
 
625 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2096  diguanylate cyclase with GAF sensor  43.1 
 
 
664 aa  126  4.0000000000000003e-28  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.76184 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3843  diguanylate cyclase  37.71 
 
 
472 aa  126  4.0000000000000003e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1425  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  42.11 
 
 
483 aa  126  5e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4133  hypothetical protein  32.07 
 
 
875 aa  126  5e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.661275  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0310  diguanylate cyclase  42.01 
 
 
340 aa  126  6e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0429  diguanylate cyclase  44.1 
 
 
469 aa  126  6e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.469713 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2062  diguanylate cyclase  41.62 
 
 
620 aa  125  7e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.502085 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0314  diguanylate cyclase  43.27 
 
 
340 aa  125  7e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2783  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  42.86 
 
 
1101 aa  125  8.000000000000001e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0423  diguanylate cyclase  40.68 
 
 
621 aa  125  9e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000679734 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3210  GGDEF domain-containing protein  41.62 
 
 
624 aa  125  1e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3032  diguanylate cyclase  37.44 
 
 
547 aa  125  1e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5389  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.56 
 
 
372 aa  125  1e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2295  diguanylate cyclase  43.72 
 
 
503 aa  125  1e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0362  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.36 
 
 
890 aa  125  1e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.190279  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0437  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  38.95 
 
 
628 aa  125  1e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.0211155 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0204  diguanylate cyclase  42.2 
 
 
453 aa  125  1e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.209858  normal  0.343798 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0308  diguanylate cyclase  42.01 
 
 
340 aa  125  1e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0371  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40 
 
 
890 aa  124  2e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0841  GGDEF family protein  41.95 
 
 
372 aa  124  2e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000214515  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>